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一、西域都护府的建立
  公元前108年，汉朝出兵攻破楼兰、车师。前102年，汉朝攻打大宛。汉武帝吸取李广利西进中难得给养，而遭致失败的教训，认识到要和匈奴贵族在西域进行长期的斗争，首要的是解决吃粮问题。为此，在公元前101年，汉朝在轮台、渠犁驻数百士兵屯田，并设立“使者校尉”管理屯田事宜。这是汉朝在西域设置的最早的行政机构，实际上就是西域都护最早的雏形。
  公元前68年，汉朝派侍郎郑吉、校尉司马懿到渠犁一带屯田。郑吉是一个有雄才大略的将领，他在渠犁屯田一年，秋收之后，眼看军粮充足，雄心勃勃地发城郊诸国兵万余人及渠犁屯田士兵1500人，并征调西域各国军1万多人，攻占车师国都交河城。次年分兵在车师交河屯田。随着汉军的节节胜利，南道已被汉朝所控制。但焉耆尚有僮仆都尉，北道仍被匈奴控制着。公元前64年，汉朝任命郑吉为“护鄯善以西使者”护南道，还不能兼护北道。
  公元前60年，汉朝任命郑吉为西域都护，统管南北二道各地，都护府设在乌垒城。西域都护府是汉朝中央政府在西域行政国家权力的最高机构。西域都护府的建立，标志着西域正式归属汉朝版图，成为我国统一的多民族国家的一个组成部分。也就是说，汉朝统一西域的大业，从张骞通西域开始，到郑吉出任西域都护，终于完成。
  永初元年（107）西域内数有背叛，东汉政府决定撤回西域都护等政府机构。延光二年（123）四月，班勇，以首任西域长史开其端，其后，包括龟兹在内的西域仍然接受东汉所派的西域长史和戊己校尉有效的统治。就是说，龟兹在东汉时仍是中国不可分割的疆土。
  二、西域都护府管辖
  （一）西域都护府管辖的地域
  西域都护管辖的范围，东起阳关、玉门关，西至中亚费尔干纳盆地，北抵巴尔喀什湖，南至葱岭山区；西域55国中，除罽宾、乌弋山离、大月氏、康居、安息五国因距中原“绝远”，不属都护外，其余50国，都在西域都护府管辖之下。
  （二）西域都护府管辖诸国
  西域都护府的西域诸部，号称“五十余国”（以城为国，史称城廓诸国）。据《汉书·西域传》所记载的只有48国。各城由王治辖，王以下设各级官吏。
  三、西域都护府位置变迁
  西域都护府位置的选择至为重要，因为它是汉廷在西域的最高军政机构，是西域地区政治、经济、军事、文化的统治中心，有众多的军政各级办事人员及驻军，不仅要位置适中，更重要的是要有足够的军事实力，以维持各级机构所必要的物质基础和保证人民生活的基本需求，而两汉时期的西域都护府主要设在轮台的乌垒城及其附近地区；另一个是在龟兹的它乾城。这两者的位置在西域虽都比较适中，就经济实力、自然条件、人力资源而言，龟兹地区就远较轮台县的乌垒要强得多。班超将西域都护从乌垒迁移到龟兹的原因有许多，但龟兹的地理位置之重要，应当是最主要的因素之一。龟兹地处天山南麓，塔里木盆地的北缘，属西域之中，历朝历代均控扼交通。西域大道由库车东行，经汉轮台、乌垒、尉犁、楼兰至敦煌，再经河西走廊，到长安。由此可见，龟兹是汉朝时中原通往西域的重要中转站。龟兹的道路以王城为中心，形成了向外辐射的交通网。其中比较有名的有龟兹—姑墨—疏勒道：由库车西行，经姑墨、尉头至疏勒。这是汉朝时中原途经西域“北道”两段的交通要道；龟兹—姑墨—于阗道：由库车西行至姑墨南行逆和田河至于阗；龟兹—乌孙道。尽管这条道路途经的地点和路线在考古研究方面意见不太统一，但都得经过龟兹这个事实是无可争议的。夏季时从乌孙夏都昭苏盆地东南越天山，过黑英山盆地至龟兹。冬季时则由乌孙冬都赤谷城越拔达岭（今乌什县西境别迭里）东至龟兹。地理位置的优势，使龟兹成为丝绸之路上的一颗璀璨的明珠、重要的交通驿站。增加了人口的流动量，促进了市场交易，提高了龟兹人民的生活水平。再则，人口众多也是班超迁都护府于龟兹不可忽视的重要原因。
