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朱熹在讲太极时，已谓“太极只是一个理字”。理是天地万物之道理。天地万物，则必各有所然之故和其所以当然之则。陈淳说：“理无形状，如何见得？只是事物上一个当然之则，便是理。则是准则，法则。有个确定不易底意。只是事物上正当合做处便是当然，即这恰好无过些不及些，便是则。”④真
德秀在《格物致知之要一》中说：
理未尝离于物之中，知此则知有物有则之说矣！盖盈乎天地之间者莫非物，而人亦物也，事亦物也。有此物则具此理，是所谓则也。以人言之，如目之视、耳之听，物也；视之明、听之聪，乃则也。君臣、父子、夫妇长幼，物也；而君之仁、臣之敬、子之孝、父之慈、夫妇之别、长幼之序，乃则也。则者，准则之谓，一定而不可易也。古人谓规、矩、准、绳、衡为五则者，以其方圆、平直、轻重，皆天然一家之法故也。夫物之所以有是则者，天实为之，但循其则尔。如视本明，视而不明，其失其则也。①
这就是说，理指文理、条理，即事物之规则，用现代的话说就是规律。
朱熹反复强调，理是实实在在的，并非虚无。这是因为，理与气不离，理在气中，二者相辅而行。天下未有无理之气，亦未有无气之理。既有理，便有气；既有气，则理就在气之中。朱熹曰：
天地之间，有理有气。理也者，形而上之道也，生物之本也。气也者，形而下之器，生物之具也。是以人物之生，必禀此理然后有性，必禀此气然后有形。②
气不能无理，因凡人物必须有其所以然。理不能无气，因理不是空虚之物。理非别为一物，理存在于物之中。无是气，则是理无挂搭处。气不结聚时，理亦无所附着。如是浑然一体，非两物并存。朱熹在注周敦颐的《太极图说》中曰：“理附搭于气而行。”③所谓理附搭于气，并非指气为主，理为宾，而是理气不离，气亦附理，无主客之分。有门人问动静者，朱子答说：
太极理也，动静气也。气行则理亦行。二者常相依而未尝相离也。太极犹人，动静犹马。马所以载人，人所以乘马。马之一出一入，人亦与之一出一入，盖一动一静，而太极之妙，未尝不在焉。④
此处把太极、理、气三者的关系都讲清楚了。
陈淳以浑沦释理气不离不杂的关系。所谓浑沦，就是像云雾一样茫茫无限。此论犹张载谓气聚散于太虚。“其实，理不外于气。盖二气流行，万古生生不息，不成只是个空气，必有主之，曰理是也。然理非有离乎气，只是就气上
指出个理不离于气而为言耳。”①陈淳强调，虽谓以理为主，但是理在气中，理是通过气而体现出来的。陈淳有把理气合一之倾向。如果说在朱熹那里是把气作为理生物的中间环节，而在陈淳这里则有气直接产生物的气息，具有张载气论的因素。
理气不离不杂并没有否认理先气后。这在朱子学本体论体系中是个很重要的问题。这在《朱子语类》答问和《朱子文集》书札中讨论很多。《中庸章句》、《大学或问》、《易学启蒙》亦涉及之。朱熹论太极时曰：“太极者，象数未形而其理已具之称。”②在论天地时曰：“未有天地之先，毕竟先有此理。”③在论人物时曰：“人物未生时只可谓之理。……未有这事，先有这理。如未有君臣，已先有君臣之理；未有父子，已先有父子之理。不成元无此理，直待有君臣父子，却旋将道理入在里面。”④在论性时曰：“先有个天理，却有气。气积为质，而性具焉。”⑤在论动静时曰：“理有动静，故气有动静。若理无动静，则气何自而有动静乎？”⑥此处非指理之本身有动有静，而是指如无动静之理，则动静无由施行。在论感应时曰：“未有事物之时，此理已具。少间应处，只是理。……未应如未有此物，而此理已具。到有此物，亦只是这个道理。”⑦
理先气后并不与理气不离不杂相矛盾，它们是一致的。朱熹所强调的理先气后，是从逻辑上讲的。朱熹在《大学或问》中说：
天道流行，发育万物。其所以为造化者，阴阳五行而已。而所谓阴阳五行者，又必有是理而后有是气。及其生物，则又必因是气之聚而后有是形。故人物之生，必得是理，然后有以为健顺仁义礼智之性；必得是气，然后有以为魂魄五臟百骸之身。⑧
