南平市图书馆

江户时代，朱子学与反朱子学的正式抗争，始于伊藤仁斋（1627～1705）。仁斋的登场时期乃林罗山之子林鹅峰（1618～1680）之时代。在日本，即使被称作江户朱子学之祖的藤原惺窝，也并非纯粹朱子学者。惺窝对“格物”的解释并不符合朱子学的解释，而是接近于主张儒、道、佛三教一致的林兆恩之解释。同时惺窝提出诸儒之学究其终极皆一致之说，其曰：
  圣人千言万语，只要人理会得。故所示不同，所入即一也。且古人各自有入头处，如周子之主静，程子之持敬，朱子之穷理，象山之易简，白沙之静圆，阳明之良知，其言似异，而入处不别。（《惺窝答闻》）
  林罗山则更倾向于使用《性理大全》而较少使用朱熹的著作文献，属于明代型的朱子学理解者。从其著作内容看，他对朱子学的理解是否正确令人怀疑。罗山的学问虽以朱子学为中心，但总体而言其特长在于涉猎思想文化等全方位广域教养。与之相对，鹅峰则更具有儒教本家之特性。l
  与仁斋处于同一时代的儒者中，还有试图纯粹化朱子学的学者山崎暗斋（1619～1682）。与惺窝及罗山的掺有诸多杂质之朱子学不同，暗斋直取朱熹之著作文献，以求获得对朱子学的正确理解。惺窝及其包括罗山在内的弟子（即所谓京学派之学者）的朱子学，与其说是思想运动，毋宁说是启蒙教育。与之相对，暗斋的情况则可定义为思想运动。反朱子学之始祖的仁斋与试图纯化朱子学的暗斋处于同一时代，意味着日本的朱子学与反朱子学处于并行前进、同时发展的状态。另外，虽是朱子学者但晚年对朱子学产生疑问，并将其整理成《大疑录》一书的贝原益轩（1630～1714）以及同属反朱子学者的山鹿素行（1622～1685），都与仁斋生于同一时期。暗斋学派的蟹养斋（1705～1778）以素行为仁斋之先驱者，他说：
  至于山鹿氏，则初立私见，而兵家陋劣，世罕见者，仁斋继出，盖窃取山鹿氏之意，又考明儒之说，张自所喜，以为复古，古学之称于是乎立焉。（《弁复古》）
  然而实际上，山鹿与仁斋是同时并行的，尽管两者之间并无交往。另外，近年有学者认为，“古学”之称始于明治时代之后，但观蟹养斋下文便可知江户时代已有这一称呼：“仁斋、徂徕妄斥朱子，自称古学，实是新义。”（《跋非徂徕学》）而日本阳明学之祖中江藤树的弟子熊泽蕃山（1619～1691）也与仁斋处在同一时期（虽然藤树与蕃山并非纯粹的阳明学者，但在当时被认为属于阳明心学的系统）。这也说明，朱子学与反朱子学是同时并行的。
  值得注意的是，具有代表性的反朱子学者，原本都在朱子学者之列。素行与仁斋是如此，对朱子学始终持疑但终其一生又是朱子学者的益轩或许也可列入其中。他们是在熟知朱子学之后开始转向反朱子学的。他们通过对朱子学的对比研究，从而获得了阐发自己思想的方式。