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长岛县古为莱夷之地。秦、汉、晋、隋时期属黄县地。唐神龙三年（公元707年）起隶属蓬莱县。
  唐属河南道登州东牟郡蓬莱县。时于乌湖岛（今隍城岛）设乌湖戍，并置镇制；于大谢岛（今长山岛）设大谢戍。宋《资治通鉴》载：“太宗贞观二十二年（公元648年），乌湖镇将古神感将兵浮海击高丽。”“乌湖镇当置于海中乌湖岛。”镇至永徽元年（公元650年）废。
  宋称京东东路登州东牟郡蓬莱县沙门寨地，初设沙门、砣矶2寨，后将砣矶寨并入沙门寨。据宋《元丰九域志》记载：“犯死罪获贷者，多配隶登州沙门岛及通州海岛，皆有屯兵使者领护。”“配隶重者沙门岛砦。”“（熙宁）元年(1068)，审刑院奏，登州沙门砦配隶以二百人为额，余则移置海外，非禁奸之意。诏以三百人为额。”
  元属般阳路登州蓬莱县，并设沙门岛巡检司。据《登州府志》记载：“元初，水军之防仍循宋制，后于沙门岛设立沙门岛巡检司。”区划为2社，沙门社：辖今南长山岛、北长山岛、庙岛、大黑山岛、小黑山岛；牵牛社：辖今砣矶岛、大钦岛、小钦岛、南隍城岛、北隍城岛。
  明属山东布政使司登州府蓬莱县。初因元制，仍设沙门、牵牛2社。洪武年间，因诸岛常为倭寇骚扰，朝庭遂令海岛居民迁移到蓬莱北沟西部一带，并成立沙门岛社，归安香堡管辖。随后，沙门岛巡检司亦迁移到蓬莱芦洋寨朱高山。据《登州府志》记载：“明初，海疆有警，移二社之民附近郭而空其岛，后为辽人所居。（洪武）二十七年（1395年），移沙门岛巡检司于芦洋寨之朱高山。”直至万历二十一年（1594年），山东巡抚郑汝壁奏请开垦登州海北长山诸岛。据《登州府志》记载：“万历二十一年（1594年），调集南北官兵防海，分中、后两营。中营军四百名，屯种长山岛，后入民籍。”同时陆续有村民迁岛定居。
  清朝袭明旧制，长岛仍属山东布政使司登州府蓬莱县。清初，为开垦长岛诸岛，朝庭鼓励外迁的岛民及大陆村民进岛垦荒。康熙二年（1663年），豁免岛内地丁；康熙二十六年（1687年）为迁岛村民发放“执票”，确保通行。后岛内居民渐增，加之海运日兴，长岛诸岛日趋繁荣。至道光年间，为加强岛民管理，长岛境地划13社，辖49个村庄（详见表1）。至光绪年间，南隍城岛始有居民，并建南村、西村两个村庄。同期，蓬莱县衙分别在长山岛、庙岛、大黑山岛、小黑山岛、砣矶岛、大钦岛、小钦岛、北隍城岛设立“永绥局”，以维护海上运输和岛内秩序。据《登州府志》记载：“光绪五年（1879年），为护漕运及中外遭风船只，严禁捞、抢恶习。各州设永绥局。长山各岛设八处。”
  1913年，长岛成立地方自治会，负责境内行政管理，隶属蓬莱县，由蓬莱派警察维护地方治安。
  1928年，奉系东北海军进驻长岛后，成立长山八岛民政局，区划仍为13社，辖51个村庄。时原寺后社更名西山社，鹊嘴社更名东山社，鹊嘴村改属西山社，王沟社更名连城社，呼夼村更名连城村，黄巷村更名嵩前村，花沟村时称永安村，土岛村时称善人村，隍城社增加南隍城岛西村、南村2村。
  1929年冬，经国民党山东省政府决定，将长山八岛自蓬莱县划出，设置长山岛行政区，直属山东省，受省政府和东北海军管辖。区划未变。
  1933年，长山八岛行政区改为长山八岛特区，设置长山八岛行政专员公署，仍由省直辖。
  1934年冬，长山八岛特区行政专员公署改社为乡，设44个行政村，区划无变更。
  1935年3月，国民党山东省第385次政务会议决定。撤销长山八岛特区行政专员公署，岛区划归蓬莱管辖，改设长山八岛公安分局。
  同年6月，山东省政务会议决定仍设置长山八岛特区，直属省政府。区划无变更。
  1937年1月，国民党山东省第557次政务会议决定，将长山八岛特区划归第七行政督察区管辖。区划不变。
  1939年5月，日伪开始统治长岛，烟台派警备队进岛维持治安。同年9月，成立长山八岛专员办事处，设于庙岛，隶属烟台市。
  1941年9月，撤长山八岛专员办事处。设伪长山岛区，隶属蓬莱，仍辖13乡。
  1945年7月，长岛第一次解放，中共北海地委决定成立长山岛军政办事处。9月组建长山岛特区，隶属北海专区。特区政府确定区划，设庙岛、砣矶、钦岛3区，其中庙岛区辖南长山岛、北长山岛、庙岛、大黑山岛、小黑山岛5岛；钦岛区辖大钦岛、小钦岛、南隍城岛、北隍城岛4岛。11月底，特区政府调整区划为4区，增设玉石区，原庙’岛区所辖南长山岛和北长山岛划归玉石区，砣矶、钦岛2区末变。
  1946年2月，长山岛特区政府将区划调整为6区，辖50个村(详见表2)。
  1947年8月，国民党进占长山岛，设长山八岛区署，隶属蓬莱县011月确定区划为4乡，即长岛乡、连岛乡、蓬岛乡、砣岛乡。
  1948年3月，长山八岛区署调整区划。设7乡1独立保，下辖37个保（详见表3）。同年4月，国民党山东省政府改长山八岛区署为长山八岛设治局，隶属国民党海军；7月，又改长山八岛设治局为东莱群岛设治局，隶属未变。
  1949年8月12日，长岛第二次解放，恢复长山岛特区建置，仍隶北海专区。特区政府改原6区为6乡，即玉石乡、庙、岛乡、黑山乡、砣矶乡、钦岛乡、隍城乡。区划未变。
  1950年5月，长山岛特区政府改为长山岛特区办事处；11月，经内务部批准，恢复设置长山岛特区人民政府，为县级，隶属莱阳专区。
  1956年5月25日，国务院第29次全体会议决定：撤销长山岛特区，成立长岛县，隶属莱阳专区。区划不变。
  1958年11月，长岛县与蓬莱县、黄县合并，称蓬莱县长岛公社。原6乡改为6个大队，原各乡所属生产合作社改为生产队。
  1962年4月，经烟台地委批准，长岛撤社建区，仍属蓬莱县。所辖大队改为公社，生产队改为大队，合计为6个公社，37个大队（详见表4）。
  1963年6月，经国务院批准，恢复长岛县，隶属烟台地区。区划无变更。
  1982年1月，撤南长山公社，建长岛镇。
  1983年8月，长岛县隶属烟台市。
  1984年3月，撤社建乡，原1镇5社改为2镇4乡。即南长山镇、砣矶镇、黑山乡、北长山乡、钦岛乡、隍城乡，区划未变。同时取消大队，建立村民委员会。
  1985年4月，调整区划，扩建4乡，合计为2镇8乡，48个自然村（详见表5）。
  1986年，因山西坡村民全部迁居山前村，全县实有47个自然村。