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主管西域屯田事务，协助都护统治西域的官吏。地位和副都护相近，秩禄比2000石，受中央和都护双重领导，调遣军队属中央领导，经营屯田归都护领导。《后汉书·西域传》总序卷88应勋《汉官仪》注曰：“戊己中央，镇覆四方，又开渠播种，以为厌胜，故称戊己焉。”就是说，戊己校尉是直属中央的官，率领屯田军戍守边疆，耕种积谷，以保证胜利为满足。属官“有丞、司马各一人，侯五人，秩比六百石”。掌民事，司马和侯管军事。最初于宣帝元康四年（前62）于交河城设戊己校尉。汉元帝初元元年（前48）迁高昌城。汉成帝建使三年（前30）为讨伐乌孙反汉势力，戊己校尉官置2人，戊校屯高昌，己校屯姑墨。经黄文弼教授考证，认为已按“原屯龟兹城南，后徙屯姑墨”（《罗布淖尔考古记》）。