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理气论是朱子天理论哲学乃至其整个哲学体系的重要组成部分。理和气是构成朱子天理论哲学体系的两个最基本的范畴，理为宇宙本体，气为构成万物的材料。理气关系说是朱子天理论哲学逻辑结构的主体框架，舍去其中任何一个范畴，其哲学体系便不完整。通过对理气关系的分析和探讨，可以揭示朱子哲学的性质和特点。其理气关系说主要有以下几方面内容。
  1．理气先后说从宇宙的本原角度看，是先有理，后有气。朱子说：“若论本原，即有理然后有气。””④理在先，气在后，这说明有了理之后才产生气。“未有天地之先，毕竟也只是理。有此理，便有此天地；若无此理，便亦无天地，无人无物，都无该载了！有理，便有气流行，发育万物。”⑤朱子明确表达了有理才有气化流行，发育万物的思想，他把气化论纳入其理本论的哲学体系之中，气虽充塞宇宙，具有生人、生物的功能，但却是在理为宇宙本原的前提下进行的。这是对二程理本气化论的继承。
  从万物禀赋的角度看，是先有气，后有理。他说：“若论禀赋，则有是气而后理随以具，故有是气则有是理，无是气则无是理。”①具体事物的生成在于禀赋了阴阳二气，“天地初间只是阴阳之气”②，宇宙天地之始，只存在着阴阳二气，气构成万物，然后才有了万物之理。就万物禀赋意义上的理气关系看，这里的理，其主要含义是指事物的规律，事物决定其规律，规律之理从属于事物之气，事物之气对其规律之理有主导作用，规律之理不可离气而存在。
  2．理气不离说朱子认为，理与气虽是二物，但二者不可分离。他首先承认理与气是不同的，“所谓理与气，此决是二物。”③然而，理与气又不可分割地联系在一起。他说：“天下未有无理之气，亦未有无气之理。”④“有是理，则有是气；有是气，则有是理。””⑤理与气的相互联系表现为，生人、生物不能只有气没有理，也不能只有理而无气，万物的产生是理气合的结果。他说：“人之所以生，理与气合而已。”⑥理无气则不能生物；气聚生物，又有理在其中。“但有此气，则理便在其中。”⑦理气双方相依不离，共存于事物之中，“言物则气与理皆在其中”⑧。理不离气，是指理不是孤立悬空的存在，它须通过气得以表现；气不离理，是指气化生物的根源和主宰是理，气生物是以理为根据。
  3．理气本末说理为形而上，气为形而下。朱子认为，虽然理气不相分离，但二者有着本质的不同。他说： “理未尝离乎气，然理，形而上者；气，形而下者。
  ……理无形，气便粗，有渣滓。”①所谓形而上，即无形质；所谓形而下，即有形质。理无形，是一种精神性的实体；气有渣滓，聚而成形，是物质性的材料。他还说：“阴阳，气也，形而下者也。所以一阴一阳者，理也，形而上者也。”②所谓“所以一阴一阳者”，即指一阴一阳之所以产生的原因或根据。朱子把形而上之理看作形而下之气存在的根源，其理气关系便是本体与作用的关系。 理为本气为末。所谓本，指本体、本原、根本；所谓末，指作用、派生、现象。朱子天理论哲学的性质通过理本气末说反映出来。他说：“天地之间有理有气，理也者，形而上之道也，生物之本也；气也者，形而下之器也，生物之具也。”③理为生物之本，气为生物之具，即为生物的材料，也就是末。又说：“二气五行，天之所以赋受万物而生之者也。自其末以缘本，则五行之异，本二气之实，二气之实，又本一理之极。是合万物而言之，为一太极而已也。自其本而之末，则一理之实，而万物分之以为体。”④以末缘本，即二气本之一理；由本至末，即一理分为万物。理气关系是本与末的关系，即是以理为宇宙本体，气是从属于理的物范畴，气虽然具有阴阳消长变化、生人生物的功能和属性，但气本身不是宇宙的本原，生人生物以及事物运动变化的根据在于气之上的理。
  朱子吸取了张载气化的思想，将其作为自己哲学的重要构成，但他与二程相似，只讲气化，不讲气本。虽然他发展了二程的理本气化论，对气范畴作了更为详尽的论述，但最终以理本气末论对张载的气本论哲学作了理一元论的改造，成为中国哲学理气关系史上理本论学说的集大成者和理论代表。
  朱子继承二程，集天理论哲学之大成，在理本论、理气关系说等各个方面丰富和完善了宋代理学的天理论思想体系，对后世产生了深远的影响。