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前凉延续了魏晋的管理体系，设西域长史和戊己校尉，管理楼兰及高昌屯田。
  以后前秦、后凉、西凉、北凉、北魏时在西域再未设戊己校尉。屯田都是由当地的军政长官负责。如前秦时期，高昌地区屯田是由驻龟兹的西域校尉和高昌太守管理。后凉在西域设有大都护，掌管西域的军政大权，当然也负责屯田。西凉日，西域高昌屯田属敦煌西夷校尉和高昌郡领导。北凉时，高昌屯田由高昌太守管理。其下设有兵曹史椽、司马和录事参军负责具体事宜。北魏时期，由驻鄯善的西戎校尉领导鄯善及焉耆两个军镇屯田。中央由尚书省的祠部主管，祠部下设有屯田郎中，主管屯田事务。
  十六国南北朝时期西域军队屯田的基层组织是“幢”。“千人为军，军置将一人；百人为幢，幢置帅一人。”十六国南北朝时期，“幢”普遍用作军队编制的一级组织。北魏军队也设幢将。《魏书·莫题传》载：“莫题初为幢将，领禁兵。”北凉军队也采用幢的编制。“幢”是十六国南北朝时期西域军队屯田的基层组织。有的屯军设有子使、戍主具体负责屯田管理。