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朱熹哲学思想丰富多彩，根据现代学科体系的划分，除了作为一级学科的哲学理论外，还有作为二级学科的科学哲学、宗教哲学、生命哲学等。朱熹哲学思想中，也活跃着属于哲学“二级学科”领域的思想与灵魂。
  （一）生命哲学
  生命哲学是朱熹哲学思想的重要组成部分，20世纪八九十年代的朱熹研究中，朱熹生命哲学还没怎么引起学者的足够关注，新世纪以来，朱熹生命哲学成为朱熹哲学思想研究中的重要内容。朱熹哲学为什么可以称为生命哲学？徐刚认为这可以从朱熹哲学对生命问题的关心和讨论去判断。他指出，生命问题（生、命、死、魂、魄、形、神、鬼、仙等）是中国古代哲学史上的重大课题。朱熹通过对历史典籍的分析研究，从其理学本体论出发，重新改造与阐释了这些古老的范畴，从中可以看到作为理学家的朱熹对生命本质、生命内涵、生命价值、生命权力、生命责任、生命尊严、生命义务、生命死亡等重大问题所采取的基本态度及思想倾向。［17］王锟通过对朱熹理学思想的深入分析，认为朱熹哲学是“生本论”。他指出，朱熹“生”本体论是以“天地以生物为心”这个命题来体现的，朱熹理学通过心、理综论人生界和宇宙界，形成一个圆融的整体，按照其“一体两分、两体合一”的论说方式，心是人生界最重要的概念，理是宇宙界最重要的概念，并通过心与理、人生界与宇宙界的两体合一，完成对天人的贯通。［18］张克宾认为朱熹生命哲学思想是通过对“复卦”阐发出来的。他说，复卦是理解大易生生之德的切入点和关键。朱熹在继承前贤的基础上，深化了复卦所蕴示的阴阳消息之道，将天地生物之心普遍化，并揭示了阳善阴恶观念下的心性修养之道，将天地之生理落实于心性功夫之中。尤有进者，朱熹又将仁与天地生物之心相结合，构建起“生—仁—理”三者的一体互融，仁既是天地生生之理，又是人之本心，实现了天人之间存在与价值的统一。［19］
  蒙培元通过对“格物致知”的分析，揭示出朱子哲学的生命特质。他指出，朱子“格物”之学，其物理层面的意义从属于生命之理，而生命之理是贯通物理的。把人放到生命的共同体的关照下去体认事物之理，是朱子“格物”之学的独特之处。由此生发的具有深层生态学意义的“格物说”，要求人们视万物（包括人类）为自然界生命有机的组成部分，通过求知物之“至理”即“仁理”，由客体回归主体，以达到主客内外之至善，从而实现仁者爱物“无一物不被其泽”的普遍的生命关怀。［20］而朱熹哲学中的“天人合一”命题蕴含着独特的生命智慧。蒙培元指出，天人合一在朱熹哲学中以“心与理一”的形式出现，具有“形而上学”的性质。人不仅是理性的存在，而且是情感的存在；不是情感与理性的分离，而是情感与理性的统一，即“合情合理”地生活。就人与自然的关系而言，这是一种“生”的哲学。自然界有“生理”、“生意”而人得之以为性情，情与理是合一的，天人内外是合一的。人既是价值的创造者，又是自然界“内在价值”的实现者，这种互为主体的关系是维持人与自然生态和谐的根本保证，因而是人类永续发展的根本保证。［21］郭学信对朱熹人生哲学的展开方式进行了分析，他认为是以“涵养德性本原”为核心而从“心与理”的境界观、“内圣”而开“外王”的价值观、“道心”主宰“人心”的处世观三个层面展开，其主旨在于通过内之心性和外在效用两方面来拓展人之生命价值意识，显现出一种高扬人的主体价值、道义价值和社会价值的道德理性精神。［22］
  （二）知识哲学
  作为中国古代百科全书式的哲学家，朱熹涉猎非常广泛，其对人与自然、主体与客体关系的思考，形成了他关于知识的独特看法，即知识哲学。对于朱子自然哲学、知识哲学的研究，已取得不错的成果。不过新世纪以来，这方面的研究有了很大起色。袁名泽认为，朱子自然哲学既包含“理为本，理为主，理一分殊”、“理气不离不散”的理本论这样一个客观唯心主义哲学体系，也包含“敬”与“静”的结合，不断的格物，力求“铢分毫析”，不断积累以致中和的认识论。这种本体论和认识论以及与此相关的科学精神对朱子本人的思维活动和中国古代哲学的发展产生了深刻的影响。［23］王丽霞通过朱熹与王阳明的比较，分析了朱熹认识论的特点。她指出，无论是朱子对“理”的认识，还是王阳明对“良知”的推崇，都是为了达到对道德、对德性的认识。在朱子的认识论中，“理”是“天理”，是人的道德境界的最高标准；而王阳明的“致良知”，其目的是正心之不正、正物理之不实，使人的行为符合良知之善的本体，所以，其认识仍是对道德的认识。由此，朱、王二人由认识论导致的实践论也是对道德的实践。无论是朱熹的“知先行后”，还是王阳明的“知行合一”，都是对道德的践履，而这种道德认识和实践的目的又都是为当时的统治阶级服务的。与之相应，中国哲学中无论是“敬德爱民”的治国论，还是“践仁成圣”的修养论，都是一种道德实践，并由此决定其认识论也是道德的认识论。［24］
