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在汉朝设立西域都护府前，西域“本三十六国，其后稍分至五十余”[4]这些“国”其实就是“有城郭田畜，与匈奴、乌孙异俗”[5]，即以定居农业为主的一个或几个以城市为中心而形成的大小不一的城邦。每一城邦中都有“王”及各级官员，平民、奴隶等，“各有君长，兵众分弱，无所统一⋯⋯不相亲附”[6]。各城邦之间相互隔离，往来较少，互不统属，没有形成强有力的统一政权，这种局面为匈奴征服并控制西域城邦提供了有利之机。
  公元前174年，匈奴冒顿单于去世，其子稽粥继位，号老上单于。后又与乌孙联军击败大月氏，大月氏再度迁徙到阿姆河左岸。匈奴乌孙联军征服大月氏后，大大提高了匈奴在西域各国中的地位和威信。由于汉朝与匈奴在中原及大漠南北的争夺日益激烈，匈奴贵族更需要利用西域的人力物力来支持对汉朝的战争，于是积极经营西域。
  匈奴统治西域主要方式有：（一）建立“僮仆都尉”。为了加强西域作为后方基地的作用，公元前93年左右，“匈奴西边日逐王置僮仆都尉，使领西域，常居焉耆、危须、尉黎间”[7]。匈奴西边日逐王在西域焉耆、危须、尉黎地区专设“僮仆都尉”，这样匈奴贵族不仅拥有富饶的游牧区域，同时还可牢牢控制西域绿洲城邦。（二）推行质子制度。匈奴为了培养自己的亲信，还对西域各国实行质子制度，将西域诸城邦的王子作为人质扣于匈奴王庭，以此控制各国王室，如“匈奴闻，发兵击之。于是楼兰遣一子质匈奴[8]。匈奴听说（楼兰与汉朝友善后），发兵攻打楼兰，楼兰王被迫派遣一子到匈奴作人质。这些质子在匈奴生活时间的长短，由匈奴统治者视西域诸国形势的发展而定。如有需要，随时派他们回国，或立为王，或为军事指挥，或担任大臣，如“匈奴先闻之，遣质子归，得立为王”[9]。匈奴先听说楼兰后立的王又过世消息后，派遣扣押质子回楼兰，立为王。这些人完全听命于匈奴，成为匈奴在西域最可靠的耳目与支持者。（三）设置监国和常派使团。匈奴征服西域后，立即在一些城邦如龟兹等地设置监国，派人常驻西域城邦中，监督各国的行为，同时派遣使团督察各国，严防对匈奴的反抗行为，以及汉朝派遣使者联络西域各国。（四）重征赋税。匈奴控制西域的目的是“赋税诸国，取富给焉”[10]。向西域诸国征收赋税，掠夺西域诸国的财富。从“僮仆都尉”这一称呼也可看出，匈奴把西域诸国看做毫无身份地位的奴隶与仆人。
  经过几十年的努力，匈奴在西域的势力已十分强大，建立了较为稳固的统治。西域在军事、经济方面，已成为匈奴政权强有力的后方基地。匈奴不仅控制了西域诸国，而且也控制了西域通往中原地区的交通线。因此，汉朝强烈意识到西域已成为“匈奴右臂”[11]。
  汉朝时，西域丝绸之路分南北两道。“从鄯善傍南山北，波河西行至莎车，为南道”即从鄯善沿着南部昆仑山北麓，过塔里木河西行至莎车，为南道，“自车师前王廷随北山，波河西行至疏勒，为北道”[12]，即自车师前王廷沿着北部天山南麓，过塔里木河西行至疏勒，为北道。
  公元前68年，汉朝政府派侍郎郑吉率兵在车师（今吐鲁番盆地）屯田。并命郑吉护鄯善（今罗布泊一带）以西南道，即统管天山以南各地。不久，匈奴发生内乱，理应继承单于位的日逐王先贤掸被人篡权后又遭排挤，于宣帝神爵二年（前60年）秋率万余众投附汉朝，汉派遣郑吉迎接日逐王，并封其为归德侯。匈奴的“僮仆都尉由此罢，匈奴益弱，不得近西域”[13]，匈奴势力退出西域，自楼兰经车师前部的西域北道得以畅通。公元前60年，汉朝政府任命郑吉“并护北道，故号曰都护”[14]。为了管理统一后的西域，西汉在乌垒城（今轮台县策大雅）建立西域都护府，正式在西域设官、驻军、推行政令，开始行使国家主权，西域从此成为我国领土不可分割的一部分。
  汉宣帝任命郑吉为第一任西域都护。西域都护是汉王朝中央政府派遣管理西域的最高军政长官，其级别相当于郡太守，每年的俸禄是二千石粮食。其属官有副校尉、丞各一人；司马、侯、千人各二人。“都护督察乌孙、康居诸外国，动静有变以闻。可安辑，安辑之；可击，击之”[15]，即都护的职责是统辖西域诸国，管理屯田，颁行朝廷号令，诸国有乱，得发兵征讨。自郑吉为西域都护至西汉末，前后任西域都护者18人，姓名见于史册的有10人，除郑吉外，还有韩宣、甘延寿、段会宗、廉褒、韩立、郭舜、孙建、但钦、李崇等。