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从公元304年至439年是十六国时期。是时，中原诸侯割据，拥兵称王，战争频仍，政权更替频繁。虽然中原处于大分裂、大动荡的局面，但与西域的政治关系始终没有中断。继魏晋而统治西域的有前凉、前秦、后凉、西凉和北凉等政权。鲜卑和柔然曾一度统治天山以北的准噶尔地区。
  一、前凉统治时期天山南部的屯田
  公元37年，凉州刺史汉人张寔建立前凉王朝，都姑臧（今甘肃武威市）。他采取与民休息的政策。时华北大乱，所在征伐，军无宁岁，唯凉州安定，“天下丧乱，秦雍之民死十八九，唯凉州独全 ”②。大批难民涌入河西，有的到达高昌。 “中州避难来者日月相继。 ”③人口的大量增加，促进了前凉的生产发展，经济繁荣。
  公元 324年，张骏继位，称凉州牧、凉王。前凉承魏晋制，继续在西域设长史和戊己校尉。张骏注意发展生产，“骏亲耕藉田 ”。 “尽有陇西之地，士马强盛。 ”④
  公元 327年，高昌戊己校尉赵贞不附前凉。张骏派兵 “击擒之，以其地（指戊己校尉治所 ——高昌）为高昌郡”（同上书）。公元335年（咸康元年），张骏“遣将杨宣伐龟兹、鄯善。于是西域诸国，焉耆、于阗之属皆诣姑臧朝贡”⑤。西域定，诸国献汗血马、火浣布、封牛、孔雀、巨象及诸珍品。于贡方物，得玉玺于河，有文曰： “执万国，建无疆。
  ”张骏分敦煌等三郡及西域都护等三营为沙州。以西胡校尉杨宣为刺史。前凉曾先后臣服于前赵、后赵、前秦和东晋。
  前凉统治天山以南地区时，天山以北准噶尔地区为鲜卑所管辖。公元376年，前秦攻灭前凉和代国，征服了整个西域。
  楼兰和海头屯田
  西域长史治所楼兰，屯田从魏晋一直延续下来。公元327年，长史改为西域都护，继续组织军民在楼兰屯田。
  沙畹的《汉文文书》第886号木简记有：“建兴十八年（330年）三月廿七日粟口胡楼兰..一万车，钱二百。”西晋于公元36年亡后十四年，楼兰仍奉行西晋建兴年号。这一木简证明：前凉驻楼兰军队，直到公元330年仍在屯田。
  公元330年后，由于塔里木河改道，楼兰水源断绝。前凉政府将西域都护府迁至海头。海头位于罗布泊西南，米兰城北100多公里处。当时塔里木南河（今车尔臣河）流经海头。从此，海头成了西域屯田重地，楼兰逐步荒废了。
  高昌屯田
  高昌是戊己校尉驻地，屯田一直未停。公元327年（东晋咸和二年），戊己校尉赵贞反对前凉政权，但很快被张骏平定下去。同年设高昌郡，下辖高昌、田地、高宁、横截等县。县下设乡里。从此高昌军民分治，高昌郡守主管民政，戊己校尉主管军屯和戍边。史学界把这段历史称为高昌郡时期。
  二、前秦和后凉时期西域的屯田
  公元35年月，氐人苻坚建立前秦，都长安。势力迅速壮大，先后统一了华北、淮河以北的黄河流域、四川、河西走廊、天山南北的广大地区。
  公元376年8月，前秦王苻坚派兵入河西走廊，攻前凉，占姑臧，前凉王张天锡战败投降，前凉亡。同年在龟兹设西域校尉，统辖西域。命杨翰为高昌太守，领导军民屯田。苻坚把汉江人2万余户，中州人7000多户，和河西以东的数千户，西迁敦煌屯田。因敦煌人满，一部分人西迁到高昌屯田。前秦在高昌不仅有军屯，有民屯，还有犯人屯田。《晋书 ·苻坚传》载记第十三载：苻坚侄儿苻阳谋反，“徙阳于高昌 ”。
  公元376年2月，前秦攻灭代国，占有整个西域。公元378年0月，西域十多国到长安朝贡，大宛献汗血马500多匹。“东夷西域二十六国入贡于秦。”①
