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（一）税收征管改革
  1995年国家税务总局提出加快税收征管改革步伐，并制定征管改革方案，提出“以纳税申报和优化服务为基础，以计算机网络为依托，集中征收，重点稽查”的新的征管模式。根据征管改革方案，晋江地税稳妥地推行税收征管改革，逐步将工作重心向征管转移、向基层转移，在人、财、物上向基层、向征管倾斜，加强征管资料规范化建设，加强征管基础工作；充实稽查人员，加强稽查力量，开展以行业整顿为主的重点检查；以时限电脑开票为突破口，把推行微机在征管中的开发运用作为改革的重点。至2007年，晋江地税新旧税收征管模式转换到位，纳税申报制度日趋完善，实行纳税人网上申报、邮寄申报、银行储蓄网点代收代缴等多种申报方式；对申报不及时、不如实申报的实行最低处罚标准，严格执行滞纳金和罚款制度；加强办税员的培训和管理，提高纳税申报质量。共建成工作规范、功能齐全的办税服务厅13个，建立完善的纳税服务制度，纳税服务明显。税收征管实现从手工操作向运用计算机控管的转变，以实现税收信息化管理为目标，加快实现税收征管现代化，推进科技兴税，实现县（市、区）局机关、基层税务分局（所）的电脑网络互联，计算机运用实行从单机运用向网络化的发展。稽查管理制度不断健全，建立A、B、C分类稽查法，实行有重点的税务稽查，并形成选案、查案、深暗、执行相分离的稽查机制，开展以行业整顿为主的重点稽查，查处一批重大偷税案件，稽查查补税款、结案率、处罚率、入库率均逐步得到提高。建立比较完善的协税护税体系，确立地税、公安在合力打击涉税犯罪等方面的工作制度及运作模式。
  （二）民主评税
  1999年，市地税局在全国率先推行“税务公开、民主评税”的管理办法，创新税收定额管理的新思路。民主评税工作依照“业户申报、典型调查、拟定税额、公开评议、张榜公布、听取意见、公布执行”7个步骤依次进行。地税机关邀请政府、纪委、公安、工商、商会、个协等有关部门负责人及纳税人代表组成民主评税督导组，对拟定的税收定额进行公开评议，纳税人有异议的提供证据进行调整，综合评议意见和最后调整后，税务机关公布每一纳税人定额并依此执行。这种办法将税收定额核定的依据、标准和结果置于社会各界的监督之下，增强税收执法的透明度，在全省地税系统范围内被迅速推广。至2007年，全市开展民主评税活动。
  （三）票证管理
  税务机构分设后，地税机关负责管理的发票种类有交通运输、建筑安装、金融保险、邮电通信、文化体育、娱乐、服务、转让无形资产、销售不动产、行政事业性收费等。2003年起，晋江地税在服务业和娱乐业推行服务业有奖定额发票。有奖发票实行“即取即开”（刮奖）形式，奖金共设置5元、20元、50元、100元、200元、1000元、2000元、10000元共8个奖项。中奖者持中奖发票和身份证件可在中奖发票消费场所或地税办税服务厅窗口兑奖。晋江地税设立举报电话，完善举报办法，打击发票违章和拒开发票的行为。
  晋江地税系统使用的税收票证种类主要有：税收通用缴款书、税收汇总专用缴款书、税收通用完税证、小额税收通用完税证、税收转账专用完税证、代扣代收税款凭证、印花税票、税收收入退还书；列入税收票证管理的其他凭证及章戳，包括印花税票销售凭证、税收票证征税专用章。税收票证领发实行“分级负责、逐级领发”的原则，并根据实际使用量合理确定票据蓄存量。一般蓄存一个月使用量，基层税务分局（所）按月领取，无特殊情况不得超出规定的蓄存量。晋江地税部门设置具备安全条件的票证专用库房，税收票证的保管实行“三专”“六防”制度。“三专”指税收票证专人、专库、专柜保管；“六防”指防盗、防火、防潮、防虫蛀、防鼠咬和防丢失。各级地税机关执行“票清离岗”制度。各票管员和用票人员如因工作变动，必须办理移交手续，票证主管部门同时派人监交，编制“税收票证移交清册”，并由领导审查核准。
  根据税收票证管理规定，税收票证的填用遵循“专票专用，先领先用、顺序填用”的原则，各种税收票证必须按规定的使用范围填用，不得互换使用或代替使用。使用税收票证执行十个不准：不准使用缴款书收取现金，不准用完税证代替缴款书，不准用其他凭证代替税收凭证，不准用税收票证代替其他收入凭证，不准白条子收税，不准开票不收税（赊税），不准收税不开票、不准几本（同类）票证同时使用，不准跳号使用，不准互相借用票证。
  各级地税机关实行定期盘点票证，保证本单位结存的票证账实相符。对保管期满后的税收票证，由各县（市、区）地税局提出销毁意见，并指定人员负责清点、复核，编制“税收票证销毁清册”，上报泉州市地方税务局批准后销毁。销毁时，由县级局票证、监察部门派员共同监督，销毁采取化浆、焚烧或粉碎等方式。
  （四）减免税管理
