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一、机构设置
  （一）县（市）公安局
  1988年，县公安局编制306人，实有警力258人，内设政工科、秘书科、预审科、治安科、五科（刑侦科）、政保科、经侦科、行政科、户政科、保卫科、法制科、出入境科、看守所、拘留所、拘役所；下辖青阳、安海、石狮3个分局，陈埭、罗山、池店、紫帽、西滨、磁灶、内坑、东石、永和、英林、龙湖、金井、深沪、祥芝、蚶江、永宁15个派出所及围头、东石、深沪、衙口、伍堡、祥芝、蚶江、永宁8个边防所；4月，组建县保安公司；10月，石狮建市，石狮分局、祥芝、蚶江、永宁3个派出所和祥芝、蚶江、永宁3个边防所及拘役所划归石狮市公安局管辖；同年完成交警大队组建工作。
  1990年10月，设立交警青阳中队。1991年9月，增设纪检组、监察室。1992年5月，县公安局改称市公安局；同年5月，成立金井分局；11月，成立治安巡逻大队和经济民警大队。1993年3月，成立工会委员会；5月，交警前埔中队改称交警紫帽中队；9月，成立指挥中心；12月，秘书科改称办公室，成立陈埭分局。1994年1月，省公安厅批复增设安平派出所；6月，增设荆山派出所；7月，增设交警青阳二中队，交警青阳中队改为交警青阳一中队；8月，原刑侦科、经侦科撤销，成立刑警大队，内设严重罪案侦察队、一般案件侦察队、经济罪案侦察队、缉毒队、刑事技术信息科、秘书科。1995年8月，治安巡逻大队更名为巡逻警察大队；12月，成立磁灶分局。1996年10月，增设交警罗山中队；12月，实行侦防分开改革，增设青阳、陈埭、磁灶、安海、金井5个侦缉中队，负责各自辖区刑事案件侦查任务。1997年6月，成立晋江市收容教育所、拘役所、强制戒毒所；8月，实现侦审合一，刑警大队对外加称晋江市公安局刑事警察局，大队下属中队改为大队，设严重罪案侦察大队、经济罪案侦察大队、缉毒大队、反有组织犯罪侦察大队，原5个侦缉中队分别改称大队，保留刑事技术信息科、秘书科，市局预审科改为预审大队，编为刑警第五大队；9月，设立警务督察队。1999年3月，成立刑事警察局反盗抢机动车犯罪侦察大队。2000年6月，成立经侦大队，内设秘书科、金融犯罪侦查中队、涉税犯罪侦查中队、公司企业犯罪侦查中队、扰乱市场秩序与侵犯知识产权犯罪侦察中队；12月，成立机关党委办公室。
  2003年5月，机构改革，警务督察队与纪检组合署；政工科改为政治处，升格为副科级单位；办公室升格为副科单位；行政科改为装备财务科；增设公共信息网络安全监督科、信访督查科（与办公室合署）；原政保科、保卫科撤销，成立国保大队，内设综合科、现行案件及“两非”案件侦察中队、宗教侦察保卫中队、信息情报中队；经侦大队改为经济犯罪侦查大队，内设综合科、金融犯罪案件侦查中队、涉税犯罪案件侦察中队、公司企业市场秩序和知识产权犯罪案件侦查中队；治安科改为治安大队，内设综合科、行业场所管理及枪支爆炸危险物品管理中队、案件查处中队、安全保卫中队、技术中队；巡警大队增设综合科；刑事警察局改为刑事侦查大队，内设综合科、2个严重犯罪侦查中队、反有组织罪案和机动车犯罪侦查中队、刑事技术中队（对外加挂刑事科学技术中心牌子）、刑事信息中队、案件审理中队，下设青阳、安海、陈埭、罗山、池店、磁灶、内坑、东石、永和、英林、龙湖、金井、深沪等13个中队；看守所升格为副科级单位，内设综合科、一监区管教中队、二监区管教中队、三监区管教中队、四监区管教中队、余刑犯管教中队：增设禁毒大队，内设综合科和毒品案件侦察中队；青阳、陈埭、安海、磁灶4个分局统一设置综合科、片区警察中队、巡逻民警中队、治安行动中队。
  2004年3月，撤销青阳分局，成立青阳、梅岭、西园、灵源4个派出所，其中青阳派出所内设综合科、巡逻民警中队、治安民警中队，荆山派出所改为新塘派出所，增设梅岭、西园、灵源、新塘4个刑警中队；12月，增设梅岭、西园、罗山巡逻民警中队。2005年3月，陈埭、安海、磁灶、金井4个分局更名为派出所；7月，灵源、新塘、金井、池店、内坑、东石、永和、龙湖、英林、深沪、紫帽11个派出所增设巡逻民警中队；10月，增设交警陈埭中队。2006年2月，设立中共晋江市公安局纪律检查委员会，市纪委派驻公安局纪检组同时撤销；3月，市公安局拘留所更名为市拘留所，市公安局看守所更名为市看守所；7月，巡警大队内设机构调整为综合科及接处警中队、应急机动中队。