  公元383年（东晋孝武太元八年），车师前部王、鄯善王入朝：“乞依汉制，复设都护。若王师出关，愿为向导。”苻坚命吕光为持节都护西讨诸军事，统步兵7万，骑兵5000，令车师、鄯善王为前驱，从长安出发，穿河西，越大碛，以征西域。吕光军至焉耆，焉耆王泥流率旁国请降。次年5月，西征军至龟兹，龟兹王白纯依城抗击，为吕光所败，更立新王。于是威名大震。西域诸国之贡款使节相率于道。诸国又将汉朝所赐符节奉上，吕光奏请易以新符节。
  公元385年，吕光率军回师。带着高僧鸠摩罗什，用驼2万余头，载外国珍宝、骏马万余匹而还。入玉门，取凉州。公元386年12月吕光得知苻坚被杀，于是建立后凉，都姑臧，自称中外大都督、大将军、凉州牧、酒泉公（后改称三河王，396年自立为大凉天王）。命其子吕覆为都督玉门以西诸军，西域大都督，镇守高昌，和前秦一样，继续组织军民屯田。焉耆、龟兹诸国，朝贡于后凉。
  公元402年，柔然首领社仑率军西进，占领了天山以北的准噶尔盆地和伊犁河流域的乌孙国。
  三、西凉和北凉王朝西域的屯田
  北凉敦煌太守李暠是当地大姓。公元400年12月，李暠据敦煌，建立西凉王朝，自称冠军大将军、沙州刺史和凉公，辖有河西走廊。公元403年，后凉灭亡，西凉占有西域。公元405年（西凉建初元年），李暠把首府从敦煌迁至酒泉，想号召汉人推翻沮渠蒙逊的统治。但又以“敦煌郡大众殷，制御西域，管辖万里，为军国之本”，乃任自己的儿子李让为宁朔将军，西夷校尉、敦煌太守，以“统摄昆裔，辑宁殊方”。次年，鄯善、车师前王派人到酒泉表示臣属。公元403年西凉代后凉而占有西域。李暠为了广田积谷，统一西域，鼓励屯田，发展生产，使高昌军屯、民屯均有发展。
  公元401年，匈奴贵族沮渠蒙逊杀吕光叛将段业，建立了北凉王朝，都张掖。自称大将军、凉州牧、张掖公。公元421年迁都姑，改称河西王。同年3月沮渠蒙逊筑坝堵水，冲淹敦煌城，李恂自杀，西凉亡。蒙逊派兵出西域，占高昌。命隗仁为太守，组织屯田。鄯善王比龙入朝于北凉，西域诸国纷纷向北凉称臣朝贡。
  北凉在高昌的屯田，《吐鲁番出土文书》反映了当时军屯的情况。
  《吐鲁番出土文书》第一册载有：《兵曹下八屯符为屯兵值夜守水事》。内容是：“右八幢知中部幢，次幢之日，幢共将校一人，撰（选）兵十五人，夜住守水。残将校一人，将残兵值苟（狗）还守。兵曹椽张豫，史在法疆白，明当引水灌西部。司马閵、录事参军悦，功曹史张，典军主簿嘉、五官洿。”此文书无纪年，但同墓出土纪年文书起于西凉建初四年（408年），止于北凉缘禾五年（437年）。再据《北凉义和三年（433年）兵曹条知治幢0文书》后面押衔也有“典军主簿嘉”。从以上资料判断，出土文书属于北凉义和年号前后，反映了当时高昌屯田的情况。
  “幢”原是指将军驻地的军旗。西晋时大将建有赤幢曲盖。十六国南北朝时期，“幢”普遍用作军队编制的一级组织。如北史《蠕蠕传》卷98载：柔然军“北徙弱洛水，始立军法：千人为军，军置将一人；百人为幢，幢置帅一人”。北魏也有幢将。《魏书·莫题传》载：莫题“初为幢将，领禁兵 ”。北凉屯田也采用幢的编制。百人为幢，八屯即有800名屯兵。
  “知中部幢 ”。即管理中部幢。说明除右八幢有800名屯田士兵外，还有中部幢，可能还有左八幢。果如是，三处均以800名计，共有屯兵2400人，人种地20亩，则共屯田4.8万亩，其规模是不小的。
  “幢共将校一人，撰（选）兵十五人，夜住守水。”即每幢有校将官一人，每幢百人要选15人在夜间负责灌溉。
  “残校将一人，将残兵值苟（狗）还守。”由年岁大的校将一人，带老弱士兵和警犬守护。
  公文后面有司马、录事参军签署，说明高昌军屯属军府管理。
  高昌不仅有军屯，还有民屯。《吐鲁番出土文书》第一册中《都乡啬夫被符征发役作文书》记有：“右五家作次迭知，为官种芜荒。”“右五家 ”是指在屯田地区右面的五家农民。“为官种芜荒 ”，即耕种属于官府的荒地。显然是民屯。