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1988年至2005年5月，晋江县（市）卫生许可按分工分散在卫生局各科室办理。2005年6月，市卫生局按照审批、监管、服务适度分离的原则，整合分散的审批资源设立审批科，成建制进驻市行政审批服务中心，统一对外履行卫生审批职能。深化审批流程改革，简化、优化办事流程，推行重点规模企业卫生审批联络员制度、重点投资项目卫生审批绿色通道、实行“合并发证”、年审预先告知制；坚持审批一事一地原则，进一步缩短审批时限，切实服务企业、服务群众。开通空白村卫生审批“快速通道”，修订民营医疗机构验收标准，设立评审专家组，公开验收程序，公示评审结果。2005年，共审批发放食品卫生许可证7763份，其中新办、换发4374份，年审3389份；发放供水单位卫生许可证7份，其中新办3份，年审4份；发放公共场所卫生许可证445份，其中新办276份，换发169份；发放职业卫生安全许可证1444份，其中新办396份，换发1048份。
  2006年，市卫生局围绕服务晋江经济发展大局，以实施第四轮行政审批流程改革为抓手，创新、激活服务机制，通过依法清理审批项目，建立协管领导进中心签批制度，执行启动食品卫生许可证网上预审批，积极推进卫生审批收费票据电子化改革，进一步优化卫生审批服务工作，努力营造和谐优质的投资软环境，切实服务企业群众。卫生审批窗口被评为市行政审批服务中心2006年度“红旗窗口”，对外树立卫生系统便民利民的良好行业形象。是年，共审批发放食品卫生许可证6021份，其中新办、换发5157份，年审864份；发放供水单位卫生许可证5份；发放公共场所卫生许可证450份，其中新办150份，换发300份；发放职业卫生安全许可证751份，其中新办139份，换发612份。
  2007年，市卫生局认真执行市委市政府第五轮行政审批流程改革，先后分两批次将进驻行政审批服务中心的六类卫生审批项目全部纳入网上审批；通过加强宣传引导，强化应用培训，积极稳妥推行网上卫生审批，初步实现卫生许可审批市镇联动，当年，累计受理办结网上卫生审批板件220件，居行政审批服务中心各窗口前列。进一步创新优化审批服务，为满足外来务工人员日益增长的医疗卫生服务需求，提供安全、有效、便捷、价廉的医疗卫生服务，制定《规模企业内设卫生所暂行规定》，开通企业内设卫生所审批绿色通道，此外还主动开展“送证上门”服务，联合工商等职能部门现场办理证照，继续开通重点项目卫生审批旅顺通道服务，全年为安踏、亲亲、福源等15家规模企业开通绿色通道服务，得到企业及社会各界的普遍好评。卫生审批窗口被评为市行政审批服务中心2007年度“红旗窗口”，对外树立卫生系统便民利民的良好行业形象。2007年，共审批发放食品卫生许可证5025份，其中新办、换发3769份，年审1256份；发放供水单位卫生许可证5份，其中新办1份，年审4份；发放公共场所卫生许可证272份，其中新办87份，换发185份；发放职业卫生安全许可证404份，其中新办102份，换发302份。