南平市图书馆

江户时代，朱子学与反朱子学的正式抗争起始于伊藤仁斋（1627—1705）。仁斋的登场时期乃林罗山之子林鹅峰（1618—1680）之时代。自初始起，被称作江户朱子学之祖的藤原惺窝便非纯粹的朱子学者。惺窝对“格物”的解释也不是基于朱子学的立场，而是倾向于主张儒、道、佛三教一致说的林兆恩之解释。不过，惺窝又有诸儒之学最终趋于一致的观点，他说：
  圣人千言万语，只要人理会得。故所示不同，所入即一也。且古人各自有入头处，如周子之主静，程子之持敬，朱子之穷理，象山之易简，白沙之静圆，阳明之良知，其言似异，而入处不别。（《惺窝答闻》）
  罗山在思想上并不注重朱熹的文献，相比之下，他更倾向于以《性理大全》为据，属于明代型的朱子学者（同上），由其著作中之内容来看，也足以使人质疑其对朱子学理解的正确性。且罗山之学问本身虽以朱子学为中心，但总体而言，其特长在于涉猎思想文化等全方位的广泛教养。相比之下，其子林鹅峰的思想则更具有儒教本家之特色。①
  与仁斋处于同一时代的儒者中，山崎闇斋（1619—1682）试图对朱子学做一番纯粹化的工作。与上述惺窝及罗山的掺杂诸多杂质的朱子学不同，闇斋直接根据朱熹的文献，力求获得对朱子学的正确理解。惺窝及其罗山在内的弟子们（即所谓京学派之学者）的朱子学，与其说是思想运动，毋宁说是启蒙教育。与此相比，闇斋的情况则可定义为思想运动。反朱子学之始祖的仁斋与试图纯化朱子学的闇斋处于同一时代，这正意味着日本的朱子学与反朱子学处于并行前进、同时发展之状态。另外，虽是朱子学者但晚年对朱子学产生疑问，并将之整理成《大疑录》一书的贝原益轩（1630—1714），及同属反朱子学者的山鹿素行（1622—1685）皆与仁斋生于同一时期。闇斋学派的蟹养斋（1705—1778）以素行为仁斋之先驱者，他指出：
  至于山鹿氏，则初立私见，而兵家陋劣，世罕见者。仁斋继出，盖窃取山鹿氏之意，又考明儒之说，张自所喜，以为复古，古学之称于是乎立焉。（《弁复古》）
  然而，两者实际上是同时并行的。且两者之间并无直接交流。另外，近年有学者认为“古学”之称始于明治时代之后，但观蟹养斋如下之文便可知江户时代已有此称呼：“仁斋、徂徕妄斥朱子，自称古学，实是新义。”（《跋非徂徕学》）至于日本阳明学之祖中江藤树之弟子熊泽蕃山（1619—1691）亦与仁斋同处同一时期（藤树与蕃山虽非纯粹的阳明学者，但一直被认为在系统上属于阳明心学），此亦是朱子学与反朱子学同时并行之例证。
  在此须注意的是，此类具有代表性的反朱子学者们，原本都是朱子学者这一事实。素行与仁斋如此，对朱子学始终持疑但终其一生皆为朱子学者的益轩或许也可列入此一划分。他们在熟悉朱子学之后。转向了反朱子学一方。也因此才采用了通过与朱子学进行对比来陈述自身思想的方式。