  龟兹国人口约有8.1万多人，胜兵约2万多人，是天山以南各国人口最多的一族。他的人口，几乎比疏勒、莎车、于阗的人口多4～5倍。而塔里木盆地南道五国合起来的人口有8.8万多人，略多于龟兹国，可是这几国的胜兵加起来却只有1.3万多人，比龟兹一国的胜兵还少7000多人。可知龟兹国人力的雄厚和兵力的精强，使班超尤其看重。如果以龟兹绿洲与轮台绿洲的人力相比，那么龟兹绿洲8.1万多人，轮台绿洲包括乌垒、渠犁、尉犁三国人口也仅1.2万多人，几乎比龟兹绿洲的人口少7倍，其悬殊显见。所以在西汉时代龟兹局势左右着西域政治的安危，因而班超平定龟兹以后，不失时机地把西域都护府迁往龟兹，道理就在此，同时也体现出班超是位极富远见的人。
  四、职官
  （一）西域都护
  西域都护为汉朝加官。都护府置都护1人，副都护2人，长史、司马各1人，录事、功曹、仓曹、兵曹、法曹、参军各1人，参军事3人。
  （二）西域副校尉
  （三）西域长史
  （四）戊己校尉
  戊己校尉元帝初元元年（前48）置。有丞、司马各一人，侯五人，秩比六百石。是屯田区最高长官，专管屯田事务。此外，在各地还设置屯田官和屯田机构，如伊维都尉、宜禾都尉、伊吾司马等。
  五、汉朝治理西域的措施
  汉朝治理西域的措施是很多的，效果也是显而易见的，归纳有五条措施是最为主要的：一是派遣官吏。西汉时期共派遣过18位都护，东汉派遣过5位都护。东汉后期，不再设西域都护而改设西域长吏，所派遣的官吏中还有西域副都尉和戊己校尉等；二是册封地方首领颁赐印绶。汉朝统一西域后，地方仍由原地方政权管理。但国王及各级官吏都必须由汉朝中央政府册封和授予印绶。西汉时期，得到汉朝授予官印的各级地方官吏有376人；三是屯田戍边。汉朝在龟兹、姑墨等地设置过十几个屯田区，扩大了耕地，基本上解决了驻军、往来使者和商旅的粮食供应问题；四是修筑城垒和烽燧台。为保证“丝绸之路”畅通无阻，汉朝在通往西域的道路上修筑了许多城垒、连绵不断的烽燧台。城垒用以驻扎军队、管理商旅；五是派遣侍子、遣使纳贡。西域各地区的首领不断地向汉朝派遣侍子和贡献方物。西域都护府建立之后，西域诸国遣子入侍者纷纷而至，纳质已被确定为一种制度。贡献方物的使臣络绎不绝。汉朝政府对西域各地的质子和前来纳贡的使节，都给了极为优厚的待遇，这种频繁的使臣交往，进一步加强和密切了汉朝同西域的隶属关系。和亲在历朝历代中尽管目的各有不同，但大多数体现出来的，主要是一种政治手段。有的是为了避免分裂、战争而和亲；有的是为了统一大业而和亲在这五条措施中，修筑城垒、烽燧台和派遣侍子、遣使纳贡的具体内容在本书其他章节中有表述，这里就不再赘述。
  （一）派遣官吏、设置统治机构
  1.派遣官吏
  西域都护是汉朝派遣到西域的最高军事、行政长官；副校尉（副都护）协助都护工作，级别与都护同。他们都由中央任命。都护府是办事机构，设有丞、司马、侯等官职。他们由都护任命。西域都护的职权可概括为“护国”和“护道”。护国，就是须行朝廷号令，代表汉朝中央政府行使对西域各国国王和官吏的册封、任免和奖惩等权利，稳定西域局势，维护西域各国与中原的统一。护道，就是监护南北二道，保障过往使者和商旅的安全。西汉所设西域都护，从第一任都护郑吉开始，连续70多年，共派遣过18位都护。著名的有郑吉、韩宣、甘延寿、段会宗、廉褒、韩立、郭舜、孙建、但钦、李崇等。王莽天风三年（16）西汉最后一位都护李崇出西域。1949年后已由考古工作者在沙雅县出土了“李崇之印”。现存新疆博物馆内。自地皇四年（23）李崇死于龟兹后，西域地区群雄相争，几十年刀光剑影，各族人民重新陷入战乱之中。
