阿克苏地区图书馆

1218～1219年，蒙古成吉思汗以追捕屈出律为由，开始西征。不久，新疆和整个中亚地区都属于蒙古帝国的统治之下。
  1225年，成吉思汗将征服的地方分封给自己的四个儿子，次子察合台分得西辽故地，名曰察合台汗国，库车、阿克苏、乌什均归其统辖。境内民族、部落和宗教也较为复杂，伊斯兰教、佛教、景教以及摩尼教、道教、天主教等都有流传。
  1345年，世居阿克苏的杜格拉特部艾米尔（军事首领）播鲁只派人长途跋涉，将成吉思汗第七代子孙、16岁的秃黑鲁·帖木尔从额尔齐斯河以北带回阿克苏，促成其两年后在阿力麻里登上东察合台汗朝的王位。1370年，西察合台的帖木尔以东察合台新汗怯马鲁丁袭击幼汗为借口，到1377年连续五次兴兵讨伐，兵锋及于整个蒙兀尔斯坦以及察失力（今焉耆）、库车、乌什和喀什噶尔附近，残破了沿途的城镇。他每次征讨，都对沿途经过的地方进行无情的掠夺和摧毁。乌什、库车等城镇在腥风血雨中化为废墟，正在向小城镇发展的阿克苏绿洲又一次遭受战火的摧残。
  1414年，明朝的陈诚、李暹出使西域，还看到战乱留下的满目疮痕，整个东察合台境内，“惟鲁陈（今鄯善县鲁克沁）、火州（今吐鲁番市高昌故城）、土尔番（今吐鲁番）、哈石哈（今喀什）、阿力马力（今霍城县阿勒台遗址）数处略有城邑民居田园巷陌，其他处所虽有荒城故址败壁颓垣，悉皆荒移，人多居山谷间”。
  15世纪初的阿克苏比起草原来说像个城市，其实还只是一个小镇而已。当初曾想在阿克苏设宫帐而结束游牧生活的羽奴思汗于1469年前后占领了阿克苏，并在此住了数年。此后不久，阿巴·〓乞儿征讨阿克苏时，将其焚烧一光，居民被迫迁到喀什噶尔。