吉安地区支流航运开发较早。北宋熙宁三年(1070),欧阳修回乡省墓,自青州(今山东省淄博市)运回一块重千余斤的石碑“淤岗阡表”,就是用船经鄱阳湖入赣江,在张家渡进消沧河(即孤江),转沙溪河用小船运往永丰沙溪。这块著名的碑文,至今仍保存在欧阳修故居西阳宫内。明清时期, 境内漕粮实行分段运输,据《莲花厅志》载:清乾隆年间,莲花有官板船、梭子船50艘,每船载米16石,漕粮分段驳运,自桥上至永新为短驳,船只盘滩计篙而下;永新至陈家山(今吉安神冈山)为长驳,牙船可载米200石。消沧河上游的龙冈、沙溪等地的漕粮,均利用竹筏、小船盘驳转运至值夏、张家渡中转。支流先用竹筏或小船运到赣江口岸,改大船转运省城粮仓交兑。 民国时期,境内有禾水河、牛吼江、泸水河、洲湖河、龙泉河、消龙河、富水河、恩江河、冠山河、同水河等10多条支流通航,可常年行驶50至200担的帆船,输出物资以粮、油、棉、纸等为大宗,运进有食盐、布匹、百货、药材等。抗日战争时期的浙赣湘联运南线,从浙江的安华开始,陆运邓家埠转抚河、临水,经潭口,顺恩江河经永丰、吉水入赣江,在吉安神冈山入禾水河的潞江港口中转,全程534. 8千米,水运里程占368千米。闽粤赣湘联运线,从筠门岭经会昌,顺赣江转禾水至潞江转茶陵,全程657千米,其中水路 583千米。战时的禾水河成了东连闽浙粤、西接湘川云桂的重要交通运输线。禾水河腹地农产品及矿产资源丰富,当时,天河镇就办有天河煤矿、煤焦厂、水泥厂及三家小型炼铁厂,产品全赖水上运输。1943 年仅天河的煤、焦、铁等运输量就有2万吨。战后省际联运线停止,境内的支流货运量锐减。
1949年8月,吉安市军管会交通接管处和地区粮食局率先在禾河、泸水、牛吼江成立三河粮食接运站,组织帆船、竹筏集中调运粮食,支援解放军进军大西南。1950年,吉安航务办事处在各支流按水系成立民船运输站,管理支流水运业务。9月,在乐安组织竹筏运岀粮食1000多吨,由吉水中转运往南昌。 当年,从支流运出粮食3. 2万吨,煤0.6万吨。牛吼江上游地段,因货多船少,政府每年都要组织上万人, 肩挑百万余斤粮食到永新的石桥、夏阳和早禾市下河水运。为了解决山区运输困难,泰和、永新粮食局曾贷款5500万元(旧版人民币),分别在拿山、津洞、牛牧等地新建矮头子船49艘。1954年,组织粮食大调运,省航运局从上饶、宜春两地区抽调10吨以下木帆船384艘.2159吨,在宁冈、永新、遂川、吉水等地定港落户,支援禾水河、恩江河、消龙河的存粮运输,当年全区专业木帆船增加到2356艘,25558吨,从支流运出粮食25.1万吨,煤1.1万吨,全年帆船完成货运量47.1万吨,比1950年增长3.6倍,占当年全区水上总运输量的89.2%. 1959年因“大跃进”,吉安专署号召各级政府发动群众大办交通水网化,凿滩疏河,开辟新航道,使区内共有28条支流通航,实现了县县通航运。继固江、水南等地成立航运代办站之后,专区航运局又在永阳、指阳、白沙、西沙埠、乌江、住歧、钓鱼台、洲湖、小江边、枫田、竹江、石陂、夏阳、韩口、大坑、竹山、马家洲、良口、武术等地成立20个航运代办站,形成支流与赣江的水运网络。1959年5月,泰和水上社抽调32艘小船、60名社员深入蜀水河上游,分段运输粮食、木棍3500吨。6月又抽调吉安市、吉水和永丰水上社的木帆船106艘,支援乐安县粮食运输。船员们用人力将船拖过永丰五石坝,在恩江河上游分段转运粮食500多吨,受到省、地航运部门的表彰。此后,遂川县水上社有12艘三块板船,坚持在衙前河担负山区物资运输,解决了衙前、谷中两地长期靠人力挑运粮、盐和化肥的困难,被当地人民赞誉为“铁扁担”运输队。I960年,全区新建副业木帆船1200艘,11000吨;竹筏237条,750吨;机帆船6艘,160吨, 全年木帆船完成货运量162. 1万吨,货物周转量7688. 4万吨千米,比1954年分别增长244. 16%和 32.81%。嗣后多数支流相继断航,支流运量逐年减少。1965年,帆船完成货运量仅60. 3万吨,为1960 年的37%。1981年,只有禾水河、泸水河的煤炭、石灰石等水运物资,年货运量12万吨。1984年后,天河煤炭全部改由汽车运输,专业运输船舶都已弃支流而走向赣江和长江航线。1990年后,只有安福县的竹江,吉安县的浬田、固江等少数个体农副业船在禾水、泸水装运稻草、木柴、陶器,年货运量仅有650 吨,支流水运已基本终止。