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财政监督是促进财政管理，保障财政法规和政策顺利实施的重要措施。财政监督覆盖所有政府性资金，监管范围达乡镇，监管贯穿于财政资金的分配、使用、绩效等财政运行全过程。九江财政监督工作，监管理念、方式不断更新，监管能力不断提高，围绕中心，服务大局，突出重点，恪尽职守，各项工作扎实推进。
  第一节 机构和制度建设
  监督机构 为加强财政监督检查工作，市、县（区）财政部门都内设专职的财政监督机构。
  1995年8月，市财政局设立财政监督科。
  1999年5月，市税收财务物价大检查办公室更名为市财经监督检查办公室。2003年机构改革，取消市财经监督检查办公室，其职能划入市财政局财政监督科。
  2007年10月，财政监督科更名为市财政监督检查局，为市财政局内设正科级机构。2010年8月，定为副处级行政单位，内设综合科、检查科、审理科。
  2006～2010年，市财政监督检查工作，连续五年在全省财政监督检查工作综合考核评比中，被评为先进单位，获得一等奖。修水县局（2006～2010年度）、武宁县局（2009年度）、都昌县局（2010年度）财政监督检查工作均在全省（直管县）综合考核评比中评为先进单位。
  制度建设 2007年初，市财政局草拟《财政专项资金管理暂行办法》，3月市政府办公厅印发，从2007年1月1日起执行。建立健全财政专项资金管理使用监督约束机制，将财政监督工作贯穿于财政专项资金的分配、使用、效益分析的全过程，实行项目跟踪问效机制，建立事前审核、事中监督、事后检查制度，确保财政专项资金安全有效运行，提高资金使用效益。
  第二节 专项检查
  会计信息质量检查 财政部决定从2000年起，开展全国性的会计信息质量检查工作，以加大会计监督检查力度，提升会计信息质量。2001～2010年，全市连续10年开展了会计信息质量检查工作。经过监督检查，全市会计信息质量总体情况良好，但问题仍然存在：偷漏国家税收及防洪保安资金；非税收入不及时足额上交财政专户；收入不入账，坐收坐支私设“小金库”；公款私存私放以及吃财政“空饷”等。
  2008年6～9月，全市抽调158人，组成38个检查小组，对230个行政、企事业单位的2007年度会计信息质量进行检查，重点检查卫生、交通、教育三个系统。即时收缴入库违纪金额125.30万元。其中：补缴税款59.26万元，处以罚款46.18万元。
  2009年6～9月，全市抽调111人，组成29个检查小组，对143个行政、企事业单位的2008年度会计信息质量进行检查，重点检查国土资源、工商行政管理、质量技术监督三个系统。即时收缴入库违纪金额125.66万元。其中：补缴税款73.77万元，处以罚款51.89万元。
  2010年8～9月，全市抽调110人，组成20个检查小组对179个行政、企事业单位的2009年度会计信息质量，以及4家会计师事务所的财务收支、执业质量进行检查。重点检查农、林、水三个系统。即时收缴入库违纪金额121.44万元。其中：补缴税款53.15万元，处以罚款68.29万元。
  “小金库”专项治理 2009年5月，据中央、省“小金库”专项治理工作的统一部署，全市开展“小金库”专项治理检查工作。成立治理“小金库”工作领导小组，市委常委、常务副市长殷美根任组长，办公室设在市财政局。印发《九江市关于在全市党政机关和事业单位开展“小金库”专项治理工作的实施方案》，治理工作分为动员部署自查自纠、自查自纠“回头看”、重点检查和整改落实四个阶段。2010年，印发《九江市2010年“小金库”治理工作意见》、《关于对全市社会团体开展“小金库”专项治理工作的实施方案》、《关于在出资监管企业开展“小金库”专项治理工作的实施方案》以及《2010年九江市“小金库”治理“回头看”工作重点检查实施方案》等治理工作意见和方案，做到“力度不减、机构不撤、队伍不散”，全面推进治理“小金库”的各项工作。治理“小金库”工作至2011年11月底结束，历时三年。
  2009、2010两年，全市党政机关和事业单位查出并确定“小金库”83个，涉及金额4864.8万元；国有企业和社会团体查出并确定“小金库”6个，涉及金额845.0万元。2011年，全市党政机关和事业单位查出并确定“小金库”14个，涉及金额175.6万元。对以上“小金库”按照规定分别作了处理。