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1988年，县检察院直接受理立案侦查贪污案，贿赂案，偷税、抗税案，挪用救灾、抢险等款物案，假冒商标案，诈骗案，走私案；是年10月起，挪用公款案、巨额财产来源不明案、隐瞒不报境外存款案归入立案侦查范围。全年受理各类经济案件24件、35人，立案侦查12件、17人，提起公诉5件、5人，均做有罪判决，追回赃款赃物197552.82元。
  1989年，惩治贪污、贿赂犯罪被列为打击经济犯罪的重点工作，省检察院提出“惩治犯罪，维护安定，服务整治、促进廉政、保护改革”的工作方针，县检察院提出“三定一包”工作责任制（定人员、定时间、定案件、包质量），把工作分解到每个干警，确保打击经济犯罪的顺利进行。全年受理案件30件、52人，立案侦查20件、39人，为国家和集体挽回经济损失955160.31元。7月27日，县检察院在县农行设立检察室，主要负责受理、查处农行、信用社工作人员利用职便监守自盗、冒名贷款、贪污、受贿、挪用公款等违法犯罪行为，同时还协助清收逾期贷款。检察室成立5个月接到举报10件，立案侦查姚某某、曾某某挪用公款案，协助收回逾期贷款144.3万元。8月，最高人民法院、人民检察院联合发布《关于贪污、贿赂、投机倒把等犯罪分子限期内自首坦白的通告》，县检察院通过媒体广泛宣传通告精神，并做好接待受理贪污、贿赂等经济犯罪分子投案自首、查证落实及兑现政策等工作。33名涉嫌经济犯罪人员投案自首或坦白其违法行为，涉案总金额556960元。后经查证确有自首情节和检举立功表现的嫌疑人中，被决定免予起诉9人，被提起公诉但建议从轻处理10人。此外，为强化打击腐败的力度，还加强同纪委、监察等部门的配合，建立每月同纪委监察召开一次联席会议的制度。
  1990年，全市受理各类经济案件55件、81人，立案侦查25件、35人。
  1991年，经济检察工作利用建筑工程发包的职便受贿的查处上取得突破。贪污、贿赂大案10件，占全年所立大案62.5％。
  1992年，立案侦查贪污案12件、15人，受贿案2件、2人，挪用公款案3件、3人，偷税案6件、6人，抗税案1件、1人，假冒商标案2件、2人。所立案涉及金融、粮食、供销社、基层执法部门、农村基层组织、文教卫生、乡镇企业7个系统，发生在镇村一级基层单位的占总立案数80.7％。
  1993年，市检察院把“两反”（即反贪污反贿赂）工作摆在经济检察工作的首位，提出“四优先”（优先考虑部署，优先研究案件，优先调配力量，优先后勤保障）。3月，提出《深入开展反腐败斗争的实施方案和工作意见》。5月11日，接到建设银行晋江市支行报案，经查，市建设银行营业部出纳员侯某某在任职期间，利用保管营业部现金尾数箱之便，先后4次挪用公款11万元，其中9.4万元用于赌博。后被告人侯某某被判处有期徒刑5年。
  1994年，市检察院先后查办市工商银行安海办事处下墟巷储蓄所经办员许某某冒领储户存款贪污案、东石港务公司副经理兼市港口贸易公司经理许某某挪用公款20万元案等当时具有较大影响的案件。与此同时，对群众反映强烈利用土地征用中饱私囊现象和假冒产品充斥市场现象，集中力量进行查处，共打击利用土地征用漏洞犯罪案件6件；协同相关部门捣毁制假酒窝点10余处，取缔无证药材销售点6个。
  1995年，市检察院继续以“三机关一部门”为重点，突出查办大案和直接危害改革的各种犯罪活动。全年所立案件超过万元29件，占立案数85.3％，涉案金额185万元；先后查处发生在“三机关一部门”的案件6件6人。是年，村出售田地款、厂房地预收款、土地赔偿款的职务犯罪较为突出，犯罪嫌疑人采用收入不入账，虚报支出等手段，贪污公款，或擅自将土地赔偿款挪作他用。
