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朱熹之后的朱子学，基于全国的政治、经济、文化形势，朱子学的发源地福建（闽中）与全国的朱子学衍变和发展有很大的不同，我们分开来论述。本章先论述闽中的朱子学（闽学）的传衍分化和派别，全国性的将在下面论述。
  南宋王朝是与北方金朝的对峙而存在的。后来，蒙古族的元朝崛起于漠北，宋朝联蒙攻金，于1234年灭金；1270年蒙又灭宋。蒙灭宋后，其首领忽必烈任用汉化契丹人耶律楚材，并经宋降蒙的儒生窦默、姚枢、许衡、刘秉忠等人策划，取《易》“大哉乾元”之义，改国号为元。在元朝统一中国的90年（1280—1368年）中，利用儒家的政治制度来统治全国。由于蒙古族的经济、文化比宋、金落后，他们对广大人民的统治尤其残酷，横征暴敛，赋役极重。元朝蒙古族统治者对汉人和南人仇视。福建是南人居住的主要地区之一，福建人受元朝的剥削压迫最为严重，反抗元朝统治也最为激烈。这种社会环境对福建朱子学具有深刻的影响。
  蒙古贵族统治者在思想上利用儒家思想治理国家。宋朝遗留下来的一批儒学家，如窦默、许衡等都被请到朝廷，有的任国子监丞，专门传授儒学，他们被称为元代大儒。在儒学当中，蒙古族统治者又特别提倡程朱理学。由于统治者的大力提倡，以朱熹为代表的闽学很快由福建地区发展到全国。清人皮锡瑞说：
  朱学统一，惟南方最早。金、元时，程学（按指二程洛学及其后继者朱子学）盛于南，苏学（按指宋时蜀学苏洵、苏轼、苏辙父子之学）盛于北。北人虽知有朱夫子，未能尽见其书。元兵下江、汉，得赵复，朱子之书始传于北。姚枢、许衡、窦默、刘因辈翕然从之。①
  朱子学原盛行于福建，在元初由闽而至江、浙、皖、赣、两湖、两广、冀、鲁、晋、豫、川、陕等。
  至元仁宗时（1312—1320年），朱子学遍及全国。1368年，朱元璋领导的义军推翻元朝，在南京称帝，国号为明。朱明王朝存在了270年之久，国势在成祖永乐年间（1403—1424年）达到了顶点，到了世宗嘉靖年间（1522—1567年）由盛而衰，史家称为前期。从朱子学在明代的发展来看，与其相对立的王阳明学说兴起于嘉靖初年，此后朱子学在明代由独盛而稍衰，使明代朱子学形成为两个不同的时期。
  元代全国朱子学盛行，相比之下似乎福建朱子学不如全国。当时闽籍朱子学的主要学者如熊禾、陈普、吴海等，没有居于全国地位。其实，从学术思想上看，当时福建的闽学并不落后于全国朱子学。一些主要的福建闽学学者之所以未居于全国地位，主要是因为他们有民族气节，不仅不肯仕宦于朝廷，有的还积极进行反抗，因而不仅得不到朝廷的褒扬，还受到诬蔑和打击。他们隐姓埋名，深居山林，从事于教育和学术活动，为士人所罕知。他们忠实于朱熹的思想，是真正的朱子学者。当时，福建闽学人才济济，除下面将要评述的熊禾、陈普、吴海等外，知名者还有丘葵（字吉甫，同安人）、韩信同（字伯循，宁德人）、欧阳光（字以大，长乐人）、张复（字伯阳，建瓯人）、黄镇成（字元定，邵武人）、刘有定（字能静，莆田人）、张复（字伯阳，建瓯人）、黄清老（字子肖，邵武人）、林广发（字明卿，龙溪人）、陈旅（字众仲，莆田人）、雷杭（字颜舟，建瓯人）、陈自新（字贡义，宁德人）、李应龙（字玉林，光泽人）、郭堂（字德基，长乐人）、郑仪孙（号翠屏，建瓯人）、敖继公（字君善，长乐人）等。他们大都一生从事于朱子学，各自著作数种。
  在明代前期，闽籍朱子学学者忠实地阐发朱熹学说。例如，林瀚（字亨大，闽县人），学术醇正，以朱子学为宗，在朝廷正直无私，不以皇帝和宰辅颜色行事，不计较利禄，为世所敬重；林玭（字廷珍，侯官人），以朱子《易》学倡教东南，学务穷理，笃于躬行；郑守道（字用行，侯官人），著《太极图说解》、《大学解》，旨精袐具，全是朱子学风格，有功于后学，等等。
