洪武三年(1370)冬,南丰直隶州复降为县,隶属建昌府。
同年,南丰迭遭兵燹天灾,县民始有迁徙外流,其中以移居江西玉山县及浙江常山、江山县一带居多。据玉山、常山、江山地名志载,迄今散居于3县的148个自然村中,有3662户、19671人属南丰籍后裔。
景泰年间(1450~1457)于曾巩城南读书处建曾巩祠、亭,即今读书岩。
正德七年(1512),修筑土城墙,共4门,周长891丈;九年,改筑石城,共1160丈;嘉靖三十七年(1558),城墙扩修,周长达1330.8丈。
正德八年,大寒,积雪数尺,桔树冻死殆尽。
嘉靖四十一年,明朝政府为镇压农民起义军,在太平冈(今大坪嵊)设参将府,建东营称太平营,屯练3000浙兵。
万历三年(1575),县人李梃所著《医学入门》9卷,刊行于世,后传入越南、朝鲜、日本等国。
崇祯五年(1632),江义、周八在军峰山下的封山秘密传播密密教教义,酝酿起义;十年,江义、周八等在南丰骑龙、白竹、社坑等地聚众响应密密教教首张普薇起义抗明。
崇祯九年十一月十一日,地理学家徐弘祖(霞客)从新城(今黎川县)入南丰,过县城,登军峰,进行为期3天的考察活动。
崇祯十六年十二月,张献忠起义军攻克南丰县城,宣布“钱、粮三年免征”,各地农民支持义军对封建统治者进行斗争。