此处先言理在气先，随谓理气不离。朱熹在《答刘叔文》第一书中说：
所谓理与气，此决是二物。但在物上看，则二物浑沦，不可分开各在一处，然不害二物之各为一物也。若在理上看，则虽未有物而已有物之理。然亦但有其理而已，未尝实有是物也。①
这里明确讲逻辑推论。在朱熹看来，理与气本无先后之可言，但推上去时，却是理在先气在后。理与气本无先后可言，然必欲推其后来，则须说先有是理。在《朱子语类》讲到这个问题时，冯友兰于此言下案语曰：“若就逻辑言，则‘须说先有是理’。盖理为超时空而不变，若气则为在时空而变化者。就此点言，‘必须说先有是理’。”②朱熹理气不离不杂与理先气后之说，具有非常深刻的逻辑学的意义。
不仅如此，在理气关系上，朱熹还强调理生气，有是理然后生是气。此“生”非生“子”之生，而是“生事”、“生心”之“生”，含有本原之意，亦有存在所由之意，即上面所说的必然之性，是指“无情意，无计度，无造作。若论运行，只此气凝聚处理便在其中。”“气虽是理之所生，然既生出，则理会他不得。如理寓于气了，日用间运用，都由这个气，只是气强理弱。”若论本原，则可谓理强气弱，因理是气之必然性。在此意义上，理是气之主宰。其门人问：“天地之心，天地之理，理是道理，心是主宰者否？”朱熹答曰：“心固是主宰底意，然所谓主宰者即是理也。”③此主宰非有意之主宰，而是如程颐所谓“天地无心而成化”④之主宰，亦即理决定气之種種存在与性质之主宰。
对于理气关系，蔡沉以其数理论加以解释。其《洪范皇极·内篇》中反复强调，“有理斯有气，气著而理隐。有气斯有形，形著而气隐。人知形之数，而不知气之数；人知气之数，而不知理之数。知理之数，则几矣。动静可求其端，阴阳可求其始，天地可求其初，万物可求其纪；鬼神知其所幽，礼乐知其所著。生知所来，死知所去。《易》曰：‘穷神知化，德之盛也。’”在蔡沉看来，理之数是“几”，即包含了理生气、气生形的动因。他说：
有理斯有气，有气斯有形，形生气化而生生之理无穷焉。天地絪緼，万物化醇，男女构精，万物化生。化生者塞，化醇者赜。复土之陵，积水之泽，草木虫鱼，孰形孰色。无极之真，二五之数，妙合而凝，化化生生，莫测其神，莫知其能。⑤
蔡沉所表达的朱子学本体论之太极、理、气诸范畴与朱熹说是一致的，所不同的是加了个“数”。蔡沉的世界图式论以数作为基础，始终贯串着数之关系。
天即理，是朱熹理学的本色。“天之所以为天者，理而已。天非有此道理，不能为天。故苍苍者此道理之天。故曰‘其体即谓之天，其主宰即谓之帝’。……但非如道家说，真有个‘三清大帝’，著衣服如此坐耳！”①
朱熹据《易·系辞传》之“生生之谓易”、“天地之大德曰生”，得出“天地之心，只是个生。凡物皆是生，方有此物。……人、物所以生生不穷者，以其生也”。②
既然天地以生物为心，那么人、物得之必以为心。一个天地之心是指大宇宙，一人一物之心是指小宇宙。天地之生万物，一个物里面，便有一个天地之心。人心之理和万物之理都是由天理分殊出来的。
朱熹据当时北宋理学家的理气观点，又参照释、道的有关说法，便明确了“理一分殊”之意。朱熹说：
万理虽只是一理，学者且要去万里中千头百绪都理会，四面凑合来，自见得是一理。……圣贤之学，非老氏之比。老氏说“通于一万事毕”，其他都不说。少间又和那一都要無了，方好。③
万物皆有此理，理皆同出一原。但所居之位不同，则其理之用不一。如为君须仁，为臣须敬，为子须孝，为父须慈。物物各具此理，而物物各异其用，然莫非一理之流行也。……如排数器水相似：这盂也是这样水，那盂也是这样水，各个满足，不待求假于外。然打破放里，却也只是个水。此所以可以推而无不通也。所以谓格得多后自能贯通者，只为是一理。释氏云：“一月普现一切水，一切水月一月摄。”这是那释氏也窥见得这些道理。④
