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藥理性的配伍禁忌 在處方上如果將具有生理作用相反的藥物配合在一起時，就會發生藥理性的配伍禁忌。這種配伍禁忌主要的是由於醫師處方時的忽略所致，所以調劑員應該及時指正。一般這種配伍禁忌，比較少見。例如瀉劑及止瀉劑，催吐劑及鎭吐劑等的藥物配合在一起時，就犯了這種禁忌。具體的例子爲嗎啡及咖啡因，阿託品的配伍；阿託品及毛果芸香鹼，毒扁豆鹼的配伍；士的寧及水合氯醛的配伍。這些生理作用相反的配伍都能發生禁忌，從而失去藥物的原有藥效，因此不得一起調配。其他藥理性的配伍禁忌如下：
   1．由於胃的酸性，胰酶可失藥效；腸的鹼性，胃蛋白酶亦受影響以致失效。
   2．妊娠時不得服用劇性瀉劑。
   3．哺乳時不宜服用阿片製劑，砷劑。因爲這些藥物可以分泌到乳汁，從而影響嬰兒的健康。
   4．由於藥品的質及量，可能對於年老者及年幼者，發生不良影響。
   5．有些藥物可以發生副作用，特異質性，習慣性等的作用。
   以上的配伍禁忌，多半是醫師的責任，調劑員應該由於處方內容的性質，加以正確的判斷，與醫師商量，改正處方或者限制服藥時間等的處理方法以求得合理的改正。
   物理的配伍禁忌 處方上各藥物在混合時，由於物理學上的性質，不能做成理想的製劑。常見的例子如下：
   油與水不能互相混合均勻；含不溶性藥物的合劑，在放置時發生沉降情形；處方上所給的溶媒不足溶解藥物；水及含樹脂酊劑在混合時發生沉澱；固體藥物在混合時發生熔融等。關於這些物理性的配伍禁忌，如果應用完善的調劑技術，便可解決所遇到的困難。在各別製劑項下如乳劑、合劑、散劑等項中已有解釋。茲簡單分述於下：
   1．油及水的混合，可加第三種物質卽乳化劑可以作成均勻的乳劑而作藥用。
   2．含一種或兩種不溶性藥物的合劑，可加分佈劑使之混懸，並黏貼“服時搖動”的標簽，卽可服用一平均劑量的合劑。
   3．有些溶解度小的藥物，例如碳酸氫鈉，硼砂，匹拉米洞等需用較多量的溶媒才能使之完全溶解。如果加多溶媒，應當將服用量隨之增加。有時亦有變更溶媒種類的必要。一般地來說，水可以更易溶解無機鹽類，有機鹽類，醣類，膠類，鞣酸類，蛋白質等。醇爲一般有機藥物如生物鹼，苷（醣雜體），香膠類，樹脂類，有機酸類等的良好溶媒。甘油的溶解性質介於水醇之間，因此對於含水醇的製劑有安定的作用，同時甘油可以阻止溶液中的鞣酸發生沉澱。有時溶解度小的藥物，可竟作混懸劑服用，例如含硫酸奎寧的合劑。
   4．水及含樹脂的酊劑（如安息香酊、辣椒酊、癒瘡木酊、沒藥酊等）在混合時，因爲改變了溶媒，樹脂就被析出。有時沉澱成膠體狀粒，細微粒，有時凝聚成大粒。對於後者尤須防止。調配這種合劑最好將酊劑滴進水中，隨加隨振搖，使之生成極細的沉澱均勻分佈在最終的製劑中，或者加分佈劑（亞剌伯膠漿，西黃蓍膠漿或兩者等）作成混懸劑。這種合劑應黏貼振搖的標簽。
   5．幾種固體藥物在混合作成散劑時，有時可以發生濕潤，熔融等的情形。例如阿斯匹林與碳酸氫鈉，安替匹林，氨基匹林，烏洛託品等混合時，容易濕潤；麝香草酚與乙醯苯胺可能發生熔融。詳閱散劑章。
   化學性的配伍禁忌 這種配伍禁忌在配方遇見最多，一切由於化學反應而發生的沉澱，變色，泡沸，爆炸或生成其他有毒物質者，皆屬於化學性的配伍禁忌。因內容較多並爲方便起見，另於第三節詳細討論。
   有時由於化學反應生成第三種物質，這是醫師所有意期望的物質，有時是非所期望的物質。關於這些，調劑員必須愼加判斷處方者的意圖，究竟是有意抑無意的。次節予以闡明。