阿克苏地区图书馆

同治三年十二月（1865年元月），中亚浩罕汗国军官阿古柏挟持布素鲁克和卓侵入南疆。同治六年（1867年）四月三日，阿古柏率领侵略军及被强征的当地民伕，向阿克苏进犯。库车热西丁和卓的军队，沿途守卫，连连失利。阿古柏进至阿克苏，乌什教派头目不战而降。库车增兵4000迎战，不幸失败；接着又战于雅卡伊热克（今拜城西之察尔齐），库车军队主力尽失，阿古柏得以长驱直犯拜城克孜尔。库车守军杀伤敌人无数（包括阿古柏之子），但因孤城难支，终陷敌手，热西丁和卓被俘处死。同治九年（1870年）三月，侵略军进犯吐鲁番受挫。吐鲁番人民乘胜追击，收复库尔勒，又在牙卡（库车以东）一战，将万余匪徒杀得溃不成军。吐鲁番军队在当地人民的协助下，一举收复库车、拜城。吐鲁番军队在库车只住了9天，就携带大量战利品撤走了。
  阿古柏在阿克苏大杀各族人民，滥施报复，然后率领军队、裹胁6万余众，继续东侵。于同年十一月在付出了3.3万人的代价后强占了吐鲁番。
  阿古柏废除清政府在新疆推行的法令法规和行政制度，随意拷打人民，尤其是对不戴面纱上街的妇女；封闭和捣毁佛教寺庙，强迫非伊斯兰教民族人民信仰伊斯兰教，在阿古柏的暴政下，各地赋税名目繁多，税率漫无定准，而税吏却多如牛毛。阿古柏每到一地就大肆掠夺。其父子的行宫遍布喀什噶尔、阿克苏等地，其中，阿克苏的宫殿据说是按照费尔干纳的式样建造，穷极奢华。阿古柏从各地掳掠各民族少女600余人充作后宫，以供淫乐或赏赐军官。在阿古柏匪徒的恣意压榨之下，百姓的生活越来越悲惨，衣不蔽体，食不果腹。
  光绪元年（1875年）三月，清政府改任左宗棠为钦差大臣督办新疆军务，正式开始收复新疆的正义斗争。清军收复达坂城后，阿古柏急忙在孔雀河岸赶筑新垒，企图负隅顽抗。光绪三年（1877年）四月十六日，阿古柏在一场斗殴中丧命。同年八月，清军以收复南疆东四城为目标的战事开始。
  同年九月十一日，清军抵达洋萨尔（轮台东北）才望及溃逃的敌尾。只见降附阿古柏的白彦虎（原为陕西回民起义领袖之一）残兵正在焚毁村庄，逼众西徙。白彦虎本人早于10天前逃往库车去了。清军兵分三路围堵残敌，杀毙千人。在库车人民配合下，九月十二日清军收复库车，数万被掳人民皆被救出。拜城、阿克苏人民也同库车人民一样奋起战斗，驱逐侵略者。侵略军至拜城，“城内回众闭门拒守。白逆力攻未下，遂即率党西窜”，拜城人开城迎清军入城。阿克苏十余万人民，“皆守城以待官军”。乌什、阿合奇等地的柯尔克孜族牧民，也纷纷跨上骏马，追击白彦虎残部。清军于九月十五日、十八日及二十日分别进驻拜城、阿克苏（城内有满城，即今阿克苏；回城，即今温宿）和乌什。