三亚市图书馆

明太祖洪武元年（公元1368年）三月，明朝征南将军德庆侯廖永忠挥师南征，至7月，元朝海北海南道宣慰使司副都元帅陈乾富归降。12月，廖永忠命耿天壁统军征海南，克儋、万安等城，败小踢峒王官泰，招黎人归化。于是，开始了明朝对海南岛的统治。
  朱明王朝建立后，为加强中央集权统治，在行政上做了调整。但是，海南岛州县建置比元代并无增加，唯名称有变。洪武二年改琼州乾宁安抚司为琼州，并改吉阳军为崖州，南宁军为儋州，万安军为万州（《明实录·太祖实录》第6册，卷31）。到洪武三年（公元1370年）升琼州为府，统辖3州13县（《正德琼台志》卷2）。正统五年（公元1440年），把儋州治宜伦省入儋州，万州治万安，改名为万宁并省入万州，崖州治宁远省入崖州。因此，琼州府领3州（儋、万、崖）10县：琼山、澄迈、临高、定安、文昌、昌化、感恩、乐会、会同、陵水。此外，还把“归附”的黎族编入图、都、乡等基层组织，隶属州县，和汉人一样纳粮当差。据广东民族研究所编《黎族古代历史资料》下册有关各县黎峒资料统计，黎族编入都图者共28都75图155峒。
  在洪武三年（公元1370年），设立广东布政使司后，琼州府由原属广西行中书省改归广东布政使司管辖，从而结束了历史上海南岛与广东大陆行政分离状态。这是海南行政区划沿革上的一件大事，是海南岛社会发展史上的转折点，对发展海南的政治、经济、文化都具有重要意义。
  明朝灭亡：后，广东和海南尚存一部分拥明反清势力，社会动荡不安，兵变连绵。清廷派遣军队继续征讨，顺治九年（公元1652年10月，尚可喜、耿继茂克钦州，平西王朱〓缚李明忠投降，于是高雷琼诸郡基本平息。顺治十二年（公元1655年）任朱之光为琼州知府，他是清朝琼州第一位知府（清道光《琼州府志》）。
  清代海南岛的行政区划，仍沿袭明代旧制。至世宗雍正八年（公元1730年）改雷琼道为海南道，专辖琼州一府。琼州府下设3州10县（州县名和明朝相同）。清代虽全部袭用明代行政体制，但经过一系列整顿，中央政令已渗透入海南腹地，特别是对黎族地区的直接统治大大加强，州县管辖的范围深入到黎族聚居的僻远地区，逐使黎族普遍受编，极大地改变过去不入版籍、“不服王化”状况。据《天下郡国利病书》卷102第41册记载，到道光年间（公元1821～1850年），几乎所有黎区都划入州县统治范围。在琼山县，清朝沿袭明代5都9图外，增设了开文、德兴、全鹿等3个图。在澄迈县，沿袭明代都图统治，并将其统归永泰乡管理。在定安县，除沿袭明代都图统治外，增设太平巡检司，驻南闾市。在乐会县，黎族聚居有纵横峒，清代称北峒（位于万泉东溪上游与定安岭门、南闾市相通的地域，合中平、河滥、加略、南昌、加福、三更等6村而成），南峒（在东溪上游，顺次分上、中、下3峒），在明代仍叛服无常，清代大体归附，称为熟黎。在临高县，有坟营、坡头、那律、番吉、路遥、番溪、松柏、重遥等8个峒。其中番溪峒（在兰洋市附近）在明代也时有反叛。在儋州，明代编有5都，清代沿袭，于雍正八年（公元1730年）把民代设在大成市附近的薄沙司移置到那大市。在万州，除沿袭明代的7都外，还把鹧鸪啼峒．分为西峒、北峒、太平峒。又在龙滚市设立龙滚巡检司，在州北设坡立汛，以据北峒要隘。在崖州，明代编有董平5都、董平6都、董平7都，清代改为里。原崖州今乐东的罗活、抱由、多涧、f家等峒，明政府于万历四十二年在据西黎心腹的乐安汛筑城，在罗活峒设乐安营，在南方望楼溪流域的要道设乐平营，防兵28名。清代，于乐安城驻巡检一员，汛防兵60名。乾隆五年改藤桥市为永宁巡检司，崖州协水陆营千总一员驻扎防守。在感恩县“附版籍者什九，附者什一，与居杂居。”其峒各为：楼峒、王峒、古镇州峒等3峒。昌化县，据清代统计峒2：大村峒、大员峒，村落33个。每峒设总管一名，哨管一名。据清人张庆长写的《黎岐纪闻》说：“黎头辖一峒者为总管，辖一村或数村者为哨官，大抵父死子代，世世相传，或间有无子而妻代之及弟代之者，为众心所归而公定之也。凡小事听哨官处断，大事则报总管，总管不能处始出报告州县。”可见，峒的行政司法权具有自治性质，但还是为州县所控制（杨德春：《海南岛古代简史》）。光绪十二年（公元1886年），冯子材奉令进军五指山区，“开通山路，收抚黎众10万人”（《清史稿》卷137，志112，兵8）。在镇压黎汉人民起义之后，于光绪十三年（公元1887年）在海南设置“抚黎局”（治所在兴隆），专管黎人事。又在五指山腹地的合亩制地区每峒设总管、哨官各一名，进行管辖。光绪三十一年（公元1905年），崖州升为广东直隶州，辖万宁、陵水、昌化、感恩4县。
  此外，明、清代，中国政府已明确将西沙群岛和南沙群岛划归琼州府管辖。