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蒙古汗国和元朝在我国正史上都泛称为元朝。其实，从成吉思汗到元朝的创始者忽必烈，其间还传承了窝阔台（元太宗），贵由（元定宗）、蒙哥（元宪宗）等四代君，都是以蒙古为国号，以大汗为王称。草原文化色彩很浓，应当称为蒙古国、大蒙古国或蒙古汗国。忽必烈之后则是以元朝为国号，以皇帝为王称，已是汉文化改铸的蒙古王朝，宜区别为两个不同的历史时期。
  在蒙古汗国时期，虽历经成吉思汗、窝阔台、贵由、蒙哥四代，西北诸系藩王都服从中央大汗的统一号令，即使拖雷系的蒙哥任大汗时期，对窝阔台系后裔曾予残酷打击，也未曾发生任何叛乱，元朝的出现实乃蒙古汗国全面分裂的历史产物。随着蒙古汗国封疆从草原地区向广大农耕地区的扩大，蒙古贵族中分化出坚持游牧生活祖俗与定居改俗、巩固对农耕地区长期占领的两大派，汗国分裂开始不可避免。蒙哥死后，唯余二子忽必烈，三子旭烈兀，四子阿里不哥有权继承大汗之位，而旭烈兀在波斯已另辟封疆，建立了伊儿汗国，阿里不哥与忽必烈遂势成水火。阿里不哥坚持游牧祖俗，反对城居，得到游牧贵族的拥戴。1260年蒙古贵族在大牙和林召开忽里台大会，拥戴阿里不哥为蒙古大汗。同年久居汉地、手握重兵的忽必烈在开平（今正蓝旗）也自立为大汗，并开始创立汉式中统年号，被后世追认为元朝开国之年。①蒙古两汗并立，内战爆发。这场内战的实质是坚持游牧祖俗，还是改营定居生活方式的斗争。从成吉思汗、窝阔台、贵由到蒙哥，虽然发生了汗位由三子窝阔台系到幼子拖雷系的重大转移，虽然已经征服了大量城邦国家，但这些先后承袭大统的汗仍然守在漠北和林大牙，过着草原游牧的传统生活。至元八年（1271）忽必烈迁居大都（北京），采纳汉臣刘秉忠等建议，废汗号，称皇帝，取义《易经》中的“大哉乾元”，以大元为国号，寓意为最伟大的王朝。可见元朝建立乃是汉文化影响的结果，并不合蒙古祖制。在蒙古传统草原文化看来，被视为对祖俗的严重背叛。于是以阿里不哥为首，包括窝阔台、察合台、钦察等三大汗系组成的草原游牧贵族为一方，以忽必烈等定居派蒙古贵族及支持他的亡辽、亡金遗民及南北汉人为另一派，形成鲜明的两大阵营，蒙古黄金家族内战全面爆发。汉文史书《元史》中记载的“西北藩王之乱”所指就是这场内战，自此造成了蒙古汗国分裂的定型化。虽然元朝取得了初期胜利，但终难避免蒙古汗国全面分裂的结局。
  内战爆发之初，阿里不哥本为反元政治联盟的盟主。中统元年（1260）阿里不哥成为大汗之后，联合窝阔台、察合台两系后裔共同对付忽必烈，亲统兵与忽必烈大将亦孙哥战于漠北，大败，退保剑河流域的谦谦州②忽必烈断绝汉地的供粮，阿里不哥处境一度恶化。二年秋（1261）阿里不哥对漠北，大牙发动奇袭，“出不意突攻亦孙哥，败之，遂据和林，乘胜逾漠而南。帝闻警，亟征兵，自将御之。冬十一月壬戌，战于昔木土淖尔。国王塔察儿为左翼，亲王合丹、附马纳陈为右翼，亲王拨绰将中军，斩其将合丹豁尔赤，阿里不哥大败。..帝抚定和林”。③阿鲁忽降元，“三年（1262），阿里不哥之将哈剌不花与阿鲁忽战于布剌城及赛剌木淖尔，兵败，哈剌不花没于阵。阿鲁忽恃胜轻敌，还驻亦剌八里，遣散其兵。