1994年,全国统一实行分税制财政管理体制,把现行税制分为中央税、中央与地方共享税、地方税 3种。省、地、县设立国家税务局和地方税务局,国家税务系统垂直于国家税务总局管理。地税局由同级政府管理。业务上,国税、地税统一归口国家税务总局领导。
根据国务院国办发(1993)87号文件精神,国家税务总局批复《江西省组建两套税务机构办法》,人员有70%留给国税局,30%分流给地方税务局。当时,吉安地区税务部门实有人数1887人,按照这个比例,分流到地方税务局的566人,留给国税局的1321人。已离退休人员全部留在国家税务局。
全区国家税务系统1994年9月1日,成立吉安地区国家税务局,办公地址仍在原地区税务局办公楼。13个县(市)也先后都成立国家税务局。
经省国税局核定,吉安地区国税局内设职能机构为9个科室、2个直属分局、5个事业单位,即办公室、税政管理科、涉外税政管理科、征收管理科、计划财务科、教育科、人事科、监察室、党办工会9个正科级科室;设立副县级直属分局和正科级稽查分局2个直属机构;设税务咨询事务所、发票管理所、税务信息中心、税务培训中心、税务干部学校5个正科级事业单位,并对各科室、直属机构和事业单位的职权和责任范围作了明确规定。
经地区国税局党组研究审定,各县(市)国税局机关和基层税务机构设置为: 县(市)局机关内设5个或6个股(室)、3个直属机构,即吉安市和吉安、新干、泰和、万安县局机关设办公室、综合业务股、计划会计财务股、人事教育股、监察室和微机室,其余县(市)局机关暂不设微机室;直属机构均设税务咨询事务所、发票管理所和副科级税务稽查分局。
基层税务分局的设置,视各县(市)具体情况而定。全区共设置副科级基层税务分局96个、税务所 19个。它们分别是:吉安市11个分局、4个所;吉安县11个分局、4个所;吉水8个分局、1个所;峡江 4个分局、2个所;新干6个分局;永丰7个分局、2个所;泰和11个分局;遂川8个分局、1个所;万安7个分局、1个所;安福8个分局、1个所;永新7个分局、2个所;宁冈3个分局;井冈山市4个分局、1个所;地区直属分局1个副科级征收所。
全区国税机构人员编制暂定为1911人,其中地区局83人,地区直属分局15人。
1995年,又陆续设立一些分局和税务所。到年底,全区各县(市)国税局共设基层税务分局110个, 税务所38个,事业单位32个。实有税务人员1375人,其中地区局79人。
1996年4月,地区局党组决定:精简、压缩一些基层税务分局,分局局长要通过考试和考评,竞争录用上岗。年底,基层税务分局由110个压缩到75个。
1997年初,为了适应征管改革新模式需要,对国税系统基层征收机构进行再次调整和压缩,原则上以每县设5个分局为宜,全区压缩至65个分局。按照地区局党组要求,到年底,全区13个县(市)局和直属分局,共设基层征管分局(所)65个,比1995年压缩了 45个,压缩率达40.90% ,其中城镇分局(所) 15个,农村分局50个。县局直属征收站5个,分局隶属征收站91个。
1998年5月,地区国税局党组决定,地、县(市)局的直属机构稽查分局统一更名为稽查局。9月,各县(市)国税局的微机室统一更名为税务信息中心,实行地、县(市)国税局微机网络化管理。以后,地、县(市)国税局还陆续配置一些计算机及其配套设施,培训和录用了一批通晓微机的专业技术人才。
2000年底,吉安国税机构有市局1个,县(市、区)局13个,市直属分局1个,基层城镇分局50个,农村分局50个,基层征收站96个,实有税务干部职工1336人。
全区地方税务系统1994年9月1日,成立吉安地区地方税务局;10日,在原地区税务局办公楼院内正式对外挂牌、办公,内设办公室、税政科、计会科和征管科4个职能科室,到职人员24名。10月3日前,辖区内13个县(市)先后都成立地方税务局(9月12日泰和、宁冈;15日峡江;17日安福;18日吉水; 24日井冈山市、遂川、新干;25日万安;26日吉安市;29日吉安、永新;10月3日永丰县)。
新组建的地方税务局实行上级地方税务局和同级政府双重领导,以同级政府领导为主的管理体制。
1994年11月3日,地区地方税务局内设7个科室:即办公室、税政一科、税政二科、征管科、人事教育科、监察审计科、计划会计科。11月8日,成立地区地方税务局直属分局,为副县级行政机构。核定行政编制局机关40人,直属分局10人。
1995年4月24日,直属分局内设3个副科级职能科:综合科、征收科、稽查科。9月17日,经地区机构编制委员会同意设立正科级地区地税局稽查分局。随后,各县(市)地方税务局相继成立副科级稽查分局。
1996年12月,地区地税局机关增设政策法规科,与办公室合署办公。
1997年9月10日,地区地税局从原地区税务局大院搬迁至吉福路50号大楼办公。
2000年7月6日,省人民政府批转省地税局《全省地方税务机构管理体制改革方案》。随之,全区地税局的行政、事业编制上划省地税局统一管理,所属基层税务分局(所),各级征收分局及稽查分局均为行政编制;地税部门经费实行“收支挂钩,核定比例,分级负担,财政监督”管理办法;对地税干部实行分级管理,下管一级的管理办法,其党务及工、青、妇工作仍按属地原则进行管理,地、县(市)地方税务局党组书记、局长不再由同级财政局长担任。
2000年底,吉安地税机构有市局1个,县(市、区)局13个,市直属分局1个,基层税务分局(所)110 个;实有税务干部、职工1205人。