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一、县（市）卫生局
  1988年8月，县卫生局设置人事秘书股和医政防疫股、药政股，编制18人。1992年，晋江撤县设市，改称为晋江市卫生局。局属单位有市卫协会、市药检所。
  1996年11月，市卫生局内设科室为人事秘书科、计财科（兼挂审计科、公费医疗管理办公室）、医政科（兼挂医疗机构监督办公室）、卫生防疫监督科（挂爱国卫生运动委员会办公室）、药政科，编制16人。办公地址在市政府大院内。
  2002年，机构改革后，市卫生局的工作职能相应进行调整，将原属卫生行政部门的药政、药检职能划归市药品监督管理局，卫生行政部门只负责医疗机构药事管理。局属单位市药检所也一并被撤销。同年，市卫生局办公场所搬迁至新华街196号（原新华街南路35号）。
  2004年12月，市卫生局内设科室设置办公室、医政科、疾病控制与法制监督科（兼挂爱国卫生运动委员会办公室）、审批科，及直属机构卫生监督行政执法大队，其中内设科室行政编制13人，行政执法专项编制25人。同时，药政、药检职能划归市劳动和社会保障局，卫生专业技术培训职能及医疗事故鉴定划归事业单位和社会团体。2004年，设置监察室。
  2004年，设置中共晋江市纪委派驻市卫生局纪律检查组。
  2005年4月，市卫生局所属的公费医疗管理办公室正式划归市劳动和社会保障局。5月，为提高应对突发公共卫生事件的能力，设置市突发公共卫生事件应急处理办公室，挂靠卫生局，事业编制3人。11月，为做好新型农村合作医疗工作，提高农民健康水平，减轻医疗费用负担，设置市新型农村合作医疗管理中心，由市卫生局管理。同年，市爱国卫生运动委员会办公室撤销。
  二、县（市）爱国卫生运动委员会
  晋江县（市）爱国卫生运动委员会（以下简称“爱卫会”）前身为晋江县人民政府防疫委员会，1953年改称为爱卫会，1960年称除害灭病领导小组，1978年复称爱卫会。
  爱卫会以“政府组织，地方负责，部门协调，群众动手，科学治理，社会监督”为基本方针和方法，负责发动和领导全市人民开展以“除害灭病”为中心的爱国卫生运动；贯彻执行并组织实施爱国卫生工作方针、政策、法规，统一规划、部署、协调全市爱国卫生工作；承担省、泉州市爱卫会的各项计划、决议、决定事项的督办以及检查落实情况；制定和组织实施卫生城市（县城）以及卫生乡镇、卫生村的创建规划工作，结合“初保”，协调有关部门制定、组织、实施农村改水、改厕规划，并组织考核、验收；宣传发动群众，组织开展除四害、讲卫生等群众性爱国卫生活动，协调有关部门做好防治社会重大疾病流行的有关工作；组织开展普及卫生知识教育，协调有关部门，重点抓好社区、医院、人群、食品、公共场所和中小学的健康卫生教育工作。
  历届爱卫会主任委员均由县（市）政府的主要领导人担任，委员由县（市）委、县（市）政府各有关部、办、委、局、工会、青年团、妇联、防疫站的领导组成。县（市）爱国卫生运动委员会下设办公室（以下简称爱卫办），1988年编制为3人。1996年，晋江市机构改革编制委员会进行机构“三定”，定位市爱卫办为事业单位，挂靠市卫生局卫生防疫监督科，原有的机构性质及人员编制不变。2005年，撤销市爱卫办。
  三、市卫生监督行政执法大队
  1995年11月24日，组建市卫生局卫生综合执法大队，为临时机构，地址在晋江青阳镇八角楼1号。
  1997年6月，成立市公共卫生监督所，为隶属市卫生局的股级事业单位，人员编制15人，实有人员15人，经费由市财政列支，内设科室有办公室、卫生执法一队、卫生执法二队。2002年11月，搬迁至晋江市青阳街道新华街196号（原新华街南路35号）。
  2004年12月，晋江市卫生局机构“三定”时调整为卫生局直属机构，名称为晋江市卫生局卫生监督行政执法大队，并保留市公共卫生监督所牌子，核定行政执法专项编制25人。
  2005年11月，撤销市公共卫生监督所。
  2006年9月，市卫生局卫生监督行政执法大队规格为副科级，核定副科级领导职数2人。内设办公室、卫生执法一队、卫生执法二队、卫生执法三队。同年设立卫生监督行政执法大队陈埭执法中队，承担陈埭、西滨两镇辖区内日常卫生监督执法工作。
  2007年5月，增加行政执法专项编制20人，增加后核定人员编制为45人。至2007年12月，实有人员26人，其中卫生技术人员16人（高级职称1人，中级职称4人）。
  四、县（市）食品药品监督管理局
  1988年8月，晋江县成立药品检验所，址设晋江县卫生局内，核定编制5人。1992年，晋江撤县建市，更名为晋江市药品检验所。药品检验所作为执行国家对药品监督检验的机构，主要任务是检验、仲裁药品质量，拟订、修订药品标准，对药品生产、经营和医疗单位配制的制剂质量进行监督检验，对这些单位药品质量检验科、室进行业务指导。
  2001年11月，市药品监督管理局成立，原市药品检验所划归市药品监督管理局管理，实行省以下药品监管系统垂直管理。原晋江市卫生局管理的药政、药检部门和职能相应划出，从此，卫生行政部门只负责医疗机构药事管理。
  五、市健康教育所