未几，阿速带率第二军继至，入自铁门，陷阿力麻里城”。④此年的战争主要在西域进行，至中统四年 （1263），“时天山南北户口逃亡，糇粮无所出。阿里不哥饥困”①，而早已据有汉地的忽必烈财雄粮足，兵马强盛，窝阔台系的海都兴兵反元，也连遭惨败，“阿里不哥失援，势益蹙。至元元年（1264）正月，遣使乞降..秋七月庚子，阿里不哥与玉龙答失、阿速带、昔里吉至京师。入谒..三年（1266）阿里不哥卒于大都”。②据此可知，阿里不哥仅为蒙古内战的前奏，且其交兵地点漠北，与西域历史关系不大。阿里不哥争夺大汗失败后，叛乱首领开始转移为窝阔台系与察合台系的藩王，史称西北藩王之乱。自此，西域争夺成为双方斗争的焦点，别失八里及畏兀儿地尤为争夺重点，历史影响至巨，有必要详加论述。
  蒙古汗国大体同古突厥汗国一样，建立在采邑分封制的基础上，分封成吉思汗正妻诸子各领封地，对中央大汗仍保持着宗主与藩属关系。其中窝阔台是成吉思汗第三子，起初封地在霍博（今新疆和布克赛尔），与察合台封地相邻，及蒙哥继立，大汗由窝阔台系转入拖雷系，蒙哥汗广封窝阔台后裔，此系一度化整为零，势小力分，海都是窝阔台正妻所生五子中最少子合失的儿子，在他这一支兄弟中本来地位并不高，但却将分散的窝阔台系诸王重新整合为一，并利用阿里不哥与忽必烈战争期间（1260～1264年）扩张了自身的实力。阿里不哥兵败之后，海都（1235～1301年）继为西北藩王中的盟主，元至元五年（1268）率兵进攻蒙古都城喀喇和林，揭开了长期反元战争的序幕。但忽必烈凭藉汉地充足的人力、财力资源，轻松地击败了西北藩王的联军。当年遣兵大败海都于北庭，追至阿力麻里，留皇子北平王统兵镇守阿力麻里，分兵驻忽炭（和田），西域重新收归忽必烈治下。至元六年（1269）海都、忙哥帖木儿、八剌等西北三藩王于答剌速河（塔拉斯河）畔举行忽里台大会，瓜分河中地，建立了反对元朝的政治同盟，海都正式被公推为盟主。忽必烈派太子真金驻兵称海（今蒙古科布多东南），万户伯八、断事官刘好礼镇守吉利吉思、谦谦州等地。至元八年（1271）派皇子南木合驻军阿力麻里，在此期间，元朝收复了可失哈耳、忽炭等地。至正八年（1271）八剌死，海都册立八剌子笃哇继位，巩固了窝阔台汗国与察合台汗国之间的联盟。至元十一年（1274）元军伐宋，内部空虚，海都进军漠北，笃哇攻犯别失八里、火州等畏兀儿故境，自此这一地区连遭兵劫。至元十二年（1275）忽必烈派重臣安童辅佐北平王南木合北征；至元十三年（1276）从征的宗王昔里吉等发动兵变，劫持了南木合与安童。形势对元朝非常不利。直到南宋灭亡，抽回伯颜所统南征主力，叛军的气焰才有所敛，忽必烈始得以派遣汉军屯田别失八里一带。至元二十四年（1287）局势又变，海都策反东部藩王乃颜等，自己挺进漠北草原，笃哇进攻畏兀儿地，连下别失八里、火州、哈密立等地，忠于元朝的亦都护火赤哈儿战殁，忽必烈亲征东道藩王，平定了叛乱。元大德五年（1301）海都、笃哇联兵越阿尔泰山南下，元派在麻剌和皇侄海山迎战， 决战帖坚古山（阿尔泰山与札卜哈河之间），海都受伤死于归途，笃哇也受伤，窝阔台汗国自是衰落。继任可汗为海都之子察八儿，窝阔台汗国与察合台汗国存在了约30年的同盟关系已经瓦解，大德七年（1303）察八儿与笃哇遣使元朝罢兵议和，承认了元朝的宗主国地位。大德八年（1304）察八儿与笃哇大战，元军乘势攻察八儿，察八儿降于笃哇。至大二年（1309）笃哇死，察八儿参与笃哇诸子的汗位争夺，又失败，逃往元朝，封汝宁王，窝阔台汗国旧地全部为新继位的察合台汗国新君也先不花吞并，窝阔台汗国亡。
