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公元102年7月，班超年老思土，上书乞归家乡说：“臣不敢望到酒泉郡，但愿生入玉门关。”③“及臣生在，令勇目见中土”④。超妹班昭也上书，为他委婉陈辞，帝感其言，乃征召超回廷。8月，班超回到洛阳，拜为射声校尉。9月，与世长辞，一代英雄，享年71岁。
  班超离西域时，以戊己校尉继任都护的任尚请教了班超统治西域的经验。班超说：“今君性严急，水清无大鱼，察政不得下和，宜荡佚简易，宽小过总大纲而已。”任尚听后，大不以为然地说：“我以班君当有苛策，今所言平平耳。”①他对班超的话根本听不进去。上任后为政苛暴，不重视民族团结，仅统治四年时间，西域残余的匈奴分裂势力，又掀起叛乱。一部分叛军围攻了正在疏勒的任尚。任尚上书求救，东汉政府即派梁慬为西域副校尉，率河西四郡羌胡军五千骑救援，并诏征任尚回汉廷，改派骑都尉段禧为西域都护，以西域长史赵博为骑都尉。
  段禧、赵博二人仍驻龟兹它乾城，但它乾城较龟兹王白霸所住延城为小，因而西域副校尉梁慬认为它乾城小，难以巩固，乃说服白霸，欲入共保其城，白霸许之，王室贵族反对，固谏不听。懂既入，遣将急迎禧、博，合军八九千人。龟兹部分当权者反对汉军入城，即纠集姑墨、温宿等国数万军队，围攻龟兹，懂等率军出战，大破叛军。连兵数月，叛军败退，汉军乘胜追击，凡斩首万余级，获生口数千人，骆驼畜产数万头，龟兹乃定。由是卫戍都护府的军队驻白霸王城。可知设在龟兹的西域都护府，班超及任尚时都在它乾城，到段禧为都护时，开始虽仍在它乾城，不久，就迁驻龟兹王都延城。
  正当梁懂等率军大破叛军，取得重大胜利的时机，由于洛阳离西域路途遥远，消息不通，《后汉书·梁懂传》称：当时“公卿议者以为西域阻远，数有背叛，吏士屯田，其费无已”。因而于永初元年（公元108年）东汉政府公然决定撤回西域都护等政府机构，并派骑都尉王弘发关中兵，迎懂、禧、博及伊吾卢、柳中屯田吏士。由是西域残余匈奴势力又开始嚣张，十余年间，西域各族人民
  备受北匈奴压迫之苦，还胁迫各国补交东汉统治时期的所谓“欠租”。同时，以西域为基地，胁迫属国，“共为边寇十余岁”②。河西四郡也不得安宁。于是汉廷采纳了班勇建议，“复敦煌郡营兵三百人，置西域副校尉居敦煌”③。仍难遏制西域残余北匈奴的势焰，从而于安帝延光二年（123年）夏四月，即“以班勇为西域长史，将兵五百人出屯柳中”④。
  班勇担任西域长史后，即发扬其父班超之风，团结西域各族人民，逐步平定散居西域各地的匈奴分裂势力。当他于公元123年夏到任后，即于124年正月就威服鄯善、龟兹、姑墨、温宿数国，然后“发其兵步骑万余人到车师前王庭，击走匈奴伊蠡王于伊利谷，收得前部五千余人，于是前部始复开通”①。接着于延光四年（125年）秋又发河西各郡兵六千骑及鄯善、疏勒、车师前部兵击败受匈奴控制的车师后部王军就，大获胜利，得首虏八千余人，马畜五万余头，并捕得军就及匈奴持节使者，斩杀后，传首京师。永建元年（126年）即立后部故王子加特奴为王，又派勇士诛斩了东且弥王，完全平定了车师六国。
  随后，班勇虽于征讨焉耆王后被免职，匈奴呼衍王虽曾一度猖獗，但东汉政府始终统治着西域。东汉在西域都护班超、任尚、段禧之后虽已不设都护，却另设西域长史及戊己校尉治理西域，班勇以首任西域长史开其端，其后，包括龟兹在内的西域仍然受着东汉所派的西域长史和戊己校尉的统治。仅简列长史及戊己校尉人名于下。
  《资治通鉴》卷53：桓帝元嘉元年（152年）春正月，“西域长史王敬为于阗所杀。初，西域长史赵评在于阗，病痈死”。
  《后汉书·西域传》永兴元年（153年）“车师后部王阿罗多与戊部侯严皓不相得，遂忿戾反畔，攻围汉屯田且固城，杀伤吏士。……后阿罗多复从匈奴中还，与卑君争国，颇收其国人。戊校尉闫详虑其招引北虏，将乱西域，乃开信告示，许复为王，阿罗多乃诣详降”。东汉对于车师前后部署戊己校尉，以己校尉屯于车师前部，戊校尉屯于车师后部。
  《资治通鉴》卷56：灵帝建宁三年（170年）冬“凉州刺史孟佗遣从事任涉将敦煌兵五百人，与戊己校尉曹宽，西域长史张宴，将焉耆、龟兹、车师前后部合三万余人讨疏勒（以建宁元年疏勒杀其王也），攻桢中城，四十余日，不能下，引去”。
  《三国志·魏书·董卓传》汉桓帝末，任西域戊己校尉。
  《资治通鉴》卷57：灵帝熹平四年（175年）六月“于阗
  王安国攻扜弥，大破之，杀其王。戊己校尉、西域长史各发兵辅立拘弥侍子定兴为王，人众裁千口”。可知东汉末年，在西域仍然设有戊己校尉及西域长史。
  据此可知，东汉自陈睦、班超、任尚、段禧为西域都护之后，虽曾改设为戊己校尉、西域长史，却同样执掌统治西域的军政大权，是以东汉时期也同样有效地统治着西域。