  2007年9月，完成交警大队“三定”工作，大队内设综合科、车辆驾驶人管理科、交通管理科、法制宣传教育科、科技设施科，下辖一中队、二中队、三中队、四中队和陈埭中队、池店中队、紫帽中队、安海中队、东石中队、龙湖中队、金井中队；刑侦大队刑事技术中队加挂“市公安局刑事科学技术室、市公安局物证鉴定室”牌子；被省厅确定为全省规范县级公安机关机构设置试点工作单位。至2007年12月，市公安局编制1001人，实有警力977人，内设警务督察队（与纪委合署）、办公室（与信访督查科合署）、政治处、装备财务科、指挥中心、出入境管理科、公共信息网络安全监察科、法制科、户政管理科、国内安全保卫大队、经济犯罪侦查大队、治安大队、巡逻警察大队、刑事侦查大队、禁毒大队、交通警察大队、市看守所、市拘留所；下辖青阳、梅岭、西园、罗山、灵源、新塘、安海、陈埭、磁灶、金井、池店、内坑、东石、永和、龙湖、英林、深沪、紫帽、安平、西滨20个派出所及围头、东石、深沪、衙口、伍堡、仙石边防所。
  （二）县（市）森林公安分局
  1988年9月24日，县编委批准成立县林业局林业公安科，机构规格为股级；职能：保护森林、制止乱砍滥伐、打击木材贩运投机倒把活动，及时处理山林纠纷和林业刑事案件，编制为2人。1992年11月14日，增编林业公安事业编制3人。
  1998年8月10日，市委编委批准成立市公安局林业分局，明确规定新成立的市公安局林业分局为市农业局的直属行政机构，同时列入市公安局序列，实行市农业局与公安局双重领导，业务工作以公安局为主，机构规格为副科，事业编制5人，经费由财政列支。1999年3月31日，晋江市公安局林业分局更名为晋江市公安局森林分局，核定专项行政编制5人，原下达的林业公安机关事业编制5人同时收回，其机构规格和隶属关系不变。
  根据2005年1月25日《中共泉州市委机构编制委员会办公室关于全市森林公安派出所转制有关问题的通知》精神，市公安局加强与编办、人事、财政等部门的沟通协调，办理晋江市公安局坫头派出所移交手续。
  2006年6月2日，市委编委批准成立市公安局沿海森林派出所，归属市公安局森林分局管理，承担打击破坏森林资源的违法犯罪活动的任务，核定森林公安行政专项编制5人。
  二、队伍建设
  1988年，县公安局坚持科教强警的方针，加强民警在职培训和业务培训，鼓励民警参加各种函授、自考和成人考试等各种形式的学历教育，优化民警文化结构，把立功受奖与争创文明单位、争当文明干警结合起来，相互促进。1992年，在治安、法制、户政、刑侦四个部门开展岗位练兵。1993年4月，市公安局被公安部授予“全国优秀公安局”荣誉称号。1999年，组织全体民警认真学习《公安机关人民警察基本素质》，深入开展“双考”活动；同年8月，刑警大队被国务院授予“特别能战斗刑警队”称号。
  2000年起，开展民警全员滚动式教育训练，制定并落实好民警全员轮训三年规划。2002年，市公安局被省公安厅确定为全省公安民警警务技能和体能训练试点单位，按照“领导带头、立足实际、适应实战、战训合一、全警参与”的大练兵思路，成立专门的机构，有计划、有步骤地深入组织全体民警开展大练兵活动。2004年，组织警务技能汇报演练，受到公安部、省领导的肯定；同年1月，市公安局被中宣部、中政委、全国扫黄打非工作组、公安部、文化部、国家广电总局、新闻出版总署评为2003年全国“扫黄”“打非”工作先进集体。2005年，实行“轮值轮训”练兵模式，突出适应实战、执法和岗位工作需要练兵活动，加强以提高执法能力为核心的警务技能、体能训练，探索以提高民警自身素质为目的，以落实“三个必训”为主要内容的分级训练体系，进一步规范全局教育训练工作；通过建立不同警种的训练内容、考核办法以及相配套的激励制度、训考分离制度、经费保障制度，使大练兵活动变为日常练兵的事务工作；同年12月，代表省厅接受公安部大练兵考核组检查考核，成绩优异，受到公安部考核组的肯定。
  2006年，构建全方位的练兵体系，不断提高全警的身体素质和业务素质，提升全市公安工作水平。至2007年，市公安局大专及以上学历民警比率达84.1％，其中本科学历占46.1％。1988—2007年，县（市）公安局共有101个集体和302名个人荣立一、二、三等功，2人被评为全国特级优秀人民警察，9人被评为全国优秀人民警察，2人被评为省特级优秀人民警察，12人被评为省优秀人民警察。