  永平十七年（74），东汉政府派陈睦任首任西域都护。永平十八年（75）6月被焉耆、龟兹兵攻杀。永元三年（91），龟兹、姑墨、温宿归降班超，东汉政府任命班超为西域都护，徐干为西域长史。班超即将西域都护府从乌垒城迁到龟兹的它乾城，徐干则屯驻疏勒。东汉后期不再设西域都护府，而改设西域长史。
  2.册封地方首领，颁赐印绶《汉书·西域传》记载：“西域最凡国五十：自译长、城长、君、监、吏、大禄、百长、千长、都尉、见渠、当户、将相至侯王皆佩汉印绶，凡三百十六人。”册封地方首领，颁赐印绶是汉朝中央政府对新疆地方管理之常。汉元康元年（前65），龟兹王绛宾娶乌孙解忧公主之女弟史到汉朝朝贺，“王及夫人皆赐印绶”。两域都护韩宣奏，乌孙大吏、大禄、大监皆赐金印紫绶，元帝三年之。汉朝中央政府通过西域都护，对西域各地王、侯、相、将等各级官员颁赐印绶，以示辖治。今沙雅县于什格提汉代遗址内曾出土一枚“汉归义羌长”印，篆文，铜质，卧羊钮。西汉时代，西域地区有羌族居住，此印当系汉中央政府颁给羌族首领者。沙雅县裕勒都司巴克还曾先后发现三颗文字相同的铜印，龟钮，篆刻，阴文，这应该是按照汉朝中央政府的制度给以当时西域地区的一种职官的官印。明帝永平十六年（73）冬，汉遣军司马班超废制造叛乱的龟兹王尤利多而立白霸为龟兹王。
  3.屯田戍边
  屯田戍边是汉朝在西域采取的一项重大措施，现实作用巨大，历史意义深远。细君公主出嫁到乌孙后，汉朝即在乌孙眩雷屯田。公元前101年设立使者校尉，就是为了屯田积谷，以供给来往于西域的使者。这次屯田地址是渠犁、轮台一带，每处有田卒数百人。公元前91年前后桑弘羊提的那个宏大的屯田计划，当时虽然没有实行，但后来不但实行了，而且还被大大地超过了。汉昭帝为了实行桑弘羊计划，在轮台屯田，虽然遭到了破坏，但在伊循城的屯田却成功了，公元前68年开始的郑吉等人在渠犁一带屯田，规模是空前的。大致就在这一时期前后，常惠、辛庆忌等人屯田于乌孙的赤谷城。西域都护设置后，屯田的地域扩大到从莎车划出来的壮胥鞬，而且从此屯田校尉即归西域都护统辖。汉元帝即位之初，戊己校尉就设立了，屯田于车师。这个简单的过程情况说明：从汉朝军政官员开始在西域常驻那天起，屯田就随着开始了，而且规模越来越大，地域越来越广。这是很自然的，不这样办，汉朝在西域的常驻官员就会遇到很大的困难，甚至站不住脚；而没有常驻官员在西域，那么，完成西域统一大业就是一句空话。这一点，不仅汉朝政府懂得，匈奴贵族也看出来了。匈奴单于为什么那样死死抓住车师不放，并公开告诉汉朝驻军，他们“必争此地”呢？道理首先在于：“车师地肥美，近匈奴，使汉得之，多田积谷。”必定要危害匈奴。在新疆的自然条件下，屯田就必须要兴修一定的水利设施。桑弘羊的建议就包括有“益通沟渠”或“通利沟渠”这一条。那时在西域的内地人大概把打井、开沟、挖渠等工程看作极为正常的事，以致在郑吉做都护的时候，有一个名叫辛武贤的人，曾建议在敦煌以西开一条运河，以转运粮食。屯田士卒使用的生产工具是从内地带来的。内地来的较先进的生产工具在西域必定要推动本地生产工具的进步。西域副校尉陈汤曾经用“得汉巧”三个字来说明乌孙兵器在内地的影响下的进步，这三个字在地域上对整个西域、在种类上对生产工具，也应该都适用。
  汉朝在西域屯田，不仅在新疆史上开了先河，为以后历代王朝统一新疆开辟了一条宽广的道路，而且在我国历史上也是具有重要意义。赵充国的屯田建议和屯田实践在我国历史上是有名的，但在时间上要比西域屯田晚得多。新中国建立初期，借鉴汉、唐时期屯田戍边的历史经验，建立了新疆生产建设兵团，为新疆各民族团结、社会稳定、经济发展做出不可磨灭的贡献。