顺治二年九月初一(1645年10月19日),清军与驻丰明兵大战一昼夜,文明、通济二桥均遭火焚。
顺治三年五月至十月,连续半年不雨田地龟裂,农业歉收。
顺治十一年冬,严寒大冻,至春桔、柚、橙、柑之类尽槁。
康熙十五年(1676)十二月,奇寒凛冽,境内秋果无存。
康熙四十一年爱尔兰籍神甫雷夫泽在市山三江口建立天主教堂。
乾隆二十八年(1763),将县城东门外之嘉禾书院,移建于城内张家堡(现南丰一中址),改名琴城书院。道光二十二年(1842)又改名琴台书院。光绪二十九年(1903),改琴台书院为县立高等小学堂。
乾隆五十七年五月,县境遭水灾,农田、房屋冲毁无数,损失惨重。
嘉庆五年(1800),洪水成灾,冲毁东门惠政桥。
咸丰六年(1856)至同治三年(1864),太平军在南丰一带与清军苦战9年,先后4次攻下南丰县城。
光绪十三年(1887),县内开始生产泥炉。
光绪三十二年设立警察局,开办警务。
宣统元年(1909),筹办南丰商务分会。民国5年(1916)4月改为商会。
宣统二年创办南丰邮政局。
宣统三年,县民刘凤翔自费入南昌牛痘传习所学习,民国1年结业后在县城开设牛痘公局,为群众施种牛痘预防天花。
同年九月十七日(11月7日),江西独立的布告传至南丰,知县来宝书等悬白旗响应,宣布南丰光复,官绅、商、学会议决定组织保卫团,维持县城治安。