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蒙古准噶尔部，系明末清初的瓦剌四部之一（准噶尔、和硕特、 杜尔伯特、土尔扈特）。瓦剌人最初分布在叶尼赛河流域，到明朝时 期，迁移到今科布多、阿尔泰、哈密以北地区。与东察合台汗国辖地 相毗邻。明人严从简《殊域周咨录》记载当时东察合台汗国四境： “东距古沙州，西抵撒马儿罕，南接于阗,北连瓦剌”①。又据中外文 资料记载，东察合台汗国与瓦剌人的联系由来已久，秃黑鲁帖木 儿、歪思、羽奴思、速檀•阿黑麻汗统治时期,都曾与瓦剌人打过交 道。为了争夺蒙兀儿斯坦草原，为了垄断哈密贡道管辖权，他们之 间不时兵戈相见，发生冲突。迄明末清初，特别是速檀•拉失德汗 以后,汗国内乱不断，势力渐衰。与此同时，瓦剌人的军事实力则有 很大发展，准噶尔部的游牧地已扩展到东察合台汗国内属的蒙兀 儿斯坦草原,伊犁河、额尔齐斯河以及额敏河流域,逐渐成为准噶 尔人流徙活动的场所。准喝尔部还不时派兵侵扰天山南部汗国下 辖诸城。公元1640年，准喝尔属部首领萨让劫掠了阿克苏。僧格执政时期,准噶尔属部曾到东察合台汗国辖属的和闿等地劫掠①。 到了 1671年，瞩尔丹统治时期，准噶尔部实力渐盛。噶尔丹在完成 内部整顿之后，向外扩张之心萌生，并开始具体实施吞并东察合台 汗国的计划。
  正当准喝尔部虎视眈眈地意欲南下以兼并东察合台汗国的时 候，汗国内部则因为伊斯兰教和卓势力对政事的干预及其内订，社 会矛盾日趋恶化。