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在本体论方面，李光地认为作为最终根据的理或道并不是某种抽象的原则或规律，而是与天地万物的生成、发展直接关联的性命之理。所以他说：
  向以当然者言理，故谓阴阳动静之类，终古不易，终古不乱，是乃所谓当然。当然之为自然，自然之为其所以然也。以其不偏谓之中，以其不杂谓之善。自以为此论当矣。至于蔼然而生，凛然而肃，则以是为落形气而未之道也。既乃思之，大《易》言贞元，孔孟语仁义，皆不离其蔼然、肃然者，而性命之理存焉。且使所谓阴阳动静者，无可爱可慕之实，徒曰不偏之为善尔，则是土苴木札，剂量而食可以疗饥；木叶鹑衣，编袭而衣可以适体也。是天地之间尽泛然无情之物。所谓道者，不过自动自静，出入乎机，而偶与自然者会。此其与庄老之学相去几何，而于吾圣门之道远矣。乃今知所谓善者，即蔼然者善也，即肃然者善也。有蔼然之理，故有蔼然之气以生物，是生物之理善也。有肃然之理，故有肃然之气以成物，是成物之理善也。③
  如此，李光地一方面将理与道德意识、道德情感相互联系，突出其“可爱可慕”的这方面特质，然后进一步以仁、义、礼、智等道德属性来规定理的本质，从而提出“理即性”的性本论思想，以避免“求高深之理，而差于日用；溺泛滥之理，而昧于本源”①的弊病；另一方面，又强化了理与具体事物的生成、发展、演化之间的关联，从而使理可以包含更多现实性的内容。基于后者，李光地特别重视理作为事物的条理、性质的意义，提出：“所谓理者，即性命之流行于事物者尔。”②而当有弟子问道：“‘性即理也’，理可是条理否”，李光地亦明确回答：
  是条理。孔子曰：“穷理尽性以至于命”，“和顺于道德而理于义”，“顺性命之理，谓之理”，都是在事物上说。君臣、父子、夫妇、昆弟、朋友，不相紊乱，这是理。然此理，不是到事物上才有。性即有仁义礼智，不可混矣。命即有阴阳五行，不可乱矣。……其实在事物为理，人之所禀为性，天之所降为命。命本以天言，性本以人言，理本以事物言。道亦理也，但理以事物条理言，道以人所行之路言。③
  由此可见，李光地虽然承认事物之理来源于天性与天命，并非“到事物上才有”，但他同时指出理非悬空之理，而是事物的条理，故须于事物上认识与发现。为了将理与性、命、道等范畴相互区别，李光地还反复强调理的原初意义与基本内涵即是事物的条理，这一观点亦与其他不少提倡实学的思想家相一致。在他看来，“性即理”这个理学基本命题的提出亦是程颐“因人把‘性’字说空了，故指点此句”④，以实理来规定人性。综上可知，在李光地的理学思想体系中，理不论作为普遍的天理，还是事物的条理，都是一个具有强烈现实品格的概念。
  在认识论与工夫论方面，李光地同样肯定了即物穷理的意义和价值。譬如他说：
  事物之理，即吾心之性也。吾之性，即天地之命也。然欲尽性至命者，必自穷理始。此《大学》之教所以先于格物也。①
  圣人说出“格”字、“物”字，已包尽各条件，但其归必以知本为知至。朱子之说，与此颇异。然不照着他说，终不能知本。其言或考之事为之著，或察之念虑之微，或求之文字之中，或索之讲论之际。又谓如身心性情之德，人伦日用之常，天地鬼神之变，禽兽草木之宜，实尽格物之义。②
  程朱以格物为穷理，当矣，然亦须就要紧处格将去。如舜明于庶物，察于人伦，人伦中平庸无奇，何可思索？不知就上须大段与他思索一番，方得透彻。子孝臣忠，如何方是孝，如何方是忠，大有事在。物物各有一性，性即理也，物性犹吾性也。物各有牝牡雌雄，是其夫妇之性。海燕哺雏，雌雄代至，饮食之恩也；羽毛稍长，引雏习飞，教诲之义也，是其母子之性。同巢鸟兽，无不相倡相和，是其兄弟之性。类聚群分，是其朋友之性。就中必有为之雄长者，是其君臣之性。盖物虽殊，而性则一。此处穷尽，便见得万物一体，廓然有民胞物与之意。而所谓生之有道，取之有节，此心自不容已。③
  由此可见，李光地虽然强调格物致知以明善知性为根本目的，但他并不排斥即物穷理的方法，而且承认圣人所说的“格物”已包含了多种方式与广泛的内容。基于理一分殊的思想，李光地认为人与物在性理本体上具有同一性，“性者，善而已矣。物之性犹人之性，人之性犹我之性”④，所以万事之理、万物之性都可以成为格物穷理的对象，且必须通过广泛的即物穷理才能真正把握至善的本性与万物一体的道理，达到高度自觉的道德意识，获得真知。因此，李光地明确指出“朱子平生著书最重者《大学》，《大学》之说，最要者穷理”，并且批评“陈献章、王守仁辈破除穷理之论，而易以认天理、致良知之说，故士无实学，而世无实用”。①