  市地税局成立减免税审核审批委员会，负责各年度、各税种的审核、审批工作。为规范减免税管理，该局每年组织税收执法检查，将减免税的审核审批及政策的执行情况纳入执法检查的重点范围，及时发现和纠正减免税方面存在的问题。检查发现的问题主要有；个别地方政府部门出台一些不符合税法的减免税文件，纳税人提供的资料不完整，税务部门在减免税审批过程中存在适用政策不准确、审批程序不规范等。通过开展税收执法检查，及时纠正基层税务机关在减免税工作中的偏差、规范税收执法行为，确保减免税政策的正确执行。
  （五）税收稽查
  晋江地税部门实行分类稽查管理办法，即对所辖的企业根据其财务管理水平、以往的纳税申报与稽查结果记录等综合情况分为A、B、C三类，并在稽查管理上采取相应的区别管理方式。对生产经营稳定、财务制度健全、依法履行纳税义务、三年内无偷逃税和税务行政处罚记录的企业经税务机关考核可认定为A类或B类企业；对生产经营场所不固定、会计制度不健全、不按规定履行纳税申报义务、三年内有偷逃税或税务处罚记录的企业认定为C类企业；对A、B类企业分别实行两年一查制和一年一查制并享受相应的纳税服务，对C类企业实行不定期稽查。
  2002年起，市地税局全面开展稽查单位规范化建设，着力解缴办案程序和办案质量存在的问题。针对稽查实际存在的问题，稽查管理建设主要从下列方面进行规范：
  在办案职责上，改变集选案、检查、审理于一身的办案方式，解决职责不分、岗位不明的现象，明确选案、检查、审理、执行四环节既分工又协作的岗位职责。
  在执法程序上，严格依照税务稽查操作规程等相关制度执行，做到执法程序规范。实施过程中，主要抓好制度的落实：落实《税务检查计划制度》的执行，做到选案因时、因地、有针对性、有科学性、突出征管难点、弱点，确定稽查对象；执行《税务稽查底稿制度》，要求收集充分的证据，确保案件事情清楚、证据确凿，提高办案质量；试行《国家税务总局重大税务案件审理办法（试行）》，实行三级集体会审制度，即：审理机构会审、稽查局长会议会审和市局重大案件审理委员会会审，每一个稽查案件都要经过相应级别的集体会审后定案，确保案件质量，实行稽查案件复议的100％维持率和行政诉讼胜诉率。
  在内部管理上，不断完善32项制度，统一表证单书、规范举报管理，严格依据国家税务总局《税务违法案件举报管理办法》和福建省地方税务局《税务违法案件举报分类管理办法》等有关制度的规定，依法受理群众举报及有关部门转办的税务违法案件，并按规定兑现举报奖励；规范稽查报告制度，认真执行《国家税务总局大案要案报告制度（试行）》和《福建省地方税务系统稽查大案要案报告制度》的规定，及时按规定报告稽查大案要案的查处情况，加强上级对下级稽查案件的协调指导和监督检查。
  （六）税务行政执法
  晋江地税系统的税收执法检查主要采取全面执法检查、转向执法检查、日常执法检查和专案执法检查四种形式。
  1994年9月，晋江市国税、地税机构分设。晋江市地税局检查重点行业和重点对象鞋、布料、服装、陶瓷、食品。石板材经营者及国有集体商业，共查262户查补地方各税343.45万元。1995年，税收大检查3150户次，补税罚款3078万元，清理欠税1717.5万元。
  1997年，市地税局实行分类稽查，全市纳税人分A、B、C三种类别，实行“A类免检，B类抽检，C类重点检查”制度，1996—1998年，共计罚税5975.71万元。
  1999年，市地税局深化征管改革，全面取得“一人进厂，百事包办”的税务专管员模式，做到征收、管查两分离。加强与公检法联系，增强稽查刚性。全年查处各种违章案件2008起，补罚税费2724.5万元。
  2000年，市地税局开展对金融，保险等行业和固定资产投资方向调节税、建安营业税等税种的专项检查，清理遗留案件，加强重点行业抽查。全年查处各种违章案件265起，补罚税费1483.32万元。
  2001年11月，国家税务总局下发《关于全面推行税收执法责任制的意见》。根据文件精神，晋江地税按“以事定岗、以岗定责、以责定人、权责相当”的原则，将税收征管流程内的征收、管理、稽查等执法工作，细化到具体的执法岗位，并落实到个人，对地税人员执法的岗位设置、规程、质量考核、过错追究等作明确规定。
  2003年，市地税局依托ISO9001国际质量体系对执法过程进行定时监控，完善执法责任追究制度，推进执法规范化建设，全年查处各类案件82起，查补罚款158.3万元。2004—2006年，共查处各类案件246起，补罚税费2112.94万元。
  2007年，市地税局突破重点难点，执法刚性进一步增强。依法开展印刷、金融、房地产、营利性医疗机构、供水等行业的专项检查，查处案件76起，查补罚425.76万元，以查促管补税120.15万元，总计545.91万元。审理基层分局稽查案件51户，查补罚款62.5万元。