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1985年1月1日，人民银行与工商银行正式分设，人民银行专门行使中央银行职能。1988年，石狮建市，正式成立中国人民银行石狮市支行，与人民银行晋江县支行脱钩。
  1992年，人民银行晋江县支行共设有2室6股，包括行长室、办公室、人事股、会计股、外汇管理股、稽核股、计划股、发行保卫股。晋江撤县建市后，中国人民银行晋江县支行更名为中国人民银行晋江市支行（以下简称人行晋江支行）。支行下设一室六股，包括：行长室、人秘股、会计国库股、计划资金股、金管稽核股、外汇管理股、发行保卫股。
  1997年12月，人行晋江市支行对内设部门进行调整，内设人秘股、信贷与计划股、金融监管股（含银行监管、非银行监管，对外加挂外汇管理股牌子）、稽核监督股、农村合作金融管理股、保卫股、营业部（含会计、国库、货币金银）。
  1999年，人民银行实施跨行政区域设置分行改革，福建省各级人行归属人行上海分行管理，省级以下人行机构设置和职能相应进行变动。5月份，支行撤销稽核监督股。6月，设立内审办事员，成立金融系统监察室。
  2000年5月，经人民银行上海分行同意，批复人行晋江市支行为大规模行，内设7个股（室）：人秘股（内设内审岗）、信贷与统计股、金融机构监管股（含银行监管、非银行监管、外汇管理，对外加挂外汇管理股牌子）、合作金融机构监管股、保卫股、货币金银股、营业室（含会计、国库）。
  2001年11月，人行晋江市支行增设外汇管理股。
  2003年12月31日，人行晋江市支行分设泉州银监分局晋江监管办事处。
  2004年4月，人行晋江市支行内设6个股（室）：人秘股（内设内审岗）、营业室（含会计、国库）、外汇管理股、信贷调统股、保卫股、货币金银股。同年6月又将人秘股（内设内审岗）调整为办公室（内设内审岗）。
  至2007年，人行晋江市支行机构、编制未变。