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两栖动物肩鳍类化石中，卵母细胞包、胚外器官及卵胎生的发现，给胚胎学、动物分类学提出了一个新问题，这就是需要对其进行认真探讨的主要原因。
  （一）卵子形成过程的研究
  两栖动物肩鳍类的卵巢囊剖面，是在电镜实验前，从卵巢化石内新分离取样出来的，卵巢囊剖面上无尘粒杂物。从电镜扫描图中，在卵巢囊剖面上看到的椭圆形粒状物，根据有关资料分析，从其生长的位置、分布、形状，应为卵母细胞（幼卵胞），卵母细胞成熟后，形成卵子，排入卵巢，这种卵子的形成过程，与哺乳类比较相似。例如：肩鳍类，卵子可能在卵巢滤泡细胞中合成卵细胞，成熟后排入体腔，哺乳类其卵子是由卵母细胞、滤泡细胞（合称卵胞）发育而成。因此，肩鳍类卵子形成过程类似哺乳类，表明肩鳍类卵子形成过程的演化已经相当进步。
  （二）肩鳍类胚外器官类型的探讨
  肩鳍类胚外器官的研究，是在全胚胎化石发现的基础上，经过电镜扫描，才为该项研究提供了科学依据。
  1.动物胚外器官类型是生物演化程度的标志
  所有物种，是在该物种生活环境的制约下繁衍发展的。如动物胚胎在发育期间，需要吸取氧气并排出二氧化碳和含氮废物等，这些都必须要有适当的发育环境，环境会直接影响胚外器官发育及其所需要的营养物。因此，不同的动物其胚外器官是不同的。如鱼类、两栖类是卵生，在水中自由生活，它的胚外器官是卵黄囊（即单囊型），水中有母体保护，绝大部分体外孵化（为了减少外界不利环境对胎儿的影响，亦有个别体内孵化的，如鲨鱼）。爬行类、鸟类属卵生，其胚外器官较为复杂，包括卵黄囊、尿膜囊、羊膜、绒毛膜（即四囊型），它的胚胎生活环境在陆地，在陆上受母体保护，都是体内受精，体外孵化。部分爬行类也有卵胎生，其胚外器官也属四囊型，胚胎生活环境也属陆上受母体保护。哺乳类其胚外器官最为复杂，由卵黄囊、尿膜囊、羊膜、绒毛膜、胎盘五个部分组成（即四囊一盘型）。胚胎的生活环境是与外界隔绝，受母体保护，在子宫腔中胎盘内发育。综上所述，胚外器官有单囊型、四囊型、四囊一盘型三大类型。从中可以看出：胚外器官由简单发展到复杂，与动物从低级演化成高级是一致的，也就是说，胚外器官越复杂，动物分类上越高级。
  2.关于肩鳍类动物属四囊型胚外器官的探讨
  根据电镜扫描图#985080×60.0羊膜胚胎图，对其中关键部位作了局部分析，并绘制了素描图（图7­27）对羊膜、卵黄囊、尿膜囊、绒毛膜进行研究。
  （1）对羊膜的研究分析。从羊膜胚胎化石（图7­27）中，可以清楚地看到：肩鳍类胎儿被包裹在羊膜腔内，胎儿头部形态逼真，羊膜腔内充满羊水，羊膜随胎儿的发展而扩大。在化石形成过程中，胎儿干瘪及羊水干涸，形成的羊膜腔皱褶清晰可见，羊膜无血管分布的痕迹，属保护胎儿的囊膜组织。它与现代动物胚胎学关于羊膜特征及作用的论述完全一致，证明肩鳍类的胚外器官已属羊膜类。羊膜胚外器官繁殖后代是爬行动物的重要特征之一，爬行类胚外器官羊膜的出现，是生物演化过程中的一个分界线。在爬行类以后出现的物种，不论是卵生、卵胎生、胎生，都是有羊膜的。因此，无羊膜还是有羊膜，历来是作为演化分类的重要科学依据。从以上得出：两栖动物肩鳍类要比原始两栖类在演化过程中进步，也说明肩鳍类已有向爬行类演化的趋向。