  1998年4月，晋江市组建健康教育所，挂靠市防疫站，隶属市卫生局，为股级事业单位，编制4人，主要职能：负责各卫生日、艾滋病、控烟和突发性公共卫生事件开展经常性健康教育与各类社会性宣传活动；负责全市健康教育业务人员的培训、指导、考核工作；经常性地向报刊、电视台等媒体提供健康教育宣传工作信息、卫生科普知识等；负责健康教育图文、影像宣传作品的编辑、发放工作等，并创办具有泉州独立报刊号的《晋江卫生信息》持续性报道晋江卫生系统工作动态，共128期。
  2005年4月，市健康教育所于并入市疾病预防控制中心，改编为健康教育科。
  六、市“120”急救指挥中心
  1998年，晋江市成立市“120”急救指挥中心，依托市医院代管，开通“120”急救电话，并纳入全市“110”社会服务联动系统。市医院成立急救指挥中心的领导机构，配备3辆急救车，招聘6名院前急救医生，建立工作制度及程序。同时，急救中心还承担着全市突发公共卫生事件的抢救及伤病员分流转运。在较大型的突发公共卫生事件后，市“120”急救中心都能在最短的时间内到达事故现场抢救，并以最快速度分流和转运伤员，为全市的医疗急救做出重大的贡献。
  2001年，完成市120急救中心办公场所迁址，添置心脏除颤器、心脏体外起搏器、麻醉喉镜等急救设备，进一步规范各项急救抢救程序和管理运行机制。
  2004年，对市120急救中心进行配套建设，完成“120”急救接处警调度系统的安装调试工作，对中心人员进行调整充实，强化紧急救援功能。
  七、市应急指挥部及办公室
  2003年“非典”期间，成立“晋江市防治非典型肺炎指挥部”及各类应急处置工作小组，负责协调、组织和指挥全市“非典”防控工作，扎实推进各项预防和控制工作，有效阻断“非典”病例的传入，维护群众的身体健康和生命安全。
  2005年5月7日，为加强突发公共卫生事件应急管理，设立“晋江市突发公共卫生事件应急处置办公室”，挂靠市卫生局，为股级事业单位，核定编制3人，经费由市财政列支全额拨款。
  八、卫生团体
  （一）学会
  1.晋江市医学会
  晋江市医学会前身是中华医学会福建省晋江县分会，于1980年11月成立，制定并通过《中华医学会福建省晋江县分会章程》，选举医学会理事长。1983年，选举第二届理事会。1996年10月，召开中华医学会福建省晋江县分会第二届理事会二次代表大会，选举名誉理事长、理事长、副理事长、秘书长。2007年12月，成立晋江市医学会筹备工作组，2008年6月举行第三届会员代表大会，选举会长。
  主要活动：2006—2007年，安海医院承办福建省医学会风湿病学分会第二次学术研讨会；市医学会先后邀请广州中山大学陈少贤教授，广州军区总医院郭振辉教授，第二军医大学附属长征医院陈雄生教授，上海复旦大学黄国英、吴波水教授，上海复旦大学附属中山医院蔡廼绳教授，上海第二军医大学附属东方肝胆医院林川教授，上海交通大学第六人民医院黄高忠教授，北京中医药大学叶永安教授，厦门中山大学张振清教授等多位专家到晋江授课。
  2.晋江市护理学会
  晋江市护理学会前身是中华护理学会福建省晋江县分会，于1985年5月成立，制定并通过《中华护理学会福建省晋江县分会章程》，选举荣誉理事长陈碧理，理事长柯如湘，学会下设办公室挂靠在晋江县医院护理部。
  1991年6月，举行县护理学会第二届理事会，选举荣誉理事长、理事长，会员232人。
  1997年5月，举行市护理学会第三届理事会，选举荣誉理事长、理事长，会员251人。
  2007年12月，成立市护理学会筹备工作组；2008年6月，举行第四届会员代表大会，选举会长。
  主要活动：1992年5月12日，与卫生局、红十字会举行文艺表演；1993年5月7日，第二届理事扩大会暨学术经验交流会（共27篇论文其中14篇大会宣读，13篇交流），表彰17名从事护理工作30年的护士，并颁发荣誉证书及纪念章；1994年5月9日，组织全县护理技术操作比赛及文娱联欢会；1995年5月12日，与卫生局、红十字会举行纪念“五·八”世界红十字日及“五·一二”护士节知识竞赛活动，表彰评选泉州市1994年度优秀护士；1996年5月10日，举行“一切为了伤病员”演讲会，参加演讲稿有27篇（23名演讲）；2001年“五·一二”举办护理理论及技能操作竞赛活动，配合卫生局举办“医德杯”演讲比赛；2002年7月10—12日，与晋江市卫生局联合举办护理知识竞赛活动，聘请南丁格尔礼仪公司讲师进行护士仪表规范培训；2005年2月25日，聘请福建省师范大学博士生导师苏文菁教授来晋江市作护理人员服务礼仪的专题报告，到会人员400余人，表彰晋江市获泉州市卫生系统2005年度优秀护士。
  （二）协会
  晋江县（市）农村卫生协会于1987年6月成立，原址在晋江青阳镇下行村，2002年12月迁址至新华街196号市卫生局内。协会由县（市）卫生局主管，具有独立团体法人资格，其办公室为全民所有制事业编制。
  主要任务是：参与宣传卫生法律法规和方针政策，教育和鼓励卫生人员热爱卫生工作，遵纪守法，全心全意为农村群众服务；受委托负责办理个体开业行医人员有关事项和管理工作；负责监管村卫生所整顿建设，协助基层卫生院落实乡村卫生组织一体化管理；协助开展初级卫生保健和社区卫生服务；协助承办乡村医生培训，开展农村卫生人员学术交流活动，推荐优秀农村卫生人才，协助做好乡村医生社保工作，以解决乡村医生的后顾之忧；维护农村卫生工作者的合法权益，协助有关部门改善农村卫生工作条件和生活条件；完成卫生行政主管部门委托的其他事项。