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1988年，中共晋江县委工作机构延续之前设置，由县委办公室、组织部、宣传部、统战部、对台部、政法委员会、县直属机关党委会及党史工作委员会、党校等构成。是年6月，县“五讲四美三热爱”活动委员会改称为县委精神文明建设领导小组，其办公室随之改称，并于1989年8月升格为正科（局）级工作机构；1989年10月，县委机要科改为县委机要局，定为副科（局）级行政机构，归县委办公室管理；1989年12月，县委党史委改称为县委党史研究室，为县委领导下的科研性质的科（局）级事业单位；1991年7月，设立县委社会治安综合治理委员会办公室，定为副科（局）级行政机构，与县委政法委合署办公。
  1992年5月，县委工作机构改为市委工作机构。至2007年，晋江市先后进行三轮党政机构改革，市委机构在历次机构改革中均有调整。
  1992年5月，晋江市被省委、省政府确定为全省县（市）级机构改革试点单位，并于1996年6月公布实施《晋江市党政机构改革方案》。作为党政机构改革的一个重要方面，市委机构改革以“理顺关系、调整结构，精简内设机构和人员，改善干部队伍结构，提高干部素质和工作效率”为目标，作如下调整：（1）纪律检查委员会机关与监察局合署办公。（2）设置市委工作部门7个：保留市委办公室（加挂市委政策研究室牌子）、组织部、宣传部、统战部（加挂市宗教事务局牌子）、政法委员会（社会治安综合治理委员会办公室与其机关合署办公）；台湾工作部更名为台湾工作办公室（加挂政府台湾事务办公室牌子）；撤销直属机关党委会，改设市直机关工作委员会，作为市委派出机构。（3）设置归口管理机构3个：市委机要局由市委办公室管理；精神文明建设领导小组办公室更名为精神文明建设办公室，由宣传部管理；市老干部局由组织部管理。（4）设置议事协调机构1个：撤销农村工作部，另设市委农村工作领导小组办公室，作为市委议事协调机构，并承担市委原农村工作部的职能和原市农业委员会的部分职能。在这轮机构改革中，市档案局与市档案馆合并，改为市委直属事业单位，保留市档案局牌子。1993年1月，市老干部局改称为市委老干部局，纳入市委工作机构序列；1995年5月，成立市委农村工作部，与市农业委员会实行“一套班子、两块牌子”。1998年10月，市委机构编制委员会办公室成立，加挂市人民政府机构编制办公室牌子。
  2002年4月，市委、市政府再次出台《晋江市党政机构改革方案》。在第二轮机构改革中，市委机构设置情况为：（1）市委工作部门9个：设置纪律检查委员会机关（归口管理），仍与监察局合署办公；保留市委办公室（仍挂市委政策研究室牌子，加挂保密委员会办公室、国家保密局牌子）、组织部、宣传部、统战部（不再挂市宗教事务局牌子，该局重新组建归政府序列）、政法委员会（综治办仍与其机关合署办公）、台湾工作办公室（仍挂政府台湾事务办公室牌子）、市直机关工作委员会；机构编制委员会办公室列入市委机构序列，加挂市人民政府机构编制办公室、事业单位登记管理局两块牌子，既是市委工作部门、又是政府工作部门。（2）部门管理结构3个：市委信访局（政府信访局）改列为市委机构序列，由市委办公室和市政府办公室共同管理、以前者为主；老干部局仍由组织部管理；精神文明建设办公室加挂精神文明建设指导委员会办公室牌子，仍由宣传部管理。（3）议事协调机构1个：保留市委农村工作领导小组办公室。
  2002年，晋江市被中央机构编制委员会办公室列为全国五个深化行政体制改革试点单位之一，适应完善社会主义市场经济体制和加入WTO后政府行为规范化的要求，以转变政府职能为先导、创新运行机制为主线、提高服务质量为核心，逐步推行政府职能转变、组织结构重组、工作流程再造、管理方式更新等改革措施。2004年，省委、省政府批准《晋江市创建公共行政体制改革试点方案》，并于是年8月全面实施。在这次改革中，市委设置党委工作部门7个：纪律检查委员会机关仍与市监察局合署办公；保留市委办公室（加挂政策研究室、保密委员会办公室、国家保密局、机要局牌子）、组织部、宣传部、统战部、政法委员会（综治办与其实行一个机构、两块牌子）、机构编制委员会办公室（加挂政府机构编制办公室、事业单位登记管理局牌子）。同时，把市委台湾工作办公室并入侨台外事局、市直机关工作委员会并入组织部、精神文明建设办公室并入宣传部、农村工作领导小组办公室并入农业局，保留上述机构的牌子；民族与宗教事务局再次并入统战部，保留政府机构的牌子；按有关规定设置老干部局、信访局，老干部局由市委组织部管理，信访局由市委办、政府办共同管理，以后者为主。
  2004年3月，为适应晋江非公有制经济迅速发展、非公经济组织党建工作亟须加强的需要，市委组建非公有制企业工作委员会，挂靠市委组织部，在市委的领导下统筹开展非公有制企业党建工作。其他工作机构延续至2007年不变。