阿克苏地区图书馆

叶尔羌汗国是一个封建世俗王朝，伊斯兰教的思想和制度逐渐渗透到社会、政治、经济、文化及风俗习惯等各个领域，伊斯兰教法（沙里阿特）成为叶尔羌统治者立法的重要依据。
  政教分离是叶尔羌汗国基本的政治制度。这种制度是维吾尔族从接受伊斯兰教以后就形成的一种习惯。即使在稍后由和卓建立政教合一统治时代，教职与官职仍有不同分工，不过教权高于一切，和卓控制着最高权力。到了清朝统一新疆后，政教分离的制度得到恢复。
  这时期的官制，已有伯克制的雏形。“伯克”意为“长官”或“首领”。大小官员均可称伯克，伯克由政府任命，不能世袭。叶尔羌汗国时期，阿克苏以西包括乌什等重要城镇（又是行政单位）均由汗朝的王族担任这一地区的总督；库车、拜城大多数时候置于汗朝的辖治，当吐鲁番政权稍强时，又为吐鲁番政权辖治，城治则由阿奇木施行。
  14世纪中叶，额什丁和卓在库车建立伊斯兰教苏非组织传播伊斯兰教。到了叶尔羌汗国，苏非派达到全盛，库车成为苏非教团的中心。这一时期，境内维吾尔族是信仰伊斯兰教的主要民族。柯尔克孜族则在17世纪以后才成为穆斯林。