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迄康熙十二年（1673）初，嗣阿布勒•阿哈默特汗之后统治土鲁番地区的玛墨忒•赛亦忒汗开始，方遣陪臣兀鲁和卓等进表贡方物，其奏文云:”臣国向以方物进贡中国之久，及闻天朝统一襄区，不胜忻喜。顺治十三年，进贡方物，蒙颁上谕，五年一贡,西马四匹，蒙古马十匹。后值臣国变乱,不能如期进贡。今地方稍平，特遣兀鲁和卓（一作和际）等谨献微物。嗣后进贡，或仍照前制，或作何定夺，伏乞上裁”。
  清廷礼部对此议覆，“进贡方物，或仍照旧制，或作何定夺，查顺治十三年，土鲁番贡马三百二十匹，奉旨减去止令贡西马四匹， 蒙古马十匹，嗣后进贡马匹应照此例，某别项贡物，仍令遵照令典， 得旨土鲁番国遥远，进贡殊难，以后止著进贡马匹、玉石，其余各物免进”。自后，东察合台汗国于公元1680年为南下准噶尔部所灭亡， 此间两地交通中断,按康熙二十年（1681）占据土鲁番地区的察合台汗后裔，所谓阿奔木匝法尔苏耳谭马哈麻特额敏巴哈笃尔汉（佐口透认为此即塞伊特巴拜次子马哈麻特额敏），复向清朝遺使入贡，所进疏言,“前遣使进贡，曾奉上谕,五年一次进贡。因臣国地方遭逢荒乱，以故未得如期进贡，今幸安定，遣亦思喇木和者前往进贡”。可知当时社会动乱严重影响了两地间正常的经济往来。
  从上所述，清朝建立后，东察合台汗国即同中原内地恢复了正常的政治、经济住来联系。政治上,蒙兀儿诸汗自称臣属，清楚地表明了该地对清王朝的隶属关系;经济往来上,两地间的联系已经步入正规，并且一直因袭不断，后来因为东察合台汗国的衰落和准嗚尔部的南侵，才使东察合台汗国与清朝间的往来联系未能维持下来。