  同时，在为学方法上，李光地主张尊德性与道问学兼顾，不可忽视对学问的讲求。他说：
  不博学无以为笃志之地，然博学而不笃志，徒以广见闻、资口耳而已。②
  《中庸》……五章只说实心，若不在道上逐一细加切实工夫，与佛氏之清寂何异？故上言实心，则曰诚，曰性，曰至诚，曰至圣，曰致曲，曰前知，曰自成，曰无息；下言道，曰发育，曰三百、三千，曰不骄、不倍，曰议礼、制度、考文，曰不谬、不悖、无疑、不惑，曰世道、世法、世则。既尊德性矣，而又必要道问学；既致广大矣，又必要尽精微；既极高明矣，又必要道中庸；既温故敦厚矣，又必要知新崇礼。以及议礼、制度、考文，考三王，建天地，质鬼神，俟圣人，世为道，世为法，世为则。至此，然后能尽其道也。然却离不得根本，故论至道必扯着至德；道问学等必扯着尊德性等；作礼乐必扯着德，离不了实心。故曰：“修道以仁。”此本末相资，内外交养，方为圣学之全。③
  由于李光地将立志与主敬视作尊德性之事④，将致知与力行视作道问学之事，所以他亦主张将立志、主敬、致知、力行四者结合起来，不可偏废。他说：
  诚、敬者，德性之事，德也；修辞立诚，义以方外者，问学之事，业也。然问学之业兼知与行，故修辞立诚，则所明皆实理，所行皆实事；义以方外，亦兼乎精义、集义之两端。①
  立志者，播种也。敬者，灌溉培壅之喻也。致知、力行者，谨察焉，勤治焉，稂莠荑稗，无杂我种，螟螣蟊贼，无害我稼。学不先于志，犹无种也。志立而不务知，若苗之有莠，恐其乱也。知而不行，若害吾苗者不能去也。不始终之以敬，若灌溉培壅之不加，或槁焉，或有苗而不秀也。②
  在李光地看来，立志、主敬、致知、力行构成了学者为学的一个完整过程，缺一不可。由于李光地反对“先行后知”之说，所以他并不将立志与主敬视作行之事，而将其与知、行并列，视作知与行的基础和前提。致知、力行须以志、敬为基础，则“所明皆实理，所行皆实事”。同时，李光地还指出，主敬不仅指未发时的涵养，还包括已发时的主敬，故须“始终之以敬”，而不能将主敬与致知、力行割裂开来。故曰：
  朱子谓：“致知不以敬，则昏昧纷扰，而无以察理义之归；力行不以敬，则颓堕放肆，而无以践理义之实。”然则敬与知行混而为一，盖可见矣。其曰昏昧，曰颓堕，以静之时言也；曰纷扰，曰放肆，以动之时言也，则敬贯乎动静，而知行亦通乎动静，又可见矣。盖方其静之中，虽未有致知之事，而炯然常觉者即知之体；虽未有力行之迹，而肃然就检者即行之基也。大抵敬义知行，如目视足履，一时并用，有此则有彼，初无独任之时。敬虽稍先于义，知虽稍先于行，然正如目之于足，几微毫发之间耳。今执儒先之论，其在于所盛所主者，而割截疆界，玩愒日时，致有放神冥寂以为敬，空言讲论以为知之失，则已误矣。①
  敬以直内，义以方外，非是两时事。且如应酬一人，处置一事，以至一坐立言动之微，皆须心存在此，此直内也。其所以应之处之之宜，与夫动容周旋之则，务尽道理，是方外也。有以敬、义分属动静及平日与临事者，皆易于错说。②
  由此可见，李光地认为主敬与致知、力行往往是同时进行、一时并用的，而非相互分离的两件事。不仅主敬是贯穿动静的，致知与力行亦通乎动静。在静时的炯然常觉与警觉提撕中已包含了知之体与行之基，而在动时的致知与力行中亦须凭借主敬来保持心的专一、严肃与清明。若仅仅将主敬归为静，而将致知归为动，则不免以放神冥寂为敬，以空言讲论为知，如此便入于异端，而非吾儒之实学矣。
  关于知行关系，李光地还提出行可以包知，知亦可以该行，“大约举一足以相备矣”。他解释道：
  知以该行者，如所谓居敬穷理，存心致知，则穷理致知已兼乎践行而为言，故朱子以释尊德性、道问学之事，亦曰存心致知而已。然问学之目，尽精微，知也；道中庸，行也；知新，知也；崇礼，行也。程子虽曰“涵养用敬，进学在知”，又曰“知之明则信之笃，信之笃则行之果而守之固”，此见举知足以该行也。行以包知者，如《中庸》以谨独与戒慎恐惧对，则谨独中有穷理，非穷理而能谨之乎？周子以慎动与存诚对，则慎动中有知几，非知几而能慎之乎？此见举行足以包知也。③
  换言之，穷理致知是践行的必要前提，能行必已知，故行可以包知；
  而践行是穷理致知的必然结果，知明则行益果、守益固，故知可以该行。如此，则在避免知行混同的前提下，最大限度地使知与行相互结合，形成一个统一的整体，从而避免了知行分离之弊。