中共十一届三中全会召开后,财政支农资金投入连年增长。1991〜2000年,财政预算内用于支农资金的投入达到114777. 1万元。1991年财政支农投入6535. 5万元,2000年达到17308万元,增加 10722.5万元,增长164.8%,年均增长速度达11.2%,高于经常性财政收入的增长幅度。在努力增加农业投入的同时,特别注重支农专项资金的管理和使用。
1991年开始,全区各级财政按照“防大汛、抗大旱、促发展”的要求,加大了以水利为重点的农业基础设施建设投入力度。除在年初预算中安排小农水经费、防汛抗旱经费、天然林保护配套经费外,还通过农业综合开发、粮食自给工程、优质粮生产基地等专项资金加大了对农业基础设施和生态环境建设的投入。1991〜2000年,全区财政预算内共安排小农水经费6873万元,水利事业费中的防汛岁修经费 3955万元,加上农业综合开发和粮食自给工程、优质粮示范基地等项目用于水利方面的投资达17897.6 万元,对一些老化、失修的农业基础设施进行了恢复和改造,大大改善了农业生产、生态条件。
全区各级财政部门加大资金筹措力度,促进农业产业结构不断调优、调强、调大。全区围绕优质粮油、草食畜禽、时鲜果蔬、特种水果、无公害蔬菜5大产业,共建示范园14个,投入资金8000余万元,仅财政预算内投入就达3600余万元,全区已形成初具规模的果业、蔬菜、水产、生猪等生产基地。
20世纪90年代以来,地、县(市)财政部门始终把扶持乡镇企业发展作为财政支农的一项重要工作来抓。全区共投入乡镇企业扶助款和乡镇企业事业费9837万元,扶持乡镇企业借款3482万元。在资金使用上特别注重对效益型企业的投入,发挥资金的最大效益,乡镇企业每年上交税金均在2000万元左右。
1991〜2000年,全区历经4期农业综合开发,投入资金近10亿元。其中:各级财政投入达4亿元, 支持赣中南项目、吉湖项目、蚕桑工程、鹅鸭工程、果业工程、油茶低改等农业开发。据统计,项目区累计新增灌溉面积153万亩,新增除涝面积20万亩,改善土壤面积47万亩,扩大良种推广面积167万亩,新增粮食生产能力2736万千克,油料3683万千克,新增农业产值28605万元。
期间10年,全区共投入科技兴农资金13570.5万元,占财政支农支出的12% ₒ 1991年,全区科技兴农资金安排843. 5万元,2000年达到2672万元,年均增长13. 7% ,主要用于农业新技术推广、良种推广和农业社会化服务体系建设。全区已建立农技站235个,畜牧站256个,农机站254个,农经站236个, 水产站14个。1998〜1999年,全区共投入资金400多万元,重点支持遂川县农业科技推广应用示范点, 项目建成后,项目区农民年均增收184.6万元,财政增收30万元;2000年始建的井冈山农业科技园,财政投资1430余万元。