新中国建立前,境内中医中药比较普遍,西医西药很少,西药工业更是空白。吉安城内较大的中药店有:浩记、永康、胡卓人、胡同仁、金同仁、协盛全、开元、仁济等。这些药店都是采取前店后坊的方式, 自己加工炮制中药,自己销售。浩记药店炮制的中药颇具声誉;胡卓人药酒局制作的“狮牌”薪蛇酒、五加皮药酒、虎骨追风药酒远近闻名。1956年吉安几家中药房实行公私合营后,以协盛全药店为基础,组建了吉安市公私合营制药厂。1958年改为地方国营吉安制药厂,生产中成药和药酒。主要产品有:参茸卫生丸、阿胶补血膏、薪蛇药酒、清凉油等。其中薪蛇药酒由胡卓人后代献出配方和制作工艺,按传统方式生产,产品保持原有品质,列为省优产品。
20世纪60年代末,吉安专区药材公司组建制药厂,厂址在青原山净居寺内,生产仁丹、小儿安等几种小药品。1970年江西制药厂葡萄糖车间及驱蛔虫药车间的一部分,由南昌迁到吉安市,与吉安专区药材公司制药厂合并,组建井冈山专区制药厂,1973年更名为赣江制药厂。主要产品有葡萄糖、山梨醇、维生素C、葡萄糖酸钙、葡萄糖亚铁等,以后逐渐发展成国有大型化学原料药制造企业。1968年上海生物研究所部分人员和设备迁入吉安市,成立上海生物研究所江西分所,主要生产一些抗菌药。1970年组建吉安市生物制药厂,1975年下马。1978年又恢复生产,更名为吉安地区生物制品所,生产牛痘菌苗、破伤风抗毒素、百白破类抗毒素、霍乱菌苗等产品。至1992年,吉安城区3家国营医药工业企业,共有员工 1877人,占市区职工总数的4. 9%,有固定资产6611. 17万元,年总产值9595. 87万元,上交税金68.1 万元。
各县的医药生产,也是以传统的中药材生产为主。新中国建立前,大多是前店后坊,除生产一些祖传的中成药外,也派人去樟树学习制药经验,或延请樟树师傅来店传授制药技艺。
新中国建立后,各县医药公司大多开办了药材加工部,自制一般中药,供应县内各药店销售。有的县人民医院,设置制药室,生产蒸憎水及一般常用的西药自用。:1969年以后,吉安、泰和、遂川、峡江、安福、永丰等县陆续兴办专业药材生产企业。吉安县制药厂,开始主要生产中成药蜜丸、药酒、西药小针剂、葡萄糖注射液等19个品种。1983年收归省医药总公司管辖,更名为江西吉安庐陵制药厂,主要生产全鹿丸、参茸卫生丸、蜂王健儿糖浆、天麻蜂王浆、宝宝补血浆等产品,其中山楂健脾丸、固本延龄丹、冯了性药酒均获江西省优秀新产品奖,风湿骨痛酒获省QC成果奖。泰和县制药厂,收购人工栽培和野生药材,按传统方式加工中成药和药酒等20多种产品,1981年收归省医药总公司管辖,主要产品有乌鸡白凤丸、壮腰健胃丸、乌鸡三宝素、参杞乌鸡精及乌鸡药酒系列。其中乌鸡白凤丸、壮腰健胃丸为省优、部优产品。1987年乌鸡药酒、参杞乌鸡精、乌鸡三宝素均列为省名牌产品。遂川县制药厂主要生产大山楂丸、六味香连片、六味木香胶囊、板蓝根冲剂、氟哌酸胶囊等,1982年收归省医药总公司管辖。峡江县制药厂主要生产益元口服液、补脑汁、当归糖酒及药酒等。安福县制药厂主要产品有当归补血精等,该厂研制的钻山风糖浆,获省二等奖。2000年生产钻山风糖浆产量142万瓶,产值4262. 2万元,产品销往国内外。永丰县制药厂生产中成药30多个品种,其中化积口服液为省开发新产品,并经卫生部批准为中药保护品种,年产值244万元,创利润23万元,上交税金25万元。永丰县制药二厂是在上海下放永丰的几名知识青年创办的鹿冈公社知青制药厂的基础上兴办的。该厂在上海第一医学院的帮助下,1976年 10月开始筹建,次年1月建成投产。当时采用当地的野生鱼腥草、野菊花及威灵仙三种草药,经过科学处理,试制成功具有解毒、消炎、退热的鱼腥草注射液。5月又制成以中药柴胡为原料的注射液。上述两种注射液均经省、地药检所检验鉴定,符合注射液标准,批准正式生产。1978 ~ 1979年该厂又试制成功当归注射液、口服鲜竹沥两种新药。1982年10月试制成功稚儿灵、黄连注射液。1983年又创新产品生脉饮、四逆汤。1984年又试制成功穿心莲注射液、排石冲剂、维磷补汁、硫酸庆大霉素注射液。1983年 11月经江西省工商行政管理局、省卫生厅、省医药公司共同批准,正式定名为江西永丰县制药二厂。当时有职工157人,年产中成药102吨,总产值252.8万元,创利润18. 3万元,固定资产原值84.1万元,净值70.8万元。以后永丰县又陆续创办了永丰中药厂,主要生产钻山风糖浆;永丰诚丰制药厂主要生产杏香兔耳风颗粒。这4家医药企业,各具特色,效益都较好。
90年代以后,全区医药企业大多进行了体制改革,由原来的国营企业,改制为各种形式的股份制公司:赣江制药厂改制为江西赣江制药有限公司,吉安庐陵制药厂改制为江西大自然药业有限公司,泰和制药厂改制为半边天药业有限公司,遂川县制药厂改制为三越药业有限公司,安福县制药厂改制为江西金顶药业有限公司,峡江县制药厂改制为三力药业有限公司,永丰县中药厂改制为江西广恩和制药有限公司,永丰县制药厂改制为江西强丰药业有限公司,永丰县制药二厂改制为江西鹿迪制药有限公司,永丰县诚丰制药厂改制为江西京通制药有限公司。2000年上述改制的企业上交税金,除赣江制药有限公司是负增长外,其他9个公司共上交税金1763.79万元,缴税最多的是江西广恩和制药公司484.7万元, 江西金项药业有限公司450. 3万元。