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1988年，中共晋江市委分别在县人大、县政府、县政协、法院、检察院、司法局、外经贸委、计委口、经委口、农委口设立党组。1991年4月，县外经贸委党组、县计委口党组撤销。1992年5月，随晋江县撤县设市，各机构党组均相应改称。
  1996年12月，中共晋江市委成立计经贸委、市政府办公室、市政府农办、市建委、市国家安全局党组。1997—1999年，因市直机关机构改革，市经委撤销，原市经委口党组职能由计经贸委党组承担。市农委撤销，原市农委口党组职能由市政府农办党组承担。1999年10月，成立市工商行政管理局党组。2000年10月，成立市地税局党组。2001年6月，成立市国税局党组。
  2002年4月，计经贸委党组改称经贸局党组，市教委党组改称市教育局党组，市土地管理局党组改称市国土资源局党组，市建委党组改称市规划建设局党组。2002年6月，中共晋江市委成立市药品监督管理局党组。2004年10月，成立市交通局党组和工商联党组。2005年10月，成立市财政局党组、市审批中心党组和质量监督局党组。2007年9月，成立总工会党组。至2007年年底，全市有23个党组。