  诸西北藩王大都坚持蒙古游牧旧习，起初信仰传统的萨满巫教，后来逐渐看重伊斯兰教，忽必烈则保护佛教，因此，虔信佛教的历代畏兀儿亦都护都追随元朝大汗，不仅其故都别失八里成为双方激烈争夺的战场，新都火州也连遭兵劫。阿里不哥败退谦谦州，忽必烈断其粮食供应，阿里不哥攻入别失八里行尚书省辖区，大肆劫掠。至元三年（1266）马木剌的斤死，其子火赤哈儿被元世祖忽必烈册封为亦都护，至元六年（1269）海都联兵帖木迭儿犯境，民众四散，元世祖赐钞赐银，令其招辑畏兀儿难民，招返了大量部众。“有旨命亦都护收而抚之，其民人在宗王近戚之境者，悉遣还其部，畏兀儿之众复辑。”①至元八年（1271）元朝建立，派遣皇子那慕罕建牙阿力麻里，进一步激化了蒙古黄金家族的矛盾，西北藩王窝阔台与察合台两系藩王接着联合起来共同反元，至元十二年（1275）笃哇、卜思巴联兵，避实就虚，倾众十二万围火州，“十二年，笃哇、卜思巴等率兵十二万围火州..受围凡六月，不解”。②火赤哈儿苦守孤城达六个月之久，城内粮尽，笃哇以书系矢射城中，要求火赤哈尔的斤献女联姻；火赤哈儿被迫将爱女缒出城外，献给笃哇，幸得解围。事后入朝觐见元世祖，元世祖奖赐大量银钞，并许嫁贵由之女巴巴哈儿公主为妻。返封后镇守哈密，但已兵疲民困，势力大衰。至元十三年（1276）从征的宗王昔里吉等发动兵变，劫持了南木合与安童。忽必烈灭宋后，以平宋主将伯颜等回师北征，迅速击溃了各路叛军，与此同时派李进、綦公直率军进屯别失八里，阿老瓦丁、也罕的斤等分驻忽炭、可失哈耳一带。至元十五年（1278）元朝初立畏兀儿按察司，长官称畏兀儿按察使，由元朝中央政府挑选蒙古人充任，初治别失八里，后迁霍州（为“火州”、“和州”的异译，指今吐鲁番高昌故城），目的是监督高昌王、亦都护及其官吏治理畏兀儿民众，吐鲁番发现的回鹘文、汉文《斌通卖身契》，就曾提到畏兀儿“按察使”。至元十六年（1279）元朝灭亡南宋，实现了全国的政治统一之后，汉军屯田兵进驻别失八里，基本上取代了畏兀儿亦都护政权承担的边疆防务，至元十八年（1281）畏兀按察司撤销。畏兀儿亦都护政权在西域政局中的作用已无足轻重。

①《新元史》卷103传：“中统元年，世祖即位于开平。阿里不哥亦僭号于和林城西按坦河，太宗后王海都，宪宗后王阿速带、玉龙答失、昔里吉，察合台后王阿鲁忽，曲里坚子阿而喀台，旭烈兀子出木哈儿等及拔都母库托克台可敦皆附之。” ②《新元史》卷103传：“引兵而东，以出木哈儿、合剌札为前锋，遇世祖所遣亦孙哥之军，一战而溃。是年冬，车驾至和林。时阿蓝答儿浑都海已伏诛，阿里不哥驻谦谦州。” ③《新元史》，卷 103传。 ④《新元史》，卷 103传。 ①《新元史》，卷 103传。 ②《新元史》，卷 103列传 7，《阿里不哥传》。 ①《元史》，卷 122 。 ②《元史》，卷 122。