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晋江市疾病预防控制中心前身是晋江县卫生防疫站，原址在晋江青阳下行陈村。1992年5月，随撤县建市更名为晋江市卫生防疫站。1996年5月，投资500万元择现址建卫生检测大楼，1999年12月，新站落成乔迁，地址位于晋江市青阳镇洪宅垵仑顶村。2005年，撤销晋江市卫生防疫站，组建晋江市疾病预防控制中心。2005年3月，经晋江市政府审批，同意投资2400万元增建晋江市疾病预防控制中心实验综合大楼。该楼于2006年12月26日动工，2007年11月5日封顶。 1988年，晋江县卫生防疫站设6个股室：行政、卫生、防疫、防痨、宣教、检验。2005年，晋江市疾病预防控制中心设有12个科室：办公室、后勤科、防疫科、防痨科、劳动卫生科、学校卫生科、环境卫生科、食品卫生科、检验科、健康教育科、消杀科、质量管理办公室。2006年7月，后勤科并入办公室，增设性病艾滋病防治办公室、应急办，挂靠防疫科。2007年4月，环境卫生科与消杀科合并为公共卫生科。是年年底，中心共有办公室、质量管理办公室、防疫科、防痨科、劳动卫生科、学校卫生科、公共卫生科、食品卫生科、检验科、健康教育科等10个业务科室。 市疾控中心占地面积11483平方米，其中建筑用地面积2076平方米，道路绿地面积8420平方米。主要建筑及建筑面积方面：7层卫生检测大楼7243平方米，地下1层、地上12层的实验综合大楼13799.6平方米。1997年起，疾控中心（卫生防疫站）先后购进原子吸收分光光度计、气相色谱仪、微生物细菌鉴定系统、高效液相包谱仪等仪器设备100余台（件），开展使用原子吸收分光光度计测定金属元素Cu（铜）、Zn（锌）、Fe（铁）、Mn（锰）、Pb（铅）、Cd（镉），气相色谱仪测666、DDT（双对氯苯基三氯乙烷）、山梨酸、苯甲酸、苯、甲苯、二甲苯，微生物细菌鉴定系统快速测定致病菌，测定HIV抗体（艾滋病抗体）。2005年后，开展原子荧光法测定金属元素Se（硒）、Sn（锡）、Hg（汞）、As（砷），和麻疹、疯疹抗体测定等检测新项目、新技术。2007年具备对食品、食品添加剂、食品用产品、饮用水、涉水产品、公共场所卫生、劳动卫生、消毒及一次性使用医疗、卫生用品等99个项目的检测能力。 1988年，卫生防疫站实有在编工作人员60人，其中卫生技术人员41人（中级职称6人）；1997年，人员编制74人，实有在编工作人员87人，其中卫生技术人员61人（中级职称18人）；2005年，疾控中心人员编制86人，实有在编工作人员79人，其中卫生技术人员58人（副高级职称2人，中级职称19人）；2007年，人员编制86人，实有在编工作人员82人，其中卫生技术人员55人（副高级职称4人，中级职称19人）。 疾控中心坚持以预防为主，以控制各种疾病发生。1994—2007年，晋江市未再出现脊髓灰质炎病例。1997—2007年未出现白喉病例。1998年8月，晋江市卫生防疫站通过省技术监督局组织的计量认证。1999年3月，晋江市卫生防疫站被省卫生厅确认为一等卫生防疫站。4月，被福建省卫生厅批准为设立艾滋病病毒抗体检测初筛实验室的单位。1999年，消灭丝虫病指标通过省级专家验收。2000年，档案管理达省一级档案室标准。2000年，启动卫IX艾滋病项目管理，加强性病、艾滋病防制工作。2001年，在全市开展计划免疫接种门诊规范建设。2002年，启动世行贷款/英国赠款“中国结核病控制项目”预算控制与治疗工作，实施结核病人全程治疗补助制度，以确保结核病病人的治愈率。2003年，建立健全公共突发事件应急体系。2004年，晋江市鼠疫流行病学研究及监测项目、晋江市室内蜚蠊生态学调查项目获晋江市科学技术奖科技进步奖三等奖。2004年，全市疫情报告与省联网，使疫情报告准确、快捷。2004年10月，通过省技术监督局组织的计量认证、中国实验室国家认可委员会组织的国家实验室认可。2005年，晋江市成为全国艾滋病防治示范区，同年12月，通过消除碘缺乏病阶段目标省级评估。2006年11月，通过省级职业卫生健康检查资质认可。2005年—2007年，成为国家级碘盐实验室。2007年，结核病防治工作通过世界卫生组织和卫生部的联合督导检查。