  1996年，市检察院共受理各类经济犯罪线索43件、53人，经初查，决定立案侦查31件、38人，其中贪污案件7件、11人，贿赂案件10件、12人，挪用公款案件6件、6人，涉税案件4件、5人，侵占公司财产案3件、3人，假冒商标案1件、1人。其中，向人民法院提起公诉21件、24人，免予起诉的9件、9人，撤案1件、1人。为国家和集体挽回直接经济损失107.3万元。
  1997年，市检察院适时调整工作部署，重调查取证不轻信口供，在初查、侦查中注重证据的收集、巩固和运用，提高办案质量。该年共受理各类经济案件78件89人，经过初查决定立案33件40人，为国家和集体挽回经济损失631.8万元。此外，同公安机关配合，先后接受5名在逃犯罪嫌疑人的自首，并抓获在逃犯2名。
  1998年，市检察院继续将工作重点放在“三机关一部门”的职务犯罪案件上。全年查处该类案件10件、10人，占立数50％，其中党政机关4人，行政执法机关2人，司法机关3人，经济管理部门1人，涉案人员副科级以上5人。该年群众举报农村基层干部贪污、挪用公款线索增多，查处王某某、张某某挪用公款案等9件涉及农村基层干部的职务犯罪案件。
  1999年，市检察院坚持“公正执法，加强监督，依法办案，从严治检，服务大局”的工作方针，及时调整工作部署，全力查办职务犯罪案件。受案73件，立案侦查18件、23人，为国家和集体挽回经济损失155.6万元。
  2000年，立案19件、19人，案值在5万元以上有14件。
  2001年，市检察院在打击贪污贿赂犯罪的同时，贯彻最高法、高检院《关于办理受贿大要案的同时严肃查处严重行贿犯罪分子的通知》精神，加大力度打击行贿犯罪。4月，查获晋江市池店镇教委办小教支部书记吴某某行贿案，并由此深挖多人受贿的串案。全年受理贪污贿赂等犯罪线索73件，初查后决定立案侦查18件、18人，为国家挽回经济损失148.72万元。在高检院和公安部联合开展集中追捕在逃贪污贿赂等职务犯罪嫌疑人专项行动后，加强追逃工作力度，积极到在逃人员家庭做思想动员工作，抓捕在逃犯罪嫌疑人、1人、接受自首4人，完成全部追逃任务。被省检察院、省公安厅授予“2001年全省检察、公安机关追捕逃犯专项行动先进集体”称号。
  2002年，立案18件、18人，大案8件、8人，其中涉案金额在10万以上50万以下4件，50万以上2件。为国家集体挽回经济损失495.61万元。
  2003年，市检察院积极探索侦查机制改革和“以证促供”的侦查模式，在规范侦查工作的基础上，形成整体作战机制，提高突破案件的能力。全年受理贪污贿赂等各类案件线索47件，经过初查决定立案侦查20件、23人，为国家挽回经济损失305.53万元。
  2004年，全年受理线索26件，初查后立案13件、20人，为国家挽回经济损失413.85万元。农村土地征用过程出现的职务犯罪为该年热点问题，查获6起涉及土地征用过程中的职务犯罪案件，其中窝串案5起，从中立案侦查10件、17人。
  2005年，立案侦查18件、20人；追逃工作取得新进展，全年抓捕在逃嫌疑人1人，接受投案自首3人。
  2006年，市检察院落实讯问被告人全程同步录音录像工作，立案侦查12件、14人，所有案件均按要求进行实时全程同步录音录像。成立市检察院治理商业贿赂领导小组及办公室，负责开展治理商业贿赂专项工作，全年查处此类案件6件。
  2007年，市检察院继续深入开展治理商业贿赂犯罪专项工作，在办案中加强诉讼监督，促进执法公正，并积极开展犯罪预防工作，推动建立健全防治商业贿赂的长效机制，立案查处商业贿赂案件4件、4人。利用“大自侦”工作格局，打破反贪、反渎、预防等科局界限，一体化协同办案，集中力量查办有关经济热点领域和重点行业的案件，查处大案5件、12人，窝串案7件、14人。
  1988—2007年，县（市）检察院受理各类经济案件1053件，立案侦查425件，为国家和集体挽回经济损失5119.89万元。