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一、当前机关事业单位内部控制存在的问题
  《会计法》第一十七条规定，国家机关、社会团体和企事业单位必须建立健全内部控制制度，以确保会计信息的真实可靠，国家财产的安全稳定。财政部发布的《内部会计规范—本规范基（试行）》和《内部会计控制规范—货币资金（试行）》对内部控制的目标、原则、内容、方法等也相应地作出了明确规定。然而，由于机关事业单位财务会计工作的固有特性，有的单位虽有内控制度却执行不严，有的单位连起码的内控制度都没有制定，更谈不上实行有效的内控措施了，这就在某种程度上造成了机关事业单位财务支出失控，会计信息失真等诸多弊端。
  （一）对内部会计控制认识有偏差
  内部控制制度制定不切合实际，执行起来难度大；单位领导不重视内控管理，有关人员不执行相关制度，导致执行效果差；有关部门在检查时只检查制度的制定情况，忽略了其执行情况和执行效果，导致内控制度的制定走过场，内部控制降格为“放在抽屉里，挂在墙上”的纸介质。由此造成部分行政事业单位固定资产增减不及时调整相关账目，库存现金严重超限额及超范围支付，随意核销债权债务，接受票据不合规、财务公开不明细等。
  （二）岗位设置不合理，职责不清
  一些单位在形式上建立岗位负责制，但在实际工作中，职责重复，管理层次混乱，不相容岗位没有相互分离等现象屡见不鲜。
  （三）会计核算不规范
  有些单位对原始凭证审核粗糙，原始凭证规定的内容填写不全。如有的发票内容笼统，甚至没有售货单位盖章；手续不严密，购买实物的凭证只有领导签批，没有验收人签字。
  有的单位固定资产账上有但实际上已经不存在了，而实际使用着的某些固定资产却尚未作价入账，形成账外资产。另外也存在着不同单位的资产转移，却未办理相应手续，也未反映到业务台账中的现象。
  （四）内部审计没有发挥自身作用
  还有一部分单位没有建立内部审计机构，而且有些已建立内部审计机构的单位也未能充分发挥应的作用，内部审计工作得不到应有的重视和支持，不能正确审计和鉴定会计资料和其他有关资料的正确性和真实性。主要是内部审计人员不认真履行内部审计职责和权限；不坚持内部审计准则和原则；不遵循内部审计基本程序；不能正确运用审计方法；不能如实、公正地编写审计报告。
  二、建立和健全机关事业单位内部控制制度的措施
  （一）健全法规、保障督核体系健康有效
  原始凭证是机关事业单位在经济活动与业务发生时取得的载明经济业务发生和完成情况的书面合法证明，是明确各级经济责任而进行会计核算的原始依据，在机关事业单位现实工作中各种各样的原始凭证问题并不少见；原始凭证内容不全，手续不完整，甚至出现无日期、无经济业务内容、无经办人的发票。因此要改善机关事业单位内部会计的管理就必须健全机关事业单位内部稽核制度。要从制度上和管理体系上严格把关；一是要建立明确的各级稽核岗位和稽核人员普核责任制，执行对各种凭证的稽核工作，凡需进入会计核算系统的原始凭证都须首先由稽核员审核并加盖（合规凭证）或（不合规凭证）印章单位规模小会计业务量不大的稽核职责可以由会计机构负责人或会计主管人员履行；二是要明确责任，凡属经稽核员审核并加盖（合规凭证）的原始凭证如被财政部门和其他政府监督部门查出为不符合非法凭证而受到的经济处罚，应由稽核人员负责，责令稽核人员负责协助追查原始凭证问题原因。
  （二）明确职责分工和程序办法
  根据权、责、利相结合的原则，明确规定各职能部门的权限与责任，并根据各自的任务与特点划分岗位，即对每一个部门和人员在授予其权利的同时，必须明确其相应的责任，任何部门和个人都不得拥有超越内部控制的权利，并且要做到责任与利益挂钩、过失与处罚对等。要坚持不相容职务分离的原则，推行职务不兼容制度，保证单位内部机构、岗位及其职责权限的合理设置和分配，杜绝管理人员交叉任职。
  （三）根据成本效益原则，制定切实可行的内部控制制度
  在制定制度时充分考虑本单位实际，做到制度切实可行。要考虑控制投入成本和控制产出效益之比，只要对那些在业务处理过程中发挥作用大、影响范围广的关键控制点进行严格控制。对那些只在局部发挥作用、影响特定范围的一般控制点，其设立只要能起到监控作用即可，而不必花费大量的人力、物力进行控制。防止由于一般控制点设立过多、手续操作繁杂，造成单位经营管理活动不能正常、迅捷地运转。
  （四）实施机关事业单位预算控制
  全面预算管理体系既包括预算编制，也包括预算的执行、监控以及事后对预算的考评，并且在这个过程中始终贯穿着价值和行为的双重管理。
  多年来，我国机关事业单位对预算的要求和管理都不到位，随着市场经济的不断完善，对部门预算的要求逐步提高，逐渐到位。单位的总体目标要靠各项计划去完成，各项计划中预算又是重中之重；单位的经营活动要在收入的预算中得到反映，各项业务活动要在支出的预算中得到落实。
  （五）强化内部审计工作
  实践证明，建立健全内部控制制度当务之急就是必须强化行政事业单位的内审工作，使之规范化和制度化。同时健全内部审计制度是强化内部会计监督，提高会计信息的准确性和可靠性的有效手段，它的审计对象主要是原始凭证、记账凭证、会计帐薄、会计报表等，实施内部审计又是单位内部会计控制的基本内容和方式，它的主要目标是对内控制度执行情况进行检查，监督单位内部的各项规定的落实和执行情况，了解执行中存在的问题，反馈给单位领导，以便领导及时改进工作，完善制度，达到事半功倍的效果。
  综上所述，单位内部会计控制是在内部牵制基础上建立的自我监督和自行调整体系。单位负责人应在完善内部会计控制组织体系、预算管理体制体系、监督检查体系为切入点，对本单位的内部控制给予进一步规范，以消除管理漏洞。