  宋元之际至明代中叶，福建朱子学与当时全国朱子学相比，有自己的特点，或者叫做优点。
  第一，这个时期福建的朱子学学者大多数坚持朱熹的民族气节论，不肯到朝廷做官为蒙古族统治者服务。熊禾、陈普在南宋末年曾任过地方官，入元后朝廷几次征召不出，甘受贫困，宁可饿死。郑仪孙在宋亡后隐居山林不仕。敖继公中进士后归里务农。邱葵力辞元官。吴海生活在元朝末年，也未曾出来仕元。
  第二，福建朱子学学者务实学，强调“躬行”。他们认为，道并非超出于人事之外，道即在人事之中。他们讲学和著述的内容务实切近，反对好高骛远。他们强调道德实践的重要性，把“躬行”看成是精义理。他们激烈抨击当时一些空谈心性的理学学者，明确提出研究理学的目的是为了道德践履。他们把朱熹关于“知行相须互发”的观点发挥为要重视“躬行”的实学。
  第三，这个时期福建朱子学学者大都潜心于“五经”、“四书”的注疏。他们视注疏“五经”为务本之学，多自幼即为之。由于他们不想仕元，不随流俗，因此他们所注疏的“五经”有自己的特点，以经注发挥朱子学思想，有功于后学。例如，熊禾是元朝的经学家，除《仪礼》外，他对《诗》、《书》、《易》、《春秋》、《周礼》、《礼记》、《孝经》、《论语》、《孟子》、《尔雅》等皆有注疏。他采用集疏，以朱子之说为主，融合诸家之精华，阐发自己的朱子学观点。据不完全统计，元代福建朱子学学者有关经书的注疏达100多种。明代前期福建朱子学学者以精湛研究《易经》闻名全国。其著作有几百种，数量之多全国第一。仅晋江一地研究《易》著名者有数十家，著作达八九十种。明代全国研究《易》者首推晋江，而晋江以蔡（清）、陈（琛）、苏（浚）三家为最。蔡清著《易经蒙引》、陈琛著《易经通典》、苏浚著《易说》，皆为研究《易》学之杰作。蔡清之《易》精而密，陈琛之《易》高而朗，苏浚之《易》渊源蔡清，而其超广洞达，气象绝类陈琛。此三人之《易》学理论，相为表里。其共同的特点是羽翼和发挥朱子学。
  第四，福建朱子学学者从不同方面阐发了朱子学。例如，陈普跟随朱熹推崇周敦颐的《太极图说》，他通过讲解《太极图说》来说明自己的哲学观点，阐发了朱子学。熊禾在注疏儒家经典中，全面阐发了朱熹的思想。吴海对朱熹的“主敬”说有较深的研究，特别重视道德践履。明人朱衡说：
  明以后诸儒，如元吴朝宗（按指吴海）……善守程朱门户，勿为异说所惑，是均有传道（按指朱子学）之功。①
  吴海身体力行，凡朱熹之明体达用之学，修己治人之术，罔不一一体验于身心之间，而犹歉然不敢自持，乃颜其读书之室曰闻过斋。
  第五，捍卫朱子学。明正德嘉靖年间（1506—1566年），陈宪章、王阳明心学兴起，广泛传播。这时，福建朱子学者绝大部分不为异端所惑，挺身而出，奋起捍卫朱子学。例如，马森（字孔养，侯官人），提出理学必须以朱子学为宗，不可动摇，陆王心学非理学之正脉，不可接受；孔端仪（字子明，莆田人），著《考亭渊源录》，力排王学，言行举止一依朱熹；卢一诚（字诚之，福清人），坚持朱子立场，拒绝参加阳明学社；童世坚（字克刚，连城人），受业于王阳明，归而笃信朱子学，谓王学不若朱学有把握；杨道昭（号天游，建阳人），与王学学者王心斋、王龙溪等反复辩论，激烈抨击阳明学说，称颂朱子学；周瑛（字梁石，漳浦人），以朱熹居敬穷理之说批评王学先驱陈白沙心学；方良永（字寿卿，莆田人），谓言心学者不知其妄；等等。
  下面我们选择这个时期最有代表性的福建籍朱子学学者熊禾、陈普、吴海、陈真晟、周瑛、蔡清等加以评述，以窥一斑。

①《经学历史》第九章。 ①《道南源委·凡例》。