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为了适应社会经济不断发展的需要，根据上级检察院的要求，经郑州市委市政府同意，郑州市检察机关的人员配备、机构设置，不断进行了适时地调整。
  1986年12月3日郑州市编制委员会批准郑州市人民检察院内设机构名称由科、室改为处、室（科级）即：办公室、政治处、调研处、经济检察处、法纪检察处、监所检察处、控告申诉处、批捕处、起诉处、技术处、基层检察处。
  1987年11月［郑编（87）7号］文件批准我院设：批捕处、起诉处、法纪检察处、经济检察处、刑事技术处、控告申诉处、调研处、政治处、基层检察处、监所处、纪检组、办公室。
  1988年8月15日批准建立郑州市人民检察院经济罪案举报检察中心，该中心与控告申诉处合署办公，一个机构，两块牌子。
  1989年8月15日郑编（1989）109号文件市编委批复撤销基层检察处，增设民事行政检察处，行政处。
  1990年6月，为了加强反贪污、贿赂工作，经郑州市编委以郑编［1990］第53号文件批复，同意撤销市检察院经济检察处，设立郑州市人民检察院贪污贿赂侦查局。下设三科一室，即侦查一科、侦查二科、侦查三科和办公室。（人员编制50人，其中20人从市院内部人员中调整，另外30人由郑州市编制委员会增加编制）。各县（市）、区院，也相继撤消了经济检察科，成立贪污贿赂侦查局。
  为了认真贯彻中央关于加强廉政建设的指示精神，根据最高人民检察院、国家编委关于“设立地方各级人民检察院监察机构的通知”要求，郑州市人民检察院于1990年11月经市编委同意，设立了监察室，与纪检组合署办公，一套班子，两块牌子（所需编制及人员由市院内部调剂解决）。各县（市）、区院也相继配备了一名监察员。
  1991年9月28日，郑州市检察院召开新闻发布会，正式宣布成立了“郑州市人民检察院贪污贿赂侦查局”。
  1995年1月，根据最高人民检察院的要求，郑州市人民检察院贪污贿赂侦查局更名为郑州市人民检察院反贪污贿赂局，原机构规格不变。同月，增设老干部处（正科级，所需人员编制由市院内部调整解决，增加中层领导职数1名）。另外，鉴于《中华人民共和国赔偿法》的正式实施，根据最高人民检察院的要求，郑州市人民检察院设立了郑州市人民检察院赔偿办公室（正科级规格），与控申处合署办公，由控申处长兼任赔偿办公室主任。
  1997年7月，郑州市人民检察院根据《中共中央关于印发（关于地方各级人民检察院机构改革的意见）的通知》精神和最高人民检察院高检发（1996）第16号文件的规定，进行了机构改革。根据内部机构职责和市委有关文件规定，市检察院内部设置14个处（部、局、室）和纪检组（监察处）、机关党委，即：办公室、政治部（主任为副县级；内设机关干部处、基层干部处、宣传教育处）、审查批捕处、审查起诉处、反贪污贿赂局（规格为副县级；内设办公室、侦查一处、侦查二处、预防督查处）、法纪检察处、监所检察处、民事行政检察处、控告申诉检察处（与市人民检察院举报中心、市人民检察院刑事赔偿工作办公室合署办公，一个机构，三块牌子）、检察技术处、法律政策研究室、干部教育培训处、计划财务装备处、老干部处、纪检组（监察处）、机关党委。市人民检察院行政编制218名。其中检察长1名，副检察长4名，纪检组长1名，政治部主任1名，反贪污贿赂局局长1名；中层领导职数44名；工勤人员不超过13名。
  2000年，郑州市人民检察院拆除了原来的办公楼舍，在原址建成了一座高17层，面积为16950平方米的检察技术通讯大楼。建立了计算机局域网，配备了现代化办公设施，大大改善了办公条件。
