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这时，蒙古准噶尔部经过数年经营发展，已位居四部之首，而 夺得首领位置的噶尔丹更是野心勃勃,正欲南下扩张，拓展其势力 范围。据史书记载，清康熙十八年（1679）,晦尔丹已率兵攻占哈密、土鲁番等地，所以,达赖喇嘛托阿帕克和卓转来的信正合他心 意，于是公元1680年,嚼尔丹出兵南下，经乌什、阿克苏，克哈实哈 儿城，杀掉了伊斯马因汗之子、担任该地行政长官的巴巴克。接着， 又攻占了东察合台汗国首府一一叶尔羌城,俘获伊斯马因汗全家 老小，一并解送到当时准嚼尔部的中心地伊犁。白山派和卓首领 阿帕克和卓则在噶尔丹授意下，自僭汗号，彻底踢开察合台汗后裔 傀儡，作了汗王。条件为每年向准噶尔贵族纳付十万腾格税金。与 此同时，阿帕克和卓之子雅赫亚也作了哈实哈儿地区的行政首 领。据《大和卓传》记载，阿帕克和卓后来又携子汗和卓先后到土 鲁番等地传播伊斯兰教,扩大白山派势力范围，所到之处，他们不 仅是宗教领袖，而且还是行政首领。之后，天山南北诸地就处在伊 斯兰教白山派的控制之下。