  （2）对卵黄囊的研究分析。根据动物胚胎学，卵黄囊表面布满了微血管，构成卵黄血管，卵黄血管系统为胚胎初期造血器官，亦为一营养器官。随着动物种类的不同，其营养作用，有的只限于胚胎发育的初期，有的为全期。根据卵黄囊的特征，在认真判读羊膜全胚胎（图7­27）图后，认为肩鳍类的卵黄囊位于羊膜囊的端部向上方，与胎儿头相对的位置。从肩鳍类卵黄囊分析中可以看出以下特点：第一，肩鳍类的卵黄囊一直延伸至胚外紧靠羊膜与胚胎的后端；第二，肩鳍类的卵黄囊很小，这可能与它是中间黄卵，卵黄量本来就很少有关，所以卵黄囊小属正常现象；第三，卵黄囊部位上有密集纹饰隐约可见，可能为卵黄囊表面布满微血管的痕迹，其组织特征与羊膜有明显差异。
  （3）对尿膜囊的研究分析。根据有关资料，尿膜囊位于卵黄囊的上方，其作用是排泄，根据不同类的动物，有的作用达胚胎的后期，有的只见于初期。通过对羊膜胚胎（图7­27）的判读，认为尿膜囊应该紧靠卵黄囊的上方，比卵黄囊小，类似卵黄囊的组织，表面具有尿膜血管系统。尿膜血管系统和卵黄血管系统同等重要，为胚胎时期的呼吸器官及排泄器官。从肩鳍类全胚胎图7­27上看，尿膜囊及卵黄囊，其构造特征及功能与现代动物可能是一致的。
  （4）对绒毛膜的研究分析。按胚胎学，绒毛膜属于体壁层膜之一，为胚胎血管依附之浆膜。随动物种类不同有大尿膜囊及小尿膜囊之分，其绒毛膜在胚胎发育过程中，形成时间不同，如爬行类、鸟类及大尿膜之哺乳类，绒毛膜和羊膜同时形成。从肩鳍类全胚胎化石（图7­27）上分析判读，肩鳍类绒毛膜位于羊膜一端，卵黄囊的外围不甚发育。原因是：第一，其胚胎全部外露，证明卵巢内的胚体曾经受损，属体壁层膜之一的绒毛膜也随之受损，幸运的是保存下了胚外器官的全部；其次，根据#985078×70.0卵胚幼雏化石电镜扫描图绘出的素描图（图7­28）分析判读，肩鳍类的绒毛膜可能与羊膜不是同时形成的，因为它是水境卵胎生，很可能其绒毛膜形成于卵胚发育的后期。羊膜只有保护胚胎的功能，不能供给营养，没有呼吸和排泄的功能，因此具有羊膜的物种，必须有卵黄囊、尿膜囊、绒毛膜。羊膜不能和卵黄囊一样成为单囊型胚外器官，羊膜类必须是四囊型的，从上述的分析，及肩鳍类全胚胎化石中清晰的羊膜，可以证明肩鳍类动物已属羊膜四囊型。
  3.肩鳍类动物胚外器官与现代动物对比
  动物学及动物分类学认为：两栖动物的胚外器官为水生单囊型，两栖动物肩鳍类的胚外器官已演化成水生羊膜四囊型，它比原始两栖类的胚外器官进步了很多，比水生单囊型卵胎生的鲨鱼亦要进步。但肩鳍类的骨骼，中间黄卵等还保持着原始两栖类的特征，肩带上有肩鳍痕迹器官的存在，与原始两栖类又有所不同。按胚外器官的特征是否可以认为：