  2001年3月14日郑编（2001）03号文件批准我院审查起诉处更名分设为公诉一处、公诉二处。公诉一处负责重大案件的一审起诉工作，公诉二处负责办理全市二审、再审刑事案件以及对基层院起诉业务的指导工作。
  2002年1月，郑州市人民检察院根据《中共中央办公厅关于印发〈地方各级人民检察院机构改革意见〉的通知》中办发［2001］9号文件精神和《中华人民共和国人民检察院组织法》的有关规定，又一次进行了机构改革。根据其职责和市委有关文件规定，设置16个职能部门和纪检组（与监察处合署办公）、机关党委。即办公室、政治部［副院级规格。内设人事处、宣传处、综合处（挂法警管理处牌子），规格与院内其他处室平格］、侦查监督处、公诉一处、公诉二处、反贪污贿赂局（其为副县级规格，内设侦查一处、侦查二处、案件管理处、侦查指挥中心办公室，规格和院内其他处室平格）、渎职侵权检察处、监所检察处、民事行政检察处、控告申诉检察处（并挂郑州市人民检察院举报中心、刑事赔偿工作办公室牌子）、职务犯罪预防处、检察技术处、法律政策研究室、教育培训处、计划财务装备处、离退休干部工作处、监察处（与郑州市纪律检查委员会派驻郑州人民检察院纪检组合署办公）、机关党委。郑州市人民检察院机关专项编制227名。其中检察长1名，副检察长4名，政治部主任1名（由同级副职兼任或同级副职专任），纪检组长1名；反贪污贿赂局局长1名；中层领导职数64名。机关工勤人员事业编制23名。
  2003年6月2日郑编（2003）21号文件批准我院设司法警察支队，政治部综合处不再挂法警管理处牌子。同时，批准设立机关后勤服务中心，规格正科级。
  2003年12月郑州市人民检察院内设机构为办公室、政治部（内设人事处、宣传处、综合处）侦察监督处、公诉一处、公诉二处、反贪污贿赂局（内设侦查一处、侦查二处、案件管理处、侦查指挥中心办公室）、渎职侵权检察处、监所检察处、民事行政检察处、控告申诉检察处、职务犯罪预防处、检察技术处、法律政策研究室、教育培训处、计划财务装备处、监察处（与市纪律检查委员会派驻市人民检察院纪检组合署办公）、机关党委、离退休干部工作处、法警支队、机关后勤服务中心、案管中心。
  附：郑州市人民检察院机构概况览表
  注：一、1987年11月［郑编（87）7号］文件批准我院设立纪检组。
  二、1988年8月15日批准建立郑州市人民检察院经济罪案举报检察中心，该中心与控告申诉处合署办公，一个机构，两块牌子。
  三、1989年8月15日郑编（1989）109号文件市编委批复撤销基层检察处，增设民事行政检察处和行政处。
  四、1990年6月郑州市编委以郑编［1990］第53号文件批复，同意撤销市检察院经济检察处，设立郑州市人民检察院贪污贿赂侦查局。下设三科一室，即侦查一科、侦查二科、侦查三科和办公室（1991年9月28日郑州市人民检察院贪污贿赂侦查局对外宣布成立）。
  五、1990年11月经市编委同意，郑州市人民检察院设立了监察室，与纪检组合署办公，一套班子，两块牌子。
  注：一、1995年1月，根据最高人民检察院的要求，郑州市人民检察院贪污贿赂侦查局更名为郑州市人民检察院反贪污贿赂局，原机构规格不变。
  二、1995年1月，郑州市人民检察院设立老干部处
  三、1995年4月，根据最高人民检察院的要求，郑州市人民检察院设立了郑州市人民检察院赔偿办公室（正科级规格），与控申处合署办公，由控申处长兼任赔偿办公室主任。
  注：2001年3月14日郑编（2001）03号文件批准我院审查起诉处更名分设为公诉一处、公诉二处。公诉一处负责重大案件的一审起诉工作，公诉二处负责办理全市二审、再审刑事案件以及对基层院起诉业务的指导工作。
  注：2003年6月2日郑编（2003）21号文件批准我院设司法警察支队，政治部综合处不再挂法警管理处牌子。同时，批准设立机关后勤服务中心，规格正科级。