乡镇航运企业是指农村人民公社办的水上运输队。1956年农村合作化高潮中,区内有一部分农副业船加入了农业合作社。据1957年专区航运局统计,全区有农副业船835艘,4104吨, 竹筏251条,266吨。1957年7月,吉安县永阳首先成立水运队,嗣后相继成立固江、指阳、朗湖、梅塘、曲瀨、白沙和安福县的竹江、枫田、洲湖等10个公社水运队,共有运输船舶366艘,1809吨位。
60年代初,社队水运队有很大的发展,永阳公社水运队船舶增加到93艘個江水运队船舶增加到61 艘,竹江水运队船舶增加到68艘,吉安县还在天河、兴桥、值夏、澧田等公社成立水运队。1960年,全区社队水运队共有船舶671艘,3065吨,分别比1958年增长83.33%和69.43%,成为区内支流水运的重要补充力量。
“文化大革命”期间,乡镇水运企业的运输生产和经营管理受到严重破坏,船舶失修,运力减少。
80年代初,水运队先后实行经营承包,船舶作价承包给个人。1985年,吉安县还有曲瀨、永阳2个航运公司和天河、指阳、永和、上湖、澧田等7个乡镇水运队,船舶79艘,1619吨位。1986年后,永阳、天河、指阳、澧田、上湖5个乡镇水运队陆续解体。
2000年末,乡镇航运企业仅有2家:曲澈航运公司和永和水运队。主要从事短途客货运输。 社会航运业20世纪80年代前,区内只有林业和水利部门的一些拖轮,用于防洪抢险和拖运竹木排。1983年后,各物资部门陆续建造机动货船参加运输生产。1987年,全区社会单位有各类船舶159 艘,4877吨位,其中机动船26艘,1541千瓦,驳船4艘,338吨位,当年完成客运量19.15万人,旅客周转量183万人千米,货运量18.17万吨,货物周转量2095. 1万吨千米。1988年,新干县粮食局的6艘钢质货驳全部出卖,峡江县粮食局2艘钢质货驳承包给个人经营,地区贮木场的拖轮从8艘减少到5艘。 1990年以后,地区贮木场的5艘拖轮先后全部出卖。万安县水电厂劳动服务公司船队、万安县粮食局船队、万安县林业公司木竹转运站、万安县糖厂船队的8艘机动船,从1992年至1999年先后停业。新干县水利局船队1992年5月停业。吉安造纸厂因生产不景气,3艘机驳船1998年停航拍卖。1994年后,又新成立了万安县港航运输公司、泰和县港航运贸服务部、吉水县航贸服务部、峡江县赣兴航运公司、新干县赣中航运公司。共计增加船舶15艘,运力2360吨,1218千瓦。
2000年,有社会航运业9个,船舶28艘、运力3555吨、1842千瓦。比1990年船舶减少56.9%,吨位增加 19.58%。
个体航运业1983年.安福县的竹江、洲湖、枫田和吉安县的固江、兴桥、梅塘等乡镇水运队的船舶作价卖给个人经营后,船员已成为个体运输业者。1984年2月,国家允许个体联户购置船舶参加社会运输,区内个体水运业发展很快。1986年全区已有个体船舶497艘,16074吨位,846客位。1987年完成客运量41万人、旅客周转量827. 5万人千米;货运量29. 26万吨,货物周转量5762. 9万吨千米。由于新增运力宏观失控,致使区内水上运输货源紧缺和运力过剩。根据省交通厅对新增船舶运力要严格审批程序的精神,吉安地区交通局于1990年8月1日制定了《水运市场增减运力管理暂行办法》,社会和个体船舶得以适当控制。至2000年底,全区有个体业户船舶303艘,运力2937吨,1754客位,分别占全区船舶总数的42.02% ,总吨位的5. 67%和总客位的85. 39% ₀