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一、检察运行机制改革
  （一）侦查监督机制
  建立侦查活动监督机制，对侦查活动是否合法进行监督。1988—2003年，侦查活动监督主要是在审查批捕案件中防止错捕、纠正漏捕和提出纠正违法意见。2004年开始，延伸侦查监督触角，纠正侦查机关超期羁押、刑讯逼供等程序违法行为，促进侦查活动合法、文明、公正。
  建立检察引导侦查制度，对重大疑难复杂刑事案件提前介入。按审查起诉的标准提出补充、完善证据的意见。1988—2000年，提前介入重特大刑事案件351件。2001—2002年，进一步规范提前介入制度，与公安机关建立重特大案件通报制度，增强工作的主动性，2003—2007年，提前介入重特大刑事案件206件。
  （二）职务犯罪侦查机制
  1998年以来，规范线索管理，努力开拓案源，积极探索“以证促供”的侦查模式；在规范侦查工作的基础上，探索远程侦查指挥一体化，形成整体协作办案机制，提高突破案件能力。建立和加强与纪检监察、审计、公安、金融、税务、工商等行政执法部门、行业主管部门之间的工作联系和协作制度。2006年后，全面落实讯问职务犯罪嫌疑人全程同步录音录像制度。
  （三）接受群众与社会监督机制
  规范控申举报工作 进一步完善举报宣传、线索管理、审查协调、分流、奖励、保护、反馈信息等环节的举报工作机制，1988年起即实行检察长接待日制度，推行控告申诉首办责任制，推行发放办案人员执法执纪情况征求意见书和案件回访制度，及时发现纠正办案中的违法违纪问题。
  检务公开制度 1998年10月，检务公开正式启动，向社会公开检察职权、立案标准、办案期限、办案纪律等。在推行“检务十公开”的基础上，落实法定权利义务告知、公开审查和听证制度。2004年，建立检务公开信息台、咨询台，方便社会各界和公众查询。
  人民监督员制度 2003年9月，被列为人民监督员制度试点单位，由人民监督员对检察机关办理的自侦“三类案件”实施监督，对办案过程中的“五种情形”提出纠正意见，拓展检察机关查办自侦案件的外部监督路径。
  二、检察管理体制和工作机制改革
  （一）调整内部机构设置
  调整内设业务机构，明确职责范围。1994年9月，成立监察室和民事行政检察科。1997年，适应修改后《刑事诉讼法》《刑法》的实施，开展机构改革，将刑事检察科分设为审查批捕科和审查起诉科，分别行使批捕和公诉的职能。经济检察科更名为反贪污贿赂局。2003年，将审查批捕科、审查起诉科和法纪检察科更名为侦查监督科、公诉科和渎职侵权检察科，同时新增职务犯罪预防科，司法警察大队单列管理。
  （二）规范检委会工作
  最高检对规范检委会工做出台一系列文件，市检察院相应出台文件，至此检委会会前、会中、会后每个环节运行都有章可循。2005年3月，市检察院成立法律政策研究室，兼承检委会的办事机构，检委会会前准备、会议通知、议事过程、会议记录、纪要和决定督办、资料归档等工作逐步规范完善，检委会对决策重大事项、把关案件质量等方面发挥重要作用。
  （三）建立主诉检察官办案责任制
  1999年5月，作为试点单位推行主诉检察官制度，选任4名办案能手担任主诉检察官。2000年，省检察院组织首届主诉检察官资格考试，5名干警取得任职资格。2001年，修订主诉检察官制度规定，进一步明确责权利，规范办案责任。主诉检察官充分发挥办案主力的作用，办理重特大、疑难、复杂案件占审查起诉重特大案件总数的50％，促进严厉打击刑事犯罪活动和推进严打整治的顺利开展。
  （四）完善内部监督制约机制
  1988年来，逐步完善举报、初查、立案、适用强制措施、撤案、不批捕、不起诉、申诉复查等各个诉讼环节监督制约机制，检察长和检委会对本院检察工作发挥领导和监督作用，业务部门负责人对本部门人员管理、监督和指导，不同内设机构之间依业务职能互相配合、互相制约。1998年开始，实施错案责任追究，对错案的责任明确与严格。实施办案跟踪监督制度和执法检查制度，重要岗位人员定期轮换，又建立干警重大事项报告制度。2003年4月，探索建立以纠正违法办案、保证案件质量为中心的检务督察机制，加强对自身执法活动的内部监督制约，2006年7月，运用检务督察办案管理软件进行案件督察，重点放在执法活动中最容易出问题的薄弱环节，如逾期不予初查、初查不立案、拟不批准逮捕、拟变更强制措施、拟不起诉、改变定性或删减事实、法院判无罪、业务部门有争议的八类案件作为督察的重点，全部纳入督察范围。