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明政府统辖西域的一个重要措施就是册封各部首领为王、为都督。除哈密王外，别失八里王、亦力把里王、吐鲁番王和瓦剌王等，都是明朝中央政府册封的，并颁发印信。
  据《国榷》卷13载：“永乐三年（1405年）四月庚辰，赐别失八里王沙迷查干。初，哈密安克帖木儿为鬼力赤毒死，沙迷查干问其罪，上义之。”永乐六年“遣祭别失八里国王沙迷查干。时，弟马哈麻嗣”。马哈麻者，元之余裔，袭封居此。“永乐十四年（1416年）三月壬寅，马哈麻卒，仍封其子纳黑失只罕为王。”从此记述证明，别失八里数代王位，都是明中央政府册封的。
  天山北路之瓦剌，《元史》称为干亦剌，又作外刺。《语解》改作卫拉特。成祖时，尝封其首领马木哈等三人为王。永乐七年（1409年）夏，“封（瓦剌部首领）马哈木为特进金紫光禄大夫，顺宁王；太平为特进金紫光禄大夫，贤义王；把秃孛罗为特进金紫光禄大夫，安乐王。赐印诰”①。
  明廷对吐鲁番首领的册封。永乐二十年（1422年）吐鲁番“酋尹吉儿察为别失八里酋歪思所逐，走归京师，天子悯之，命为都督佥事，遣还故土”②。宣德三年（1428年）十二月甲午，“土（吐）鲁番城都督锁恪弟猛哥帖木儿来朝贡马，命为指挥佥事”③。
  此外，明朝中央政府还任命西域各地的头目为本地的都指挥、督佥事、指挥、干户、百户等官，管理本地的军政事务。地方官后代可以继承，但要经过明廷的任命才有效。
  明时，西域境内的哈密、吐鲁番、柳城、别失八里、亦力把里、于阗、哈什哈尔以及瓦剌，都经常派人向明廷进贡，有马、驼、玉石、皮货等。明政府则赠给丝绸、金银等财物，每年使团有十次到数十次，人数最多时竟达1800余人。
  西域诸国与明保持着从属的关系。明太祖对西域各部主张：“怀之以恩、待之以礼。”④他在讲到与边境各民族的关系时称：“天下守土之臣，皆朝廷命吏。人民皆朝廷赤子。”⑤“华夷之间，姓氏虽异，抚字如一。”⑥明中央政府对边疆各民族，可谓礼义备至了。
  朱元璋出身农民，深知民间疾苦，他总结了历代王朝兴衰的经验教训后提出：“兴国之本，在于强兵足食。”“若使士兵坐食于农，农必受敝，非长治久安之术”①。他在统一中国后，与刘基认真研究了历代军事制度以后，决定实行一种“兵农合一”“将不专军，军不私将”的“卫所兵制”。在京师和各地皆设卫所。数府划一防区设卫，，下设千户所、百户所。大抵6000人称卫，1120人称千户所，120人称百户所，百户所设总旗二（每总旗辖50人），小旗10人（每小旗辖10人）。军士有军籍，世袭为军。以大部屯田，小部驻防，军饷的大部分由屯田收入支给。其军官，卫称指挥使，所称千户、百户。各卫所分属于各省的都指挥使司（都司），统由中央的五军都督分别管辖。“寓兵于农，有事则战，无事则耕，暇则讲武。”②卫所制也推行到边疆各地，其编制与人数，与内地卫所基本相同，但屯田尤为重要，否则靠内地运粮，难以为继。边地卫所分为一般卫所和羁縻卫所两种。与内地卫所不同之处是兼有管军、领土、治民之权。而内地卫所只管军事和屯田，不许参与民政。在边地卫所中，一般要委任少数民族头领提任指挥、千户、百户等职，史称“土官”。边地卫所军队主要用于反对外来侵略，保卫领土，平定叛乱，维护社会秩序安定。遇有小的战事，卫所自己应付，重大战争，则由中央派将挂印，率军征讨。
  永乐四年（1406年），明廷正式设立哈密卫。“永乐四年三月丁巳，设哈密卫，给印章，以其头目马哈麻木火者等为指挥、千户、百户、镇抚；辜思诚哈只马哈麻为疆历。”③为了使明政府的政令在哈密实施，卫所制得以推行，特命明廷官员“周安为忠顺王长史，刘行为纪善，以辅脱脱”。永乐三年，哈密忠顺王安克帖木儿为鬼力赤毒死，明廷命礼部遣官赐祭，“诏以脱脱袭封忠顺王，送还哈密”主政。脱脱系安克帖木儿兄子，“自幼俘入中国，上即位，求得之，抚养甚至。及闻安克帖木儿死，无嗣，欲以脱脱往嗣其爵，恐其众不从，尝遣回回可察吉儿等访其祖母速可失里及其头目。至是哈密告丧且请脱脱还抚其众。乃命脱脱袭封忠顺王，赐印诰、玉带、文绮。并赐其祖母及母文绮表里”④。
  设立哈密卫，是明廷统一西域的一项重大决策。“中国立哈密卫有三要焉，断北夷右臂而破散西域交党，一也；联络夷狄而控之，二也；设险于边，保边无患，三也。”⑤哈密卫的设立，对西域与中原的文化交流，各民族的友好往来，巩固祖国边疆，维护祖国统一，无疑是有重大意义的。