  徐强认为朱熹的认识论属于体会、体悟。他分析说，朱熹一般通过“宾（客）之辨”表达他的认识思想以及他对认识主体和认识对象之间关系的看法。基于“主宾”观念最基本的“主人”、“宾客”的含义以及由此基本义引申出的另外一些意蕴，朱熹的“主宾之辨”所表达的认识主体和认识对象间的关系并不是客观的理性认知关系，而是更近于一种人与人之间的关系，或者说类似于主人、客人在交往过程中彼此互动互成的关系；认识主体对认识对象的把握也更多地借助于诸如“体会”、“体悟”等应用于人与人之间的理解方式来进行。这些都使得朱熹的认识思想表现出独特的倾向，并不能简单借西方哲学认识论中“subject”、“object”的模式来理解。［25］乐爱国则认为，朱熹主要是继承并发挥了二程的格致论，并把格致论当作其理学的出发点。朱熹格致论是知识论的表述，也是一种融合了知识论并以其为基础的伦理学。他发挥了早期儒家尊德性而道问学的思想，把伦理学与知识论统一起来，因而是对儒家知识论的建构。［26］郭淑新、余亚斐认为，朱熹以其理学思想为旧本《大学》补“格物致知”传，延展与活化了自孔子开创、荀子接续，但却又为后世儒家所忽视了的知识论传统，使得宋代理学作为“新儒学”在内容和形式（方法）上都区别于传统儒学，从而成为中国哲学发展史上的一座里程碑。因此，对朱熹格物补传意义进行再诠释，无疑有助于中国传统哲学价值的再发掘以及中国哲学研究在方法论上的革新与完善。［27]
  （三）鬼神观
  朱熹哲学思想中涉及对鬼神的看法，不仅别有特色，而且非常深刻，为学界关注和讨论是情理之中的事情。那么，学界关于朱熹鬼神观研究提出了哪些有价值的观点呢？冯兵认为，朱熹的鬼神观主要是在有关礼乐的讨论中形成的，它既与传统礼学一脉相承，又有着较为浓厚的理学背景，是儒家鬼神论在新的历史时期的集大成者。朱熹认为：鬼神“实有”，源于理气的共同作用；出于“正理”的鬼神“无形与声”，而“非理之常”的鬼怪却有可见之“形质”；鬼神思想是构成礼学的重要部分，鬼神与礼乐有着内在相通性。朱熹对鬼神的讨论，主体上是一种哲学化的鬼神观，但十分复杂，它既有较强的理性主义精神，又受到了世俗的鬼神迷信及佛道二教的影响，从而染上了一定的非理性色彩，可视为传统儒家鬼神观念的一个代表，具有历史的普遍意义。［28］通过对朱熹“以气释鬼神”、“鬼神以祭祀而言”的诠释方式以及“鬼神之理即是此心之理”等观点的深入探讨，吴震认为朱熹鬼神论述基本立场是将鬼神看作“第二著”，因为对朱熹而言，鬼神问题主要是祭祀的问题而不是言说的问题、是宗教的问题而不是气学的问题。朱熹在鬼神问题上强调祭祀实践的重要性，这是朱熹宗教思想的一大特色，也是朱熹对儒学鬼神论的一大理论贡献。［29］殷慧指出，朱熹从义理层面论述了祭祀与鬼神的关系：强调鬼神的本体论意义，重视其天地转化的功能；认为鬼神既是阴阳二气物质，也是二气相互作用、转化的功用与性质。朱熹的祭祀思想与实践引人注目，强调义理与礼制并举。［30］桑靖宇强调说，朱熹哲学中人格神成分是不应该被忽略和否定的，因为他的“天”的三种含义中的“主宰天”即是对周初宗教的“上帝”的继承。朱熹的“主宰天”具有鲜明的内在性，这使其常被义理天和自然天所掩盖。然而，朱熹仍承认神人间的人格性的交流和沟通，但由于“绝地天通”的神权垄断，这主要是通过孔子信仰的中介来实现。利玛窦虽然看到了主宰天、义理天和自然天的不同，但他将儒家的主宰天、上帝等同于基督教的上帝，无疑犯了简单化的错误。［31］
  如上综述了关于朱熹生命哲学、知识哲学、宗教哲学（鬼神观）讨论的情形，不难发现，在这几个方面的研究同样是有成就的。在生命哲学方面，发掘了朱熹生命哲学内容，探讨了朱熹生命哲学的理论根据，分析了朱熹生命哲学的结构，通过命题（格物致知）的研究彰显朱熹生命哲学的关怀，揭示了朱熹生命哲学的生态意义，解析了朱熹生命哲学的层次等。在知识哲学方面，对朱熹知识论哲学类型进行了讨论，有“中和认识论”、“道德认识论”、“体悟体会认识论”等，揭示了朱熹知识哲学与伦理的密切关系，并指出朱熹《大学》补传，是对儒家知识论的重大发展和贡献。在鬼神观方面，肯定朱熹哲学思想中存在鬼神观念，分析了朱熹鬼神观与“礼”的密切关系，揭示了鬼神的体为阴阳、用为动静之特点。应该说，学界关于朱熹生命哲学、知识哲学、鬼神观的研究，是广泛的、深入的，而且提出了诸多富有启发的观点，对未来朱熹生命哲学、知识哲学、鬼神观的研究都将产生积极影响。