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经营管理层是拜城县联社的日常经营管理机构，实行理事会领导下的主任负责制，主任、副主任经银行业监督管理机构资格审查合格后由理事会聘任或解聘，每届任期与社员代表大会相同。
  《拜城县农村信用合作联社章程》明确规定：县联社实行理事会领导下的主任负责制。设主任1名，副主任2名，组成经营班子。主任由理事会聘任，可连聘连任。实行理事长与主任分设。主任负责县联社日常经营管理工作，行使下列职权：1.组织实施理事会决议，负责管理辖区内业务活动；2.拟定内部管理制度草案；3.拟订发展规划、经营方针和经营计划草案；4.拟订年度财务预决算方案、利润分配和亏损弥补方案；5.拟订内设部门和分支机构设置及调整方案；6.决定对内部工作人员奖惩；7.向理事会推荐副主任人选；8.聘任和解聘中层管理人员；9.根据员工管理制度聘任和解聘员工；10.该《章程》规定和理事会授予的其他职权。
  1998年，县联合社根据《农村信用合作社和农村信用合作社联合社主要负责人任职资格管理试行办法》，明确人民银行对农村信用社和县联合社主要负责人任职资格进行审查与管理，包括任职前审查、任职期间考核、离任稽核、任职资格取消和任职资格档案管理等。
  2007年3月2日，根据《拜城县农村信用合作联社章程》，第一届理事会第二次会议审议通过理事长对陈守良的授权和对艾力·沙吾提的授权。对陈守良的授权为以法人名义行使的权力13条和财务管理权6条。对艾力·沙吾提的授权为信贷业务审批权4条和其他权力3条。从2007年1月1日起生效，有效期限一年。
  2010年5月1日，依据《中华人民共和国公司法》《拜城县农村信用合作联社章程》及现代企业制度条件下法人治理结构的有关规定，县联社理事会审议通过对县联社主任的授权书，明确授权范围9条，特别规定11条，被授权人的责任5条，转授权，授权书的调整与终止5条，授权生效日期等。
  2011年4月，县联社制定《拜城县农村信用合作联社主任岗位职责》，共12条。