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一、国家审计机构
  1984年3月，中共晋江县委决定筹建晋江县审计局。县政府决定由县财政局副局长许锦标负责筹建工作。6月，晋江县审计局成立。12月，内设行政事业工交股、商粮贸企业股。干部6人。
  1985年4月，县编制委员会批复同意内设工交商粮贸股（一股）；财政金融、行政事业、基本建设、农林水股（二股）和秘书股等3个股级机构。干部10人。
  1987年9月，内设机构调整为“五科一室”，即财政金融科、工业交通科、商粮贸科、基本建设（含“三资”企业）科、行政事业科、办公室。干部28人。
  1989年11月，增设监察室（挂靠办公室）。干部29人。
  1991年8月，增设农林水科，即将基本建设（含“三资”企业科）改为基本建设、农林水科。
  1992年5月，更名为晋江市审计局。
  1996年10月，设“五科一室”：办公室、财政税务科、行政事业科、金融、固定资产投资科、工商企业科、农业外经科，机关行政编制20人，保留省专项编制11人、机关后勤服务人员事业编制2人。干部22人、工勤人员2人。
  1997年3月，市委组织部核定股级干部职数12人。
  1999年6月，设立晋江市基建审计中心，为局下属全民股级事业单位，核定事业编制10人，经费自收自支。主要职责是对国有资产投资或融资为主的基本建设项目和技术改造项目的审计监督，保证建设项目资金管理、合法使用。至8月，在编干部1人，聘用专业技术人员和工作人员7人。
  2004年12月，按照《中共晋江市委办公室、晋江市人民政府办公室关于印发（晋江市审计局职能配置、内设机构和人员编制规定）的通知》规定审计局行政编制15人，保留省专项编制11人。其中，局长1人、副局长2人、股级职数12人。工勤事业编制2人。内设6个职能科室：办公室、经济责任审计科、财政金融审计科、行政事业审计科、法制、固定资产投资审计科、经济贸易审计科。增加组织开展对党政领导干部、国有企业及国有控股企业领导人员的任期经济责任审计和开展案件查办和协办工作的职能。取消指导和管理社会审计的职能。干部21人、工勤人员3人。
  2007年12月，干部24人、工勤人员4人。
  二、内部审计机构
  1986年9月1日，县水利电力局率先建立内部审计小组。至年底，县水电局、供销社及金融系统等9个部门和单位建立内审机构。配备内审人员45人。
  1987年12月，县建委、县财政局、县粮食局建立内部审计机构。配备内审人员60人。
  1988年12月，县教育局、公安局、县工商局、县农业局、县民政福利工业公司建立内部审计机构。配备内审人员79人。
  1989年12月，县经委、县卫生局、县二轻局、县商业局建立内部审计机构。配备内审人员99人。
  1990年12月至1995年12月，内部审计机构29个，其中专职机构7个。配备内审人员137人，其中专职审计人员12人。
  1996年之后，随着社会主义市场经济的建立，国有企业改制不断深入，企业经营管理方式转换，内部审计机构及人员不断减少。至1998年12月，内部审计机构20个，配备内审人员119人。
  2004年12月，晋江市市级单位会计核算中心成立，机关事业单位实行统一报账，各主管部门、单位内部审计对象减少。
  2007年12月，市卫生局、市教育局、市总工会、市供销社、市经济发展局、市规划建设与房产管理局、市农业局、市公安局、市财政局、市商业集团公司等10个单位建立内部审计机构。
  三、社会审计机构
  1986年7月，福建省审计局批准成立福建省晋江审计咨询服务中心。同年12月，经县工商行政管理局注册登记。1986年12月，县编制委员会批复，同意成立福建省晋江审计咨询服务中心，为股级事业单位，实行企业管理，暂核定编制8人，经费从收取的服务费中开支，在收取服务费之前，先从审计业务费中列支。1987年1月12日，福建省晋江审计咨询服务中心正式成立。
  1987年2月，经福建省审计局批准，更名为福建省晋江县审计事务所，并向县工商行政管理局注册登记。它是依法独立承办审计查证和咨询服务的事业单位，是全民所有制性质的社会中介组织，实行有偿服务，财务实行自收自支，独立核算，依法纳税。1988年12月，审计事务所人员5人。
  1992年4月，县审计事务所更名为福建省晋江审计师事务所，并向县工商行政管理局注册登记。
  1999年12月，审计师事务所脱钩改制，改制中一次性安置13名干部、职工，其人事档案、社会保险关系移交由市人才交流服务中心管理。
  1999年12月，福建省晋江审计师事务所撤销。2000年11月，晋江审计师事务所经《中国审计报》刊载其终止公告。