新疆维吾尔自治区图书馆

从成吉思汗西征到元朝建立，蒙古人对吐鲁番地区实行两种不同的管理模式，除了依常规在该地设置各种军政机构统一治理吐鲁番地区外，鉴于畏兀儿亦都护在归属蒙古过程中的突出表现，另对高昌畏兀儿地区采用“勒其王自理政务”的管理方式。前者如蒙古汗除了以“别失八里等处行尚书省”统领天山南北各地的军政事务外，还在吐鲁番地区设置了“和州宣慰司”，直接管辖该地相关事务，此时“鲁古尘”（即唐代的“柳中”）地区应是行尚书省治下的“二十四城”之一。⑦按“鲁古尘”系《元史·地理志》“西北地附条”中之称呼，《耶律公神道碑》谓之“柳中”，《通制条格》称为“吕中”。后者则由畏兀儿亦都护管理辖内政务，亦都护可世袭，但须得到蒙古汗的允准，亦都护按照本民族的习惯法治理内政，正所谓“从在先传留下底各自体例有来”。⑧今鄯善县境内遗留的大量地面佛教建筑遗址，如汉都夏大墩塔（连木沁乡汉都阿克都村东南）、克其克阿萨佛寺遗址（达浪坎乡拜什塔木村西南）、土尔尕列孜土尔塔（连木沁乡西稍偏南）、二唐沟塔（连木沁乡汉墩乡巴哥庄西北）、小阿萨遗址（鄯善县南沙漠艾丁湖岸）等多处土坯建筑的年代下限应是元代高昌回鹘时期，似乎也证实了这一点。此间，蒙古汗还派遣官员督察畏兀儿地区，协调畏兀儿地区以及迁徙到内地的畏兀儿人之间的关系等，督察官员初称“断事官”，后称为“北庭都护”。
  畏兀儿地区与蒙古汗廷，以及后来的元朝政府一直保持着密切的隶属联系，特别是在元朝与“西北藩王”的错综复杂的关系中，亦都护王族都是坚定地站在中央政府一边，反对分裂活动，并为此作出极大贡献的。至元十二年（1275年），“西北藩王”都哇率兵十二万围攻火州城，强迫亦都护率部众投降，亦都护火赤哈儿的斤宁死不屈，都哇围城六月不下，元朝皇帝忽必烈深感其忠，《高昌王世勋之碑》这样记道：“其（火赤哈儿的斤）后入朝，上嘉其功，赐以重赏，妻以公主曰巴巴哈儿，定宗皇帝之女也，又赐宝钞十二万锭以赈其民。”
  至元十七年（1280年），元朝与西北宗王之间对西域各地的争夺日益激烈，为避免畏兀儿地区遭受更大的经济损失，年幼的亦都护奉命带领部众“挚家以从，跋履险阻”，迁徙至河西地区“土地沃饶”的永昌一带居住。今吐鲁番盆地皆归属元朝政府直接管辖，元朝曾设立土鲁番、鲁古尘、火州三个万户府管理这一带的军政事务。尔后随着元朝统治的衰微，其对包括吐鲁番盆地在内西域的政治控制不断削弱，西北宗王里势力最大的一支——察合台汗及其后代建立的察合台汗国逐渐控制了吐鲁番盆地局势。元朝末年，察合台汗国一分为二，中亚的一支被称为西察合台汗国，亦即帖木儿帝国，葱岭以东的成吉思汗黄金家族后裔于1347年推举秃黑鲁帖木儿为汗，以阿克苏为中心，组成了东察合台汗国。