此“月印万川”，亦即佛家所常说的一即一切、一切即一。这就是说，人心之理与万物之理都是由天理分殊出来的。显然，朱熹的理一分殊论是吸取了释、道之合理思想的。
朱熹给传统的天人合一赋予理一分殊的新意，找到了天是如何衍化出人、物的，使中国人的世界观严密完整，更富有特色。朱熹认为，这是他的一大创见。他说：熹所谓“仁者天地生物之心，而人、物之所得以为心”，此虽出于一时之臆见，然窃自谓正发明得天人无间断处。稍似精密，若看得破，则见“仁”字与“心”字浑然一体之中，自有分别，毫厘有辨之际，却不破碎，恐非如来教所疑也。①
此“臆见”是由释氏之“月印万川”启发出来的。人受天地之气而生，故此心仁，仁则生。仁为众善之首，仁自然又生出义礼智等美德。
朱熹的理一分殊论，真德秀用体用一元来解释。他认为，总合天地万物之理，只是一个理；分开来，每个事物都各自有一个理，但是皆为根本理之体现。根本的理是本体，每个事物所具有的理是万殊，都是根本理的作用和运用，而且是根本理的缩影。根本的理和万殊的理都是道，因此是体用一元的。这就是真德秀所说的“至诚息者，道之体也，万殊之所以一本也；万殊各得其所者，道之用也，一本之所以万殊也”。真德秀又说：
天下之理一，而分则殊。凡生于天壤之间者，莫非天地之子而吾之同气者也，是之谓理一。然亲者吾之同体，民者吾之同类，而物则异类矣，是之谓分殊。以其理一，故仁爱之仁无不遍；以其分殊，故仁爱之施则有差。以亲亲之道施于民，则亲疏无以异矣，是乃薄其亲；以仁民之道施于物，则贵贱无以异矣，是乃薄其民。故于亲见则亲之，于民则仁之，而于物则爱之。合而言之则皆仁，分而言之则有序。此二帝三王之道所以异于杨、墨也。②
在真德秀的理一分殊论中，包含了一般与个别、一与多的辩证法因素。但是，真德秀有时认为，万殊分别完美无缺地体现了一理，有把一般与个别、一与多等同之嫌，而且他把理一分殊主要分析道德伦理关系，其辩证法是不彻底的。
朱子学学者把儒家思想的核心仁由原先孔子的伦理内涵上升到本体论的高度，使儒学建立起完备精密的形上学系统。他们用“理一”统摄“万殊”，把儒家的本体论、人生观、知行观糅合成一个整体。
德秀在《格物致知之要一》中说：
理未尝离于物之中，知此则知有物有则之说矣！盖盈乎天地之间者莫非物，而人亦物也，事亦物也。有此物则具此理，是所谓则也。以人言之，如目之视、耳之听，物也；视之明、听之聪，乃则也。君臣、父子、夫妇长幼，物也；而君之仁、臣之敬、子之孝、父之慈、夫妇之别、长幼之序，乃则也。则者，准则之谓，一定而不可易也。古人谓规、矩、准、绳、衡为五则者，以其方圆、平直、轻重，皆天然一家之法故也。夫物之所以有是则者，天实为之，但循其则尔。如视本明，视而不明，其失其则也。①
这就是说，理指文理、条理，即事物之规则，用现代的话说就是规律。
朱熹反复强调，理是实实在在的，并非虚无。这是因为，理与气不离，理在气中，二者相辅而行。天下未有无理之气，亦未有无气之理。既有理，便有气；既有气，则理就在气之中。朱熹曰：
天地之间，有理有气。理也者，形而上之道也，生物之本也。气也者，形而下之器，生物之具也。是以人物之生，必禀此理然后有性，必禀此气然后有形。②
气不能无理，因凡人物必须有其所以然。理不能无气，因理不是空虚之物。理非别为一物，理存在于物之中。无是气，则是理无挂搭处。气不结聚时，理亦无所附着。如是浑然一体，非两物并存。朱熹在注周敦颐的《太极图说》中曰：“理附搭于气而行。”③所谓理附搭于气，并非指气为主，理为宾，而是理气不离，气亦附理，无主客之分。有门人问动静者，朱子答说：
太极理也，动静气也。气行则理亦行。二者常相依而未尝相离也。太极犹人，动静犹马。马所以载人，人所以乘马。马之一出一入，人亦与之一出一入，盖一动一静，而太极之妙，未尝不在焉。④
此处把太极、理、气三者的关系都讲清楚了。