  肩鳍类羊膜四囊型胚外器官，为陆地羊膜四囊型早期原始类型，也就是说：陆地的羊膜四囊型胚外器官，可能从水生羊膜四囊型胚外器官演化而来。肩鳍类的胚外器官与现代动物比较后，它在水生动物中的位置，应在水生单囊型之后，水生四囊一盘型鲸等海洋哺乳类之前。根据胚外器官的种类和胚胎发育的关系，列出二叠纪肩鳍类动物生殖方式、胚外器官与现代动物比较表，见表 7-1。
  （三）肩鳍类生殖方式的研究与探讨
  动物所属类型不同，其生殖方式亦不相同，有卵生、卵胎生、胎生。每一种生殖方式，都代表着动物的进化程度，因此，动物的生殖方式是动物学、分类学关注的重要问题。
  1.肩鳍类的生殖方式是卵胎生
  肩鳍类生殖系统、卵巢、羊膜全胚胎化石等的发现，为论证肩鳍类的生殖方式是卵胎生奠定了基础。肩鳍类的胚胎是从3号卵巢化石中取样（图7­21）经电镜扫描，得到的#983060、#985080、#985078电镜扫描图片中发现的。在这些图片中观察，到了早期胚胎、中期胚胎、全羊膜胚胎、胚胎后期雏形，即发现了胚胎发育形成的基本过程，因为是从卵巢化石内取样的，所以，胚胎发育形成的全过程是在卵巢内完成的。因此认为：肩鳍类是在体内受精，体内孵化，早期胚胎形成后，在羊膜腔内羊水中发育，这期间母体提供合适的温度及营养。发育后期，形成柔韧的软壳体卵，与陆生硬壳卵不同的是：它对幼体的包裹起到了保护作用，使胎儿产生于水中时，将环境对胎儿的不利影响减少到最小限度。胚胎成熟后，软壳体卵产出体外，幼体破壳入水，不再经过变态过程，在水中直接受母体保护。通过以上分析论证，可以认定肩鳍类的生殖方式应是水生羊膜四囊型卵胎生。
  2.肩鳍类动物卵胎生与其他卵胎生的比较
  从红山二叠纪肩鳍类动物生殖方式、胚外器官与现代动物对比表中看到：同为卵胎生，但情况各不相同，部分鱼类如鲨鱼等属卵胎生，是水生单囊型的；肩鳍类属卵胎生，是水生四囊型的；部分爬行类如毒蛇等属卵胎生，是陆地四囊型的。如上所述，胚外器官越复杂，在动物分类上就越高级，所以同样是卵胎生，肩鳍类的卵胎生要比鲨鱼的卵胎生生殖方式先进。水生四囊型卵胎生和陆地四囊型卵胎生的关系是怎样的呢？现从两方面来分析：第一，肩鳍类在生殖方式上，从两栖类的水生单囊型卵生，演化成水生四囊型卵胎生，这在胚胎演化上是个相当大的进步。动物学家认为：有无羊膜是两栖动物和爬行动物的分界线。因此，肩鳍类从生殖方式、胚外器官方面已进入爬行类范畴。第二，水是生命之源，动物的演化是从水中向陆地演化的，能否认为肩鳍类的卵胎生为原始早期的卵胎生生殖方式，并由其水生四囊型卵胎生，逐渐演化成陆地四囊型卵胎生。卵胎生在动物生殖方式演化中所处的位置及演化关系，用下列示意图表示：
  卵胎生是卵生向胎生的过渡生殖方式，从上面的示意图中可以清楚地看到。肩鳍类水生四囊型卵胎生为3种卵胎生的中间形态，它的发现，对动物卵胎生的研究，由卵生到胎生的演化，提供了重要的科学依据。
  按动物分类学，高级分类阶元，根据肩鳍类生殖方式胚外器官，肩鳍类已经不属于两栖纲的原始两栖类了，而是属于向爬行纲演化后的原始两栖爬行类的早期种类。