阿克苏地区图书馆

明王朝在农民起义的打击下灭亡。公元1644年，兴起于我国东北的满洲军队入关，攻占北京，建立清朝。
  清朝建立前夕，游牧的卫拉特蒙古在准噶尔部巴图尔珲台吉的领导下强盛起来，统治着北从额尔齐斯河、鄂毕河中游，南至天山，西至巴尔喀什湖的广大地区，学术界称之为准噶尔汗国，而天山以南地区则处于叶尔羌汗国的统治之下。
  清朝建立之初，准噶尔蒙古即向清遣使通好。后来噶尔丹为首领时，不断率准噶尔骑兵攻扰已归附于清王朝的喀尔喀蒙古、哈密、青海等地。清康熙、雍正、乾隆三朝与准噶尔部进行了长达百余年的争战。1745年，准噶尔部首领噶尔丹策零死后，内部发生争夺汗位的斗争。1754年因争汗位失败，准噶尔部贵族阿睦尔撒纳率众归附清朝，被安置于乌里雅苏台一带游牧。而此时，沙俄也趁准噶尔内乱，不断南下，侵占准噶尔牧地。面对这一形势，1755年清朝发兵5万，一举攻灭准噶尔汗国，占领新疆的天山以北地区。清朝采取了众建以分其势的策略，册封原准噶尔诸王公统领其地。但不久，被清朝封为亲王的阿睦尔撒纳，梦想成为卫拉特各部大汗而起兵叛乱。1756年，清军再次出兵伊犁，并迅速讨平叛乱，重新统一天山以北地区。
  清军首次占领伊犁时，即遣送被准噶尔羁留在伊犁的大小和卓兄弟中的大和卓博罗尼都回南疆招附各部。阿睦尔撒纳叛乱后，留在伊犁的小和卓霍集占参加了叛乱并乘机逃回南疆。1757年，大小和卓在南疆发动叛乱，1758年清军在平定阿睦尔撒纳叛乱后，决定出兵南疆平叛。经数次战役的较量，1759年清军平定了大小和卓之乱，天山以南地区统一于清朝。1762年清朝设伊犁将军（全称为总统伊犁等处将军），总领天山南北军政事务。
  由于新疆是一个多民族、多宗教并存的地区，清朝根据各地的不同情况，采取了各异的管理制度。在乌鲁木齐地区设镇迪道，管理巴里坤、奇台、阜康、昌吉、玛纳斯、迪化等地。在维吾尔族聚居的南疆地区，沿用了旧有的伯克制度，但废除了伯克世袭制，厘定了伯克的品级，并对伯克的职守、任免做出了明确的规定。在最先归附清朝的哈密、吐鲁番地区实行札萨克制，封其首领为王为公，统领其地。
  为加强新疆的防御力量，清朝派调八旗和绿营军队驻防战略要地和中心城市。长期驻守新疆的八旗、绿营军队超过4万人。清朝还大量修筑城堡，修建军台、驿站，以加强统治。与此同时，为恢复和发展新疆的经济，清朝采取兵屯、民屯、回屯、犯屯等多种形式大规模屯田。还在北疆牧区开设牧厂，以恢复畜牧经济。制定章程，以恢复、发展和监管新疆的内外贸易。拨解“协饷”以支持新疆的经济发展。
  大小和卓之乱被平定后，其后裔并不甘心失败，曾数度为乱南疆，其中主要的有1826年的张格尔之乱、1830年的玉素甫之乱、1847年的七和卓之乱、1857年的倭里罕之乱等，清政府都坚决予以平定，维护了新疆政局的稳定。
  乾隆年间，清政府抽调索伦营、锡伯营驻防伊犁河两岸，调满营、蒙古营驻防全疆各地。达斡尔族、锡伯族、满族遂成后来新疆居民的组成部分。
  公元1771年1月，远徙伏加尔河流域游牧的土尔扈特蒙古，为摆脱沙俄的残暴统治，在首领渥巴锡的率领下，历尽艰险，返回故土。清政府对此极为重视，调拨物资款项进行接济，并划分牧地，对其妥善安置。
  公元1840年鸦片战争爆发后，中国逐步沦为半殖民地半封建国家。沙皇俄国利用其地缘优势，在吞并了中亚地区后，加紧了对我国新疆的侵略。1851年《中俄伊塔通商章程》签订，沙俄获取了单方面设立领事和在疆贸易免税的特权。1864年《中俄勘分西北界约记》签订后，沙俄侵吞了我国西北边疆44万平方公里的领土。为抵抗沙俄的侵略，新疆各族人民开展了一系列的斗争。
  公元1864年，在陕甘回民起义的影响下，新疆爆发了大规模的各族人民起义。在起义军的打击下，清军退守巴里坤、哈密，清朝在新疆各地的统治机构基本瓦解。但由于封建地主和宗教头目的混入，起义的性质发生了变化，演变为封建割据政权间的争权夺利斗争。1865年，浩罕反动军官阿古柏乘机率军挟和卓后裔侵入南疆，并建立起“哲德沙尔”（意为七城国）侵略政权，占领了除哈密外的南疆地区及天山以北的乌鲁木齐至玛纳斯一线。1871年，沙俄也乘机出兵侵占我国伊犁地区。
  侵略者的残暴统治，不断激起新疆各族人民的反抗。在镇压了陕甘回民起义后，1875年，清政府决定以左宗棠为“钦差大臣督办新疆军务”，指挥清军收复新疆。左宗棠制定了“先北路、后南路、再伊犁”和“缓进急战”的作战方针，以刘锦棠为先锋出兵新疆。在新疆各族人民的支援下，清军仅用一年半时间，就于1878年1月收复了南疆。收复南疆后，收复伊犁也随即被提上议事日程。几经交涉，1881年《中俄伊犁条约》签订。次年，伊犁正式回到祖国怀抱。至此，整个新疆又重新回到清王朝的管理之下。
  收复新疆后，清政府为加强对新疆的统治，于1884年设立新疆省，以迪化（今乌鲁木齐）为省会，并以刘锦棠为首任巡抚。新疆建省，是新疆历史上的一件大事，它是新疆社会经济长期发展的历史必然。建省后，新疆与内地的经济文化联系进一步加强，新疆社会经济得到较快发展，我国的西北边疆安全更为巩固。
  新疆建省后，伯克制度被废除，札萨克制封建王公权力被削弱，新疆大部分地区建立了道、府、厅、州、县的行政管理体制。改革了原有的土地、赋税制度，调整了旧的军队布防和驻军体制。上述措施巩固了清朝在新疆的统治，促进了新疆社会经济的恢复和发展。
  清朝末期，迫于国内形势的压力，清政府在全国范围内推行了被称为“新政”的改良运动。新疆的“新政”涉及政治、经济、军事等方面，但收效甚微，已不能挽救腐朽的封建统治。