陈淳以浑沦释理气不离不杂的关系。所谓浑沦，就是像云雾一样茫茫无限。此论犹张载谓气聚散于太虚。“其实，理不外于气。盖二气流行，万古生生不息，不成只是个空气，必有主之，曰理是也。然理非有离乎气，只是就气上
指出个理不离于气而为言耳。”①陈淳强调，虽谓以理为主，但是理在气中，理是通过气而体现出来的。陈淳有把理气合一之倾向。如果说在朱熹那里是把气作为理生物的中间环节，而在陈淳这里则有气直接产生物的气息，具有张载气论的因素。
理气不离不杂并没有否认理先气后。这在朱子学本体论体系中是个很重要的问题。这在《朱子语类》答问和《朱子文集》书札中讨论很多。《中庸章句》、《大学或问》、《易学启蒙》亦涉及之。朱熹论太极时曰：“太极者，象数未形而其理已具之称。”②在论天地时曰：“未有天地之先，毕竟先有此理。”③在论人物时曰：“人物未生时只可谓之理。……未有这事，先有这理。如未有君臣，已先有君臣之理；未有父子，已先有父子之理。不成元无此理，直待有君臣父子，却旋将道理入在里面。”④在论性时曰：“先有个天理，却有气。气积为质，而性具焉。”⑤在论动静时曰：“理有动静，故气有动静。若理无动静，则气何自而有动静乎？”⑥此处非指理之本身有动有静，而是指如无动静之理，则动静无由施行。在论感应时曰：“未有事物之时，此理已具。少间应处，只是理。……未应如未有此物，而此理已具。到有此物，亦只是这个道理。”⑦
理先气后并不与理气不离不杂相矛盾，它们是一致的。朱熹所强调的理先气后，是从逻辑上讲的。朱熹在《大学或问》中说：
天道流行，发育万物。其所以为造化者，阴阳五行而已。而所谓阴阳五行者，又必有是理而后有是气。及其生物，则又必因是气之聚而后有是形。故人物之生，必得是理，然后有以为健顺仁义礼智之性；必得是气，然后有以为魂魄五臟百骸之身。⑧
此处先言理在气先，随谓理气不离。朱熹在《答刘叔文》第一书中说：
所谓理与气，此决是二物。但在物上看，则二物浑沦，不可分开各在一处，然不害二物之各为一物也。若在理上看，则虽未有物而已有物之理。然亦但有其理而已，未尝实有是物也。①
这里明确讲逻辑推论。在朱熹看来，理与气本无先后之可言，但推上去时，却是理在先气在后。理与气本无先后可言，然必欲推其后来，则须说先有是理。在《朱子语类》讲到这个问题时，冯友兰于此言下案语曰：“若就逻辑言，则‘须说先有是理’。盖理为超时空而不变，若气则为在时空而变化者。就此点言，‘必须说先有是理’。”②朱熹理气不离不杂与理先气后之说，具有非常深刻的逻辑学的意义。
不仅如此，在理气关系上，朱熹还强调理生气，有是理然后生是气。此“生”非生“子”之生，而是“生事”、“生心”之“生”，含有本原之意，亦有存在所由之意，即上面所说的必然之性，是指“无情意，无计度，无造作。若论运行，只此气凝聚处理便在其中。”“气虽是理之所生，然既生出，则理会他不得。如理寓于气了，日用间运用，都由这个气，只是气强理弱。”若论本原，则可谓理强气弱，因理是气之必然性。在此意义上，理是气之主宰。其门人问：“天地之心，天地之理，理是道理，心是主宰者否？”朱熹答曰：“心固是主宰底意，然所谓主宰者即是理也。”③此主宰非有意之主宰，而是如程颐所谓“天地无心而成化”④之主宰，亦即理决定气之種種存在与性质之主宰。
对于理气关系，蔡沉以其数理论加以解释。其《洪范皇极·内篇》中反复强调，“有理斯有气，气著而理隐。有气斯有形，形著而气隐。人知形之数，而不知气之数；人知气之数，而不知理之数。知理之数，则几矣。动静可求其端，阴阳可求其始，天地可求其初，万物可求其纪；鬼神知其所幽，礼乐知其所著。生知所来，死知所去。《易》曰：‘穷神知化，德之盛也。’”在蔡沉看来，理之数是“几”，即包含了理生气、气生形的动因。他说：
有理斯有气，有气斯有形，形生气化而生生之理无穷焉。天地絪緼，万物化醇，男女构精，万物化生。化生者塞，化醇者赜。复土之陵，积水之泽，草木虫鱼，孰形孰色。无极之真，二五之数，妙合而凝，化化生生，莫测其神，莫知其能。⑤
