阿克苏地区图书馆

公元9世纪末10世纪初伊斯兰教传入新疆，阿图什大清真寺的建立和萨图克·布格拉汗接受伊斯兰教是伊斯兰教传入新疆的两个重要标志。萨图克·布格拉汗是喀喇汗王朝的一名王室成员，他在萨曼王朝的纳斯尔王子的影响下接受了伊斯兰教。纳斯尔王子在萨曼王朝的王位争夺中失败，来到了喀什噶尔，喀喇汗王奥古尔恰克任命他为阿图什地区的行政长官，他施展“牛皮巧计”在阿图什建立了新疆第一座伊斯兰教清真寺。
  在萨图克·布格拉汗皈依伊斯兰教之前，喀喇汗王朝统治上层主要信奉摩尼教或佛教。境内的回鹘人受浓厚的佛教文化的影响，一些人由摩尼教改宗了佛教。喀喇汗朝第一位可汗毗伽阙·卡迪尔汗的次子奥古尔恰克就是位佛教信仰者。萨图克·布格拉汗在纳斯尔和中亚穆斯林的帮助下于公元915年登上汗位，萨图克·布格拉汗接受、倡导伊斯兰教完全是出于政治目的。
  萨图克·布格拉汗去世后，其子穆萨继续推行伊斯兰教，公元960年，20万帐游牧民接受伊斯兰教，也就是这一年，他宣布伊斯兰教为喀喇汗朝的国教。962年，喀喇汗朝与信仰佛教的于阗李氏王朝之间爆发了长达数十年的宗教战争，虽然于阗得到了归义军沙州政权、佛教邻国吐蕃和高昌回鹘王国的支持，但最终于阗被喀喇汗朝击败，喀喇汗朝占领了于阗，当地居民逐渐接受了伊斯兰教。于阗国灭亡后，信仰伊斯兰教的喀喇汗朝就发动了对信仰佛教的高昌回鹘的“对战”。喀喇汗王朝的大汗阿赫马德·托干汗亲自组织和指挥了对高昌回鹘的战争，战争非常激烈和残酷，但由于喀喇汗王朝统治集团内部发生分裂，所以一直到西辽、蒙古统治时代，伊斯兰教统治的地区只维持在阿克苏至且末、若羌一线，往东未能越过库车。
  公元1347年察合台后王秃黑鲁·帖木儿登上了汗位，1353年他在额西丁和卓的劝导下皈依了伊斯兰教，成为新疆地区最早接受伊斯兰教的蒙古可汗，在额西丁和卓家族的支持、配合下，在全汗国境内强制推行伊斯兰教，迫使天山以北的许多蒙古人信仰了伊斯兰教，在他的支持下，伊斯兰教推进至库车、沙雅、焉耆。秃黑鲁·帖木尔儿汗的后裔都把伊斯兰教作为维护统治和进行扩张的工具，他之后的蒙古诸汗都热衷于推广伊斯兰教。东察合台汗国黑的儿火者统治时期（1383～1399年），曾对吐鲁番地区发动战争，最后以武力夺取了该地，强迫当地居民接受伊斯兰教。吐鲁番地区是新疆最晚接受伊斯兰教的维吾尔族聚居区之一。从10世纪伊斯兰教传入喀什噶尔，到15世纪吐鲁番居民普遍信仰伊斯兰教，经过了500多年的时间，伊斯兰教在维吾尔族两个主要聚居区的传播基本结束。哈密在14世纪时已有伊斯兰教传播，伊斯兰教势力控制吐鲁番后，哈密成为伊斯兰教统治者与明朝政府争夺的焦点。哈密是明朝与中亚、西亚贸易交通的咽喉之地，为了加强对这里的管辖，明初在这里册封了哈密忠顺王，建立了哈密卫，设立了“僧纲司”，并由政府派出专使协助忠顺王理政。在哈密伊斯兰教上层人物的暗中支持下，伊斯兰教势力最终占领了哈密。至此，伊斯兰教自传入以来，经过6个多世纪的传播和发展，最终取代了佛教，成为新疆地区的主要宗教。
  清朝时期，随着乌孜别克族和塔塔尔族的迁入，新疆信仰伊斯兰教的民族已有维吾尔、哈萨克、回、柯尔克孜、塔吉克、乌孜别克、塔塔尔7个民族。