蔡沉所表达的朱子学本体论之太极、理、气诸范畴与朱熹说是一致的，所不同的是加了个“数”。蔡沉的世界图式论以数作为基础，始终贯串着数之关系。
天即理，是朱熹理学的本色。“天之所以为天者，理而已。天非有此道理，不能为天。故苍苍者此道理之天。故曰‘其体即谓之天，其主宰即谓之帝’。……但非如道家说，真有个‘三清大帝’，著衣服如此坐耳！”①
朱熹据《易·系辞传》之“生生之谓易”、“天地之大德曰生”，得出“天地之心，只是个生。凡物皆是生，方有此物。……人、物所以生生不穷者，以其生也”。②
既然天地以生物为心，那么人、物得之必以为心。一个天地之心是指大宇宙，一人一物之心是指小宇宙。天地之生万物，一个物里面，便有一个天地之心。人心之理和万物之理都是由天理分殊出来的。
朱熹据当时北宋理学家的理气观点，又参照释、道的有关说法，便明确了“理一分殊”之意。朱熹说：
万理虽只是一理，学者且要去万里中千头百绪都理会，四面凑合来，自见得是一理。……圣贤之学，非老氏之比。老氏说“通于一万事毕”，其他都不说。少间又和那一都要無了，方好。③
万物皆有此理，理皆同出一原。但所居之位不同，则其理之用不一。如为君须仁，为臣须敬，为子须孝，为父须慈。物物各具此理，而物物各异其用，然莫非一理之流行也。……如排数器水相似：这盂也是这样水，那盂也是这样水，各个满足，不待求假于外。然打破放里，却也只是个水。此所以可以推而无不通也。所以谓格得多后自能贯通者，只为是一理。释氏云：“一月普现一切水，一切水月一月摄。”这是那释氏也窥见得这些道理。④
此“月印万川”，亦即佛家所常说的一即一切、一切即一。这就是说，人心之理与万物之理都是由天理分殊出来的。显然，朱熹的理一分殊论是吸取了释、道之合理思想的。
朱熹给传统的天人合一赋予理一分殊的新意，找到了天是如何衍化出人、物的，使中国人的世界观严密完整，更富有特色。朱熹认为，这是他的一大创见。他说：熹所谓“仁者天地生物之心，而人、物之所得以为心”，此虽出于一时之臆见，然窃自谓正发明得天人无间断处。稍似精密，若看得破，则见“仁”字与“心”字浑然一体之中，自有分别，毫厘有辨之际，却不破碎，恐非如来教所疑也。①
此“臆见”是由释氏之“月印万川”启发出来的。人受天地之气而生，故此心仁，仁则生。仁为众善之首，仁自然又生出义礼智等美德。
朱熹的理一分殊论，真德秀用体用一元来解释。他认为，总合天地万物之理，只是一个理；分开来，每个事物都各自有一个理，但是皆为根本理之体现。根本的理是本体，每个事物所具有的理是万殊，都是根本理的作用和运用，而且是根本理的缩影。根本的理和万殊的理都是道，因此是体用一元的。这就是真德秀所说的“至诚息者，道之体也，万殊之所以一本也；万殊各得其所者，道之用也，一本之所以万殊也”。真德秀又说：
天下之理一，而分则殊。凡生于天壤之间者，莫非天地之子而吾之同气者也，是之谓理一。然亲者吾之同体，民者吾之同类，而物则异类矣，是之谓分殊。以其理一，故仁爱之仁无不遍；以其分殊，故仁爱之施则有差。以亲亲之道施于民，则亲疏无以异矣，是乃薄其亲；以仁民之道施于物，则贵贱无以异矣，是乃薄其民。故于亲见则亲之，于民则仁之，而于物则爱之。合而言之则皆仁，分而言之则有序。此二帝三王之道所以异于杨、墨也。②
在真德秀的理一分殊论中，包含了一般与个别、一与多的辩证法因素。但是，真德秀有时认为，万殊分别完美无缺地体现了一理，有把一般与个别、一与多等同之嫌，而且他把理一分殊主要分析道德伦理关系，其辩证法是不彻底的。
朱子学学者把儒家思想的核心仁由原先孔子的伦理内涵上升到本体论的高度，使儒学建立起完备精密的形上学系统。他们用“理一”统摄“万殊”，把儒家的本体论、人生观、